-
Ndërveprimi i kromatinës me bazë Hi-C
Hi-C është një metodë e krijuar për të kapur konfigurimin gjenomik duke kombinuar ndërveprimet e bazuara në afërsi dhe sekuencën e lartë të përpunimit. Metoda bazohet në lidhjen e kryqëzuar të kromatinës me formaldehidin, e ndjekur nga tretja dhe rilidhja në një mënyrë që vetëm fragmentet që janë të lidhura në mënyrë kovalente do të formojnë produkte të lidhjes. Duke renditur këto produkte të lidhjes, është e mundur të studiohet organizimi 3D i gjenomit. Hi-C mundëson studimin e shpërndarjes së pjesëve të gjenomit që janë të paketuara lehtë (ndarjet A, eukromatinë) dhe kanë më shumë gjasa të jenë aktive transkriptuese, dhe rajonet që janë të paketuara më fort (ndarjet B, Heterokromatina). Hi-C mund të përdoret gjithashtu për të identifikuar domenet e lidhura topologjikisht (TADs), rajone të gjenomit që kanë struktura të palosur dhe ka të ngjarë të kenë modele të ngjashme shprehjeje, dhe për të identifikuar unazat e kromatinës, rajonet e ADN-së që janë të ankoruara së bashku nga proteinat dhe që janë shpeshherë të pasuruara me elemente rregullatore. Shërbimi i renditjes Hi-C i BMKGene fuqizon studiuesit të eksplorojnë dimensionet hapësinore të gjenomikës, duke hapur rrugë të reja për të kuptuar rregullimin e gjenomit dhe implikimet e tij në shëndet dhe sëmundje.
-
Sekuenca e imunoprecipitimit të kromatinës (ChIP-seq)
Imunoprecipitimi i kromatinës (CHIP) është një teknikë që përdor antitrupat për të pasuruar në mënyrë selektive proteinat që lidhen me ADN-në dhe objektivat e tyre përkatëse gjenomike. Integrimi i tij me NGS mundëson profilizimin e gjerë të gjenomit të objektivave të ADN-së të lidhur me modifikimin e histonit, faktorët e transkriptimit dhe proteinat e tjera që lidhin ADN-në. Kjo qasje dinamike mundëson krahasimin e vendeve lidhëse midis llojeve, indeve ose kushteve të ndryshme të qelizave. Aplikimet e ChIP-Seq shtrihen nga studimi i rregullimit transkriptues dhe rrugëve të zhvillimit deri në sqarimin e mekanizmave të sëmundjes, duke e bërë atë një mjet të domosdoshëm për të kuptuar peizazhet e rregullimit gjenomik dhe avancimin e njohurive terapeutike.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
Sekuenca e bisulfiteve të gjenomit të plotë (WGBS)
Sekuenca e Bisulfitit të Gjenomit të Gjithë (WGBS) qëndron si metodologjia e standardit të arit për eksplorimin e thellë të metilimit të ADN-së, veçanërisht pozicionin e pestë në citozinë (5-mC), një rregullator kryesor i shprehjes së gjeneve dhe aktivitetit qelizor. Parimi që qëndron në themel të WGBS përfshin trajtimin e bisulfitit, duke nxitur shndërrimin e citozinave të pametiluara në uracil (C në U), duke lënë të pandryshuara citozinat e metiluara. Kjo teknikë ofron rezolucion me një bazë të vetme, duke i lejuar studiuesit të hetojnë në mënyrë gjithëpërfshirëse metilomën dhe të zbulojnë modele anormale të metilimit që lidhen me kushte të ndryshme, veçanërisht kancerin. Duke përdorur WGBS, shkencëtarët mund të fitojnë njohuri të pakrahasueshme në peizazhet e metilimit të gjenomit, duke ofruar një kuptim të nuancuar të mekanizmave epigjenetikë që qëndrojnë në themel të proceseve dhe sëmundjeve të ndryshme biologjike.
-
Analiza për kromatinën e aksesueshme nga transposaza me sekuencë të përçueshmërisë së lartë (ATAC-seq)
ATAC-seq është një teknikë e sekuencës me performancë të lartë e përdorur për analizën e aksesueshmërisë së kromatinës në të gjithë gjenomin. Përdorimi i tij siguron një kuptim më të thellë të mekanizmave komplekse të kontrollit global epigjenetik mbi shprehjen e gjeneve. Metoda përdor një transpozazë hiperaktive Tn5 për të fragmentuar dhe etiketuar njëkohësisht rajonet e hapura të kromatinës duke futur përshtatës të renditjes. Amplifikimi i mëvonshëm i PCR rezulton në krijimin e një biblioteke sekuencash, e cila lejon identifikimin gjithëpërfshirës të rajoneve të hapura të kromatinës në kushte specifike hapësirë-kohore. ATAC-seq ofron një pamje holistike të peizazheve të aksesueshme të kromatinës, ndryshe nga metodat që fokusohen vetëm në vendet e lidhjes së faktorit të transkriptimit ose në rajone specifike të modifikuara nga histone. Duke renditur këto rajone të hapura të kromatinës, ATAC-seq zbulon rajone më të prirura për sekuenca rregullatore aktive dhe vende të mundshme lidhëse të faktorit të transkriptimit, duke ofruar njohuri të vlefshme në modulimin dinamik të shprehjes së gjeneve në të gjithë gjenomin.
-
Sekuenca bisulfite me përfaqësim të reduktuar (RRBS)
Sekuenca e Bisulfiteve me Përfaqësim të Reduktuar (RRBS) është shfaqur si një alternativë me kosto efektive dhe efikase ndaj Sekuencës së Bisulfitit të Gjenomit të Gjithë (WGBS) në kërkimin e metilimit të ADN-së. Ndërsa WGBS ofron njohuri gjithëpërfshirëse duke ekzaminuar të gjithë gjenomin në rezolucion bazë të vetme, kostoja e tij e lartë mund të jetë një faktor kufizues. RRBS e zbut në mënyrë strategjike këtë sfidë duke analizuar në mënyrë selektive një pjesë përfaqësuese të gjenomit. Kjo metodologji mbështetet në pasurimin e rajoneve të pasura me ishull CpG me ndarje MspI e ndjekur nga përzgjedhja e madhësisë së fragmenteve 200-500/600 bps. Rrjedhimisht, vetëm rajonet afër ishujve CpG janë renditur, ndërsa ato me ishuj të largët CpG janë përjashtuar nga analiza. Ky proces, i kombinuar me sekuencën e bisulfiteve, lejon zbulimin me rezolucion të lartë të metilimit të ADN-së dhe qasja e sekuencës, PE150, fokusohet veçanërisht në skajet e inserteve dhe jo në mes, duke rritur efikasitetin e profilizimit të metilimit. RRBS është një mjet i paçmuar që mundëson kërkime me kosto efektive të metilimit të ADN-së dhe avancon njohuritë e mekanizmave epigjenetikë.
