-
BMKMANU S3000_Transkriptimi hapësinor
Transkriptomika hapësinore qëndron në ballë të inovacionit shkencor, duke fuqizuar studiuesit të gërmojnë në modelet e ndërlikuara të shprehjes së gjeneve brenda indeve duke ruajtur kontekstin e tyre hapësinor. Mes platformave të ndryshme, BMKGene ka zhvilluar çipin e transkriptomeve hapësinore BMKManu S3000, me një rezolucion të përmirësuar prej 3,5 µm, duke arritur gamën nënqelizore dhe duke mundësuar cilësimet e rezolucionit në shumë nivele. Çipi S3000, që përmban afërsisht 4 milionë pika, përdor mikropuse të shtresuara me rruaza të ngarkuara me sonda kapëse me kode hapësinore. Një bibliotekë cDNA, e pasuruar me barkode hapësinore, përgatitet nga çipi S3000 dhe më pas renditet në platformën Illumina NovaSeq. Kombinimi i mostrave me barkod hapësinor dhe UMI siguron saktësinë dhe specifikën e të dhënave të krijuara. Çipi BMKManu S3000 është jashtëzakonisht i gjithanshëm, duke ofruar cilësime rezolucioni me shumë nivele që mund të sintonizohen mirë në inde të ndryshme dhe nivelet e dëshiruara të detajeve. Kjo përshtatshmëri e pozicionon çipin si një zgjedhje të jashtëzakonshme për studime të ndryshme transkriptomatike hapësinore, duke siguruar grumbullim të saktë hapësinor me zhurmë minimale. Përdorimi i teknologjisë së segmentimit të qelizave me BMKManu S3000 mundëson përcaktimin e të dhënave transkriptuese në kufijtë e qelizave, duke rezultuar në një analizë që ka kuptim të drejtpërdrejtë biologjik. Për më tepër, rezolucioni i përmirësuar i S3000 rezulton në një numër më të madh të gjeneve dhe UMI-ve të zbuluara për qelizë, duke mundësuar një analizë shumë më të saktë të modeleve të transkriptimit hapësinor dhe grumbullimit të qelizave.
-
Sekuenca e ARN-së me një bërthamë
Zhvillimi i teknikave të kapjes me një qelizë dhe ndërtimit të bibliotekës me porosi, së bashku me sekuencën me performancë të lartë, ka revolucionarizuar studimet e shprehjes së gjeneve në nivel qelizor. Ky zbulim lejon një analizë më të thellë dhe më gjithëpërfshirëse të popullatave komplekse të qelizave, duke kapërcyer kufizimet që lidhen me mesataren e shprehjes së gjeneve mbi të gjitha qelizat dhe duke ruajtur heterogjenitetin e vërtetë brenda këtyre popullatave. Ndërsa sekuenca e ARN-së me një qelizë të vetme (scRNA-seq) ka avantazhe të pamohueshme, ai has sfida në inde të caktuara ku krijimi i një pezullimi me një qelizë është i vështirë dhe kërkon mostra të freskëta. Në BMKGene, ne e adresojmë këtë pengesë duke ofruar sekuencën e ARN-së me një bërthamë (snRNA-seq) duke përdorur teknologjinë më të fundit 10X Genomics Chromium. Kjo qasje zgjeron spektrin e mostrave të përshtatshme për analizën e transkriptomit në nivel njëqelizor.
Izolimi i bërthamave realizohet përmes çipit inovativ 10X Genomics Chromium, i cili përmban një sistem mikrofluidik me tetë kanale me kryqëzime të dyfishta. Brenda këtij sistemi, rruazat e xhelit që përfshijnë barkode, abetare, enzima dhe një bërthamë të vetme janë të kapsuluara në pika vaji me madhësi nanolitri, duke formuar Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Pas formimit të GEM, liza e qelizave dhe lirimi i barkodit ndodhin brenda çdo GEM. Më pas, molekulat e mARN-së i nënshtrohen transkriptimit të kundërt në cDNA, duke inkorporuar barkode 10X dhe identifikues molekular unik (UMI). Këto cADNA më pas i nënshtrohen ndërtimit të bibliotekës standarde të sekuencës, duke lehtësuar një eksplorim të fuqishëm dhe gjithëpërfshirës të profileve të shprehjes së gjeneve në nivelin e një qelize.
Platforma: 10× Genomics Chromium dhe Platforma Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Transkriptomika hapësinore është një teknologji e fundit që lejon studiuesit të hetojnë modelet e shprehjes së gjeneve brenda indeve duke ruajtur kontekstin e tyre hapësinor. Një platformë e fuqishme në këtë fushë është 10x Genomics Visium e shoqëruar me sekuencën e Illumina. Parimi i 10X Visium qëndron në një çip të specializuar me një zonë të caktuar kapjeje ku vendosen seksionet e indeve. Kjo zonë e kapjes përmban pika me barkod, secila korrespondon me një vendndodhje unike hapësinore brenda indit. Molekulat e ARN-së së kapur nga indi më pas etiketohen me identifikues molekular unik (UMIs) gjatë procesit të transkriptimit të kundërt. Këto pika me barkod dhe UMI mundësojnë hartëzimin e saktë hapësinor dhe përcaktimin sasior të shprehjes së gjeneve në një rezolucion me një qelizë të vetme. Kombinimi i mostrave me barkod hapësinor dhe UMI siguron saktësinë dhe specifikën e të dhënave të krijuara. Duke përdorur këtë teknologji të transkriptomikës hapësinore, studiuesit mund të fitojnë një kuptim më të thellë të organizimit hapësinor të qelizave dhe ndërveprimeve komplekse molekulare që ndodhin brenda indeve, duke ofruar njohuri të paçmueshme në mekanizmat që qëndrojnë në themel të proceseve biologjike në fusha të shumta, duke përfshirë onkologjinë, neuroshkencën, biologjinë zhvillimore, imunologjinë. , dhe studime botanike.
Platforma: 10X Genomics Visium dhe Illumina NovaSeq
