-
Sekuenca metagjenomike -NGS
Një metagjenom është një koleksion i materialit të përgjithshëm gjenetik të një bashkësie të përzier organizmash, të tillë si metagjenomet mjedisore dhe njerëzore. Ai përmban gjenomet e mikroorganizmave të kultivueshëm dhe të pakultivueshëm. Sekuenca metagjenomike e armëve gjahu me NGS mundëson studimin e këtyre peizazheve gjenomike të ndërlikuara të ngulitura në mostrat mjedisore duke ofruar më shumë sesa profilizimin taksonomik, duke dhënë gjithashtu njohuri të grimcuara mbi diversitetin e specieve, dinamikën e bollëkut dhe strukturat komplekse të popullsisë. Përtej studimeve taksonomike, metagjenomika e armëve të gjahut ofron gjithashtu një perspektivë funksionale gjenomike, duke mundësuar eksplorimin e gjeneve të koduara dhe rolet e tyre të supozuara në proceset ekologjike. Së fundi, krijimi i rrjeteve të korrelacionit midis elementeve gjenetike dhe faktorëve mjedisorë kontribuon në një kuptim holistik të ndërveprimit të ndërlikuar midis komuniteteve mikrobiale dhe sfondit të tyre ekologjik. Si përfundim, sekuenca metagjenomike qëndron si një instrument kryesor për zbulimin e ndërlikimeve gjenomike të komuniteteve të ndryshme mikrobike, duke ndriçuar marrëdhëniet e shumëanshme midis gjenetikës dhe ekologjisë brenda këtyre ekosistemeve komplekse.
Platformat: Illumina NovaSeq dhe DNBSEQ-T7
-
Sekuenca metagjenomike-TGS
Një metagjenom është një koleksion i materialit gjenetik të një bashkësie të përzier organizmash, siç janë metagjenomat mjedisore dhe njerëzore. Ai përmban gjenomet e mikroorganizmave të kultivueshëm dhe të pakultivueshëm. Sekuenca metagjenomike mundëson studimin e këtyre peizazheve të ndërlikuara gjenomike të ngulitura në mostrat ekologjike duke ofruar më shumë sesa profilizimin taksonomik. Ai gjithashtu ofron një perspektivë funksionale të gjenomikës duke eksploruar gjenet e koduara dhe rolet e tyre të supozuara në proceset mjedisore. Ndërsa qasjet tradicionale të armëve gjahu me sekuencën e Illumina janë përdorur gjerësisht në studimet metagjenomike, ardhja e sekuencave të lexuara gjatë Nanopore dhe PacBio ka ndryshuar fushën. Teknologjia Nanopore dhe PacBio përmirësojnë analizat bioinformatike në rrjedhën e poshtme, veçanërisht montimin e metagjenomës, duke siguruar montime më të vazhdueshme. Raportet tregojnë se metagjenomika me bazë Nanopore dhe PacBio kanë gjeneruar me sukses gjenome bakteriale të plota dhe të mbyllura nga mikrobiomet komplekse (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Integrimi i leximeve Nanopore me leximet e Illumina ofron një qasje strategjike për korrigjimin e gabimeve, duke zbutur saktësinë e ulët të qenësishme të Nanopore. Ky kombinim sinergjik shfrytëzon pikat e forta të secilës platformë të sekuencës, duke ofruar një zgjidhje të fuqishme për të kapërcyer kufizimet e mundshme dhe për të avancuar saktësinë dhe besueshmërinë e analizave metagjenomike.
Platforma: Nanopore PromethION 48, Illumia dhe PacBio Revio
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Gjenet 16S dhe 18S rRNA, së bashku me rajonin Internal Transcripted Spacer (ITS), shërbejnë si shënues kryesorë molekularë të gjurmës së gishtërinjve për shkak të kombinimit të tyre të rajoneve shumë të konservuara dhe hiper-ndryshueshme, duke i bërë ato mjete të paçmueshme për karakterizimin e organizmave prokariotikë dhe eukariotikë. Përforcimi dhe sekuenca e këtyre rajoneve ofron një qasje pa izolim për hetimin e përbërjes dhe diversitetit mikrobik nëpër ekosisteme të ndryshme. Ndërsa renditja e Illumina zakonisht synon rajone të shkurtra hipervariabile si V3-V4 e 16S dhe ITS1, është demonstruar se shënimi taksonomik superior mund të arrihet duke renditur gjatësinë e plotë të 16S, 18S dhe ITS. Kjo qasje gjithëpërfshirëse rezulton në përqindje më të larta të sekuencave të klasifikuara saktë, duke arritur një nivel rezolucioni që shtrihet në identifikimin e specieve. Platforma e renditjes në kohë reale me një molekulë të PacBio (SMRT) dallohet duke ofruar lexime të gjata (HiFi) shumë të sakta që mbulojnë amplikonët me gjatësi të plotë, duke rivalizuar saktësinë e renditjes së Illumina. Kjo aftësi i lejon studiuesit të arrijnë një avantazh të pakrahasueshëm - një pamje panoramike të peizazhit gjenetik. Mbulimi i zgjeruar rrit ndjeshëm rezolucionin në shënimin e specieve, veçanërisht brenda komuniteteve bakteriale ose kërpudhore, duke mundësuar një kuptim më të thellë të ndërlikimeve të popullatave mikrobike.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Sekuenca e amplikonit me teknologjinë Illumina, duke synuar në mënyrë specifike shënuesit gjenetikë 16S, 18S dhe ITS, është një metodë e fuqishme për zbulimin e filogjenisë, taksonomisë dhe bollëkut të specieve brenda komuniteteve mikrobike. Kjo qasje përfshin renditjen e rajoneve hipervariabile të shënuesve gjenetikë të mirëmbajtjes së shtëpisë. Fillimisht u prezantua si gjurmë gishtash molekulare ngaWoeses et alnë 1977, kjo teknikë ka revolucionarizuar profilin e mikrobiomit duke mundësuar analiza pa izolim. Nëpërmjet renditjes së 16S (baktereve), 18S (kërpudhave) dhe Hapësirës së transkriptuar të brendshëm (ITS, kërpudhave), studiuesit mund të identifikojnë jo vetëm specie të bollshme, por edhe ato të rralla dhe të paidentifikuara. I adoptuar gjerësisht si një mjet kryesor, sekuenca e amplikonit është bërë instrumentale në dallimin e përbërjeve diferenciale mikrobike në mjedise të ndryshme, duke përfshirë gojën e njeriut, zorrët, jashtëqitjen dhe më gjerë.
-
Risekuenca e gjenomit të plotë bakteriale dhe kërpudhore
Projektet e ri-sekuencimit të gjenomit të tërë bakteriale dhe kërpudhore janë thelbësore për avancimin e gjenomisë mikrobike duke mundësuar kompletimin dhe krahasimin e gjenomave mikrobike. Kjo lehtëson inxhinierinë e fermentimit, optimizimin e proceseve industriale dhe eksplorimin e rrugëve dytësore të metabolizmit. Për më tepër, ri-sekuenca kërpudhore dhe bakteriale është thelbësore për të kuptuar përshtatjen mjedisore, optimizimin e shtameve dhe zbulimin e dinamikës së evolucionit gjenetik, me implikime të gjera në mjekësi, bujqësi dhe shkencë mjedisore.
-
Sekuenca e ARN-së prokariotike
Sekuenca e ARN-së fuqizon profilizimin gjithëpërfshirës të të gjitha transkripteve të ARN-së brenda qelizave në kushte specifike. Kjo teknologji e fundit shërben si një mjet i fuqishëm, duke zbuluar profilet e ndërlikuara të shprehjes së gjeneve, strukturat e gjeneve dhe mekanizmat molekularë të lidhur me procese të ndryshme biologjike. I adoptuar gjerësisht në kërkimet themelore, diagnostikimin klinikë dhe zhvillimin e ilaçeve, sekuenca e ARN-së ofron njohuri në ndërlikimet e dinamikës qelizore dhe rregullimit gjenetik. Përpunimi ynë i mostrës së ARN-së prokariotike është përshtatur për transkriptomet prokariote, që përfshin zbrazjen e rRNA dhe përgatitjen e bibliotekës së drejtimit.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
Sekuenca metatranskriptome
Duke përdorur teknologjinë e sekuencës Illumina, shërbimi i sekuencës metatranskriptome të BMKGENE zbulon shprehjen dinamike të gjeneve të një grupi të ndryshëm mikrobesh, që përfshin eukariotët deri te prokariotët dhe viruset, brenda mjediseve natyrore si toka, uji, deti, jashtëqitja dhe zorrët. Shërbimi ynë gjithëpërfshirës i fuqizon kërkuesit të hulumtojnë në profilet e plota të shprehjes së gjeneve të komuniteteve komplekse mikrobike. Përtej analizës taksonomike, shërbimi ynë i sekuencës së metatranskriptimit lehtëson eksplorimin në pasurimin funksional, duke hedhur dritë mbi gjenet e shprehura në mënyrë diferenciale dhe rolet e tyre. Zbuloni një mori njohurish biologjike ndërsa lundroni në peizazhet komplekse të shprehjes së gjeneve, diversitetit taksonomik dhe dinamikave funksionale brenda këtyre zonave të ndryshme mjedisore.
-
Asambleja e gjenomit të kërpudhave të reja
BMKGENE ofron zgjidhje të gjithanshme për gjenomet e kërpudhave, duke plotësuar nevojat e ndryshme kërkimore dhe plotësinë e dëshiruar të gjenomit. Përdorimi i vetëm i sekuencës së Illumina me lexim të shkurtër lejon gjenerimin e një projekt gjenomi. Leximet e shkurtra dhe sekuenca e leximit të gjatë duke përdorur Nanopore ose Pacbio kombinohen për një gjenom kërpudhor më të rafinuar me ngjitje më të gjata. Për më tepër, integrimi i sekuencës Hi-C rrit më tej aftësitë, duke mundësuar arritjen e një gjenomi të plotë të nivelit të kromozomit.
-
Asambleja e Gjenomit Bakterik De novo
Ne ofrojmë një shërbim të plotë të montimit të gjenomit bakterial, duke garantuar 0 boshllëqe. Kjo është e mundur duke integruar teknologjitë e renditjes me lexim të gjatë, të tilla si Nanopore dhe PacBio për montim dhe sekuenca me lexim të shkurtër me Illumina për vërtetimin e montimit dhe korrigjimin e gabimeve të leximeve ONT. Shërbimi ynë ofron fluksin e plotë të punës bioinformatike nga montimi, shënimi funksional dhe analiza e avancuar bioinformatike, duke përmbushur qëllime specifike kërkimore. Ky shërbim mundëson zhvillimin e gjenomave referuese precize për studime të ndryshme gjenetike dhe gjenomike. Për më tepër, ai formon bazën për aplikime të tilla si optimizimi i tendosjes, inxhinieria gjenetike dhe zhvillimi i teknologjisë mikrobike, duke siguruar të dhëna gjenomike të besueshme dhe pa boshllëqe, thelbësore për avancimin e njohurive shkencore dhe inovacionit bioteknologjik.
