-
Sekuenca metagjenomike -NGS
Një metagjenom është një koleksion i materialit të përgjithshëm gjenetik të një bashkësie të përzier organizmash, të tillë si metagjenomet mjedisore dhe njerëzore. Ai përmban gjenomet e mikroorganizmave të kultivueshëm dhe të pakultivueshëm. Sekuenca metagjenomike e armëve gjahu me NGS mundëson studimin e këtyre peizazheve gjenomike të ndërlikuara të ngulitura në mostrat mjedisore duke ofruar më shumë sesa profilizimin taksonomik, duke dhënë gjithashtu njohuri të grimcuara mbi diversitetin e specieve, dinamikën e bollëkut dhe strukturat komplekse të popullsisë. Përtej studimeve taksonomike, metagjenomika e armëve të gjahut ofron gjithashtu një perspektivë funksionale gjenomike, duke mundësuar eksplorimin e gjeneve të koduara dhe rolet e tyre të supozuara në proceset ekologjike. Së fundi, krijimi i rrjeteve të korrelacionit midis elementeve gjenetike dhe faktorëve mjedisorë kontribuon në një kuptim holistik të ndërveprimit të ndërlikuar midis komuniteteve mikrobiale dhe sfondit të tyre ekologjik. Si përfundim, sekuenca metagjenomike qëndron si një instrument kryesor për zbulimin e ndërlikimeve gjenomike të komuniteteve të ndryshme mikrobike, duke ndriçuar marrëdhëniet e shumëanshme midis gjenetikës dhe ekologjisë brenda këtyre ekosistemeve komplekse.
Platformat: Illumina NovaSeq dhe DNBSEQ-T7
-
Sekuenca metagjenomike-TGS
Një metagjenom është një koleksion i materialit gjenetik të një bashkësie të përzier organizmash, siç janë metagjenomat mjedisore dhe njerëzore. Ai përmban gjenomet e mikroorganizmave të kultivueshëm dhe të pakultivueshëm. Sekuenca metagjenomike mundëson studimin e këtyre peizazheve të ndërlikuara gjenomike të ngulitura në mostrat ekologjike duke ofruar më shumë sesa profilizimin taksonomik. Ai gjithashtu ofron një perspektivë funksionale të gjenomikës duke eksploruar gjenet e koduara dhe rolet e tyre të supozuara në proceset mjedisore. Ndërsa qasjet tradicionale të armëve gjahu me sekuencën e Illumina janë përdorur gjerësisht në studimet metagjenomike, ardhja e sekuencave të lexuara gjatë Nanopore dhe PacBio ka ndryshuar fushën. Teknologjia Nanopore dhe PacBio përmirësojnë analizat bioinformatike në rrjedhën e poshtme, veçanërisht montimin e metagjenomës, duke siguruar montime më të vazhdueshme. Raportet tregojnë se metagjenomika me bazë Nanopore dhe PacBio kanë gjeneruar me sukses gjenome bakteriale të plota dhe të mbyllura nga mikrobiomet komplekse (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Integrimi i leximeve Nanopore me leximet e Illumina ofron një qasje strategjike për korrigjimin e gabimeve, duke zbutur saktësinë e ulët të qenësishme të Nanopore. Ky kombinim sinergjik shfrytëzon pikat e forta të secilës platformë të sekuencës, duke ofruar një zgjidhje të fuqishme për të kapërcyer kufizimet e mundshme dhe për të avancuar saktësinë dhe besueshmërinë e analizave metagjenomike.
Platforma: Nanopore PromethION 48, Illumia dhe PacBio Revio
-
Sekuenca e bisulfiteve të gjenomit të plotë (WGBS)
Sekuenca e Bisulfitit të Gjenomit të Gjithë (WGBS) qëndron si metodologjia e standardit të arit për eksplorimin e thellë të metilimit të ADN-së, veçanërisht pozicionin e pestë në citozinë (5-mC), një rregullator kryesor i shprehjes së gjeneve dhe aktivitetit qelizor. Parimi që qëndron në themel të WGBS përfshin trajtimin e bisulfitit, duke nxitur shndërrimin e citozinave të pametiluara në uracil (C në U), duke lënë të pandryshuara citozinat e metiluara. Kjo teknikë ofron rezolucion me një bazë të vetme, duke i lejuar studiuesit të hetojnë në mënyrë gjithëpërfshirëse metilomën dhe të zbulojnë modele anormale të metilimit që lidhen me kushte të ndryshme, veçanërisht kancerin. Duke përdorur WGBS, shkencëtarët mund të fitojnë njohuri të pakrahasueshme në peizazhet e metilimit të gjenomit, duke ofruar një kuptim të nuancuar të mekanizmave epigjenetikë që qëndrojnë në themel të proceseve dhe sëmundjeve të ndryshme biologjike.
-
Analiza për kromatinën e aksesueshme nga transposaza me sekuencë të përçueshmërisë së lartë (ATAC-seq)
ATAC-seq është një teknikë e sekuencës me performancë të lartë e përdorur për analizën e aksesueshmërisë së kromatinës në të gjithë gjenomin. Përdorimi i tij siguron një kuptim më të thellë të mekanizmave komplekse të kontrollit global epigjenetik mbi shprehjen e gjeneve. Metoda përdor një transpozazë hiperaktive Tn5 për të fragmentuar dhe etiketuar njëkohësisht rajonet e hapura të kromatinës duke futur përshtatës të renditjes. Amplifikimi i mëvonshëm i PCR rezulton në krijimin e një biblioteke sekuencash, e cila lejon identifikimin gjithëpërfshirës të rajoneve të hapura të kromatinës në kushte specifike hapësirë-kohore. ATAC-seq ofron një pamje holistike të peizazheve të aksesueshme të kromatinës, ndryshe nga metodat që fokusohen vetëm në vendet e lidhjes së faktorit të transkriptimit ose në rajone specifike të modifikuara nga histone. Duke renditur këto rajone të hapura të kromatinës, ATAC-seq zbulon rajone më të prirura për sekuenca rregullatore aktive dhe vende të mundshme lidhëse të faktorit të transkriptimit, duke ofruar njohuri të vlefshme në modulimin dinamik të shprehjes së gjeneve në të gjithë gjenomin.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Gjenet 16S dhe 18S rRNA, së bashku me rajonin Internal Transcripted Spacer (ITS), shërbejnë si shënues kryesorë molekularë të gjurmës së gishtërinjve për shkak të kombinimit të tyre të rajoneve shumë të konservuara dhe hiper-ndryshueshme, duke i bërë ato mjete të paçmueshme për karakterizimin e organizmave prokariotikë dhe eukariotikë. Përforcimi dhe sekuenca e këtyre rajoneve ofron një qasje pa izolim për hetimin e përbërjes dhe diversitetit mikrobik nëpër ekosisteme të ndryshme. Ndërsa renditja e Illumina zakonisht synon rajone të shkurtra hipervariabile si V3-V4 e 16S dhe ITS1, është demonstruar se shënimi taksonomik superior mund të arrihet duke renditur gjatësinë e plotë të 16S, 18S dhe ITS. Kjo qasje gjithëpërfshirëse rezulton në përqindje më të larta të sekuencave të klasifikuara saktë, duke arritur një nivel rezolucioni që shtrihet në identifikimin e specieve. Platforma e renditjes në kohë reale me një molekulë të PacBio (SMRT) dallohet duke ofruar lexime të gjata (HiFi) shumë të sakta që mbulojnë amplikonët me gjatësi të plotë, duke rivalizuar saktësinë e renditjes së Illumina. Kjo aftësi i lejon studiuesit të arrijnë një avantazh të pakrahasueshëm - një pamje panoramike të peizazhit gjenetik. Mbulimi i zgjeruar rrit ndjeshëm rezolucionin në shënimin e specieve, veçanërisht brenda komuniteteve bakteriale ose kërpudhore, duke mundësuar një kuptim më të thellë të ndërlikimeve të popullatave mikrobike.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Sekuenca e amplikonit me teknologjinë Illumina, duke synuar në mënyrë specifike shënuesit gjenetikë 16S, 18S dhe ITS, është një metodë e fuqishme për zbulimin e filogjenisë, taksonomisë dhe bollëkut të specieve brenda komuniteteve mikrobike. Kjo qasje përfshin renditjen e rajoneve hipervariabile të shënuesve gjenetikë të mirëmbajtjes së shtëpisë. Fillimisht u prezantua si gjurmë gishtash molekulare ngaWoeses et alnë 1977, kjo teknikë ka revolucionarizuar profilin e mikrobiomit duke mundësuar analiza pa izolim. Nëpërmjet renditjes së 16S (baktereve), 18S (kërpudhave) dhe Hapësirës së transkriptuar të brendshëm (ITS, kërpudhave), studiuesit mund të identifikojnë jo vetëm specie të bollshme, por edhe ato të rralla dhe të paidentifikuara. I adoptuar gjerësisht si një mjet kryesor, sekuenca e amplikonit është bërë instrumentale në dallimin e përbërjeve diferenciale mikrobike në mjedise të ndryshme, duke përfshirë gojën e njeriut, zorrët, jashtëqitjen dhe më gjerë.
-
Risekuenca e gjenomit të plotë bakteriale dhe kërpudhore
Projektet e ri-sekuencimit të gjenomit të tërë bakteriale dhe kërpudhore janë thelbësore për avancimin e gjenomisë mikrobike duke mundësuar kompletimin dhe krahasimin e gjenomave mikrobike. Kjo lehtëson inxhinierinë e fermentimit, optimizimin e proceseve industriale dhe eksplorimin e rrugëve dytësore të metabolizmit. Për më tepër, ri-sekuenca kërpudhore dhe bakteriale është thelbësore për të kuptuar përshtatjen mjedisore, optimizimin e shtameve dhe zbulimin e dinamikës së evolucionit gjenetik, me implikime të gjera në mjekësi, bujqësi dhe shkencë mjedisore.
-
Sekuenca e amplikonit PacBio-me gjatësi të plotë 16S/18S/ITS
Platforma Amplicon (16S/18S/ITS) është zhvilluar me vite përvojë në analizën e projektit të diversitetit mikrobik, i cili përmban analiza bazë të standardizuar dhe analiza të personalizuara: analiza bazë mbulon përmbajtjen e analizës kryesore të kërkimit aktual mikrobik, përmbajtja e analizës është e pasur dhe gjithëpërfshirëse, dhe rezultatet e analizës janë paraqitur në formën e raporteve të projektit; Përmbajtja e analizës së personalizuar është e larmishme. Mostrat mund të zgjidhen dhe parametrat mund të vendosen në mënyrë fleksibël sipas raportit bazë të analizës dhe qëllimit të kërkimit, për të realizuar kërkesat e personalizuara. Sistemi operativ Windows, i thjeshtë dhe i shpejtë.
-
PacBio-Transkriptomë me gjatësi të plotë (jo referencë)
Duke marrë si hyrje të dhënat e sekuencës së izoformës së Pacific Biosciences (PacBio), ky aplikacion është në gjendje të identifikojë sekuencat e transkriptit me gjatësi të plotë (pa montim). Duke hartuar sekuencat me gjatësi të plotë kundrejt gjenomit të referencës, transkriptet mund të optimizohen nga gjenet e njohura, transkriptet, rajonet koduese, etj. Në këtë rast, mund të arrihet identifikimi më i saktë i strukturave të mARN-së, si p.sh. bashkimi alternativ, etj. Analiza e përbashkët me të dhënat e sekuencës së transkriptomeve NGS mundëson shënime më gjithëpërfshirëse dhe kuantifikimin më të saktë në shprehje në nivel transkripti, gjë që përfiton kryesisht shprehjen diferenciale në rrjedhën e poshtme dhe analizën funksionale.
-
Sekuenca bisulfite me përfaqësim të reduktuar (RRBS)
Sekuenca e Bisulfiteve me Përfaqësim të Reduktuar (RRBS) është shfaqur si një alternativë me kosto efektive dhe efikase ndaj Sekuencës së Bisulfitit të Gjenomit të Gjithë (WGBS) në kërkimin e metilimit të ADN-së. Ndërsa WGBS ofron njohuri gjithëpërfshirëse duke ekzaminuar të gjithë gjenomin në rezolucion bazë të vetme, kostoja e tij e lartë mund të jetë një faktor kufizues. RRBS e zbut në mënyrë strategjike këtë sfidë duke analizuar në mënyrë selektive një pjesë përfaqësuese të gjenomit. Kjo metodologji mbështetet në pasurimin e rajoneve të pasura me ishull CpG me ndarje MspI e ndjekur nga përzgjedhja e madhësisë së fragmenteve 200-500/600 bps. Rrjedhimisht, vetëm rajonet afër ishujve CpG janë renditur, ndërsa ato me ishuj të largët CpG janë përjashtuar nga analiza. Ky proces, i kombinuar me sekuencën e bisulfiteve, lejon zbulimin me rezolucion të lartë të metilimit të ADN-së dhe qasja e sekuencës, PE150, fokusohet veçanërisht në skajet e inserteve dhe jo në mes, duke rritur efikasitetin e profilizimit të metilimit. RRBS është një mjet i paçmuar që mundëson kërkime me kosto efektive të metilimit të ADN-së dhe avancon njohuritë e mekanizmave epigjenetikë.
-
Sekuenca e ARN-së prokariotike
Sekuenca e ARN-së fuqizon profilizimin gjithëpërfshirës të të gjitha transkripteve të ARN-së brenda qelizave në kushte specifike. Kjo teknologji e fundit shërben si një mjet i fuqishëm, duke zbuluar profilet e ndërlikuara të shprehjes së gjeneve, strukturat e gjeneve dhe mekanizmat molekularë të lidhur me procese të ndryshme biologjike. I adoptuar gjerësisht në kërkimet themelore, diagnostikimin klinikë dhe zhvillimin e ilaçeve, sekuenca e ARN-së ofron njohuri në ndërlikimet e dinamikës qelizore dhe rregullimit gjenetik. Përpunimi ynë i mostrës së ARN-së prokariotike është përshtatur për transkriptomet prokariote, që përfshin zbrazjen e rRNA dhe përgatitjen e bibliotekës së drejtimit.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
Sekuenca metatranskriptome
Duke përdorur teknologjinë e sekuencës Illumina, shërbimi i sekuencës metatranskriptome të BMKGENE zbulon shprehjen dinamike të gjeneve të një grupi të ndryshëm mikrobesh, që përfshin eukariotët deri te prokariotët dhe viruset, brenda mjediseve natyrore si toka, uji, deti, jashtëqitja dhe zorrët. Shërbimi ynë gjithëpërfshirës i fuqizon kërkuesit të hulumtojnë në profilet e plota të shprehjes së gjeneve të komuniteteve komplekse mikrobike. Përtej analizës taksonomike, shërbimi ynë i sekuencës së metatranskriptimit lehtëson eksplorimin në pasurimin funksional, duke hedhur dritë mbi gjenet e shprehura në mënyrë diferenciale dhe rolet e tyre. Zbuloni një mori njohurish biologjike ndërsa lundroni në peizazhet komplekse të shprehjes së gjeneve, diversitetit taksonomik dhe dinamikave funksionale brenda këtyre zonave të ndryshme mjedisore.
-
Asambleja e gjenomit të kërpudhave të reja
BMKGENE ofron zgjidhje të gjithanshme për gjenomet e kërpudhave, duke plotësuar nevojat e ndryshme kërkimore dhe plotësinë e dëshiruar të gjenomit. Përdorimi i vetëm i sekuencës së Illumina me lexim të shkurtër lejon gjenerimin e një projekt gjenomi. Leximet e shkurtra dhe sekuenca e leximit të gjatë duke përdorur Nanopore ose Pacbio kombinohen për një gjenom kërpudhor më të rafinuar me ngjitje më të gjata. Për më tepër, integrimi i sekuencës Hi-C rrit më tej aftësitë, duke mundësuar arritjen e një gjenomi të plotë të nivelit të kromozomit.
