Sekuencimi i gjenomit të tërë/kafshëve të tërë
Karakteristikat e shërbimit
● Përgatitja e bibliotekës mund të jetë standarde ose pa PCR
● Në dispozicion në 4 platforma sekuencimi: Illumina Novaseq, MGI T7, Nanopore Promethion P48, ose Pacbio Revio.
Analysis Analiza bioinformatike e përqendruar në zbulimin e varianteve: SNP, INDEL, SV dhe CNV
Avantazhet e shërbimit
>Të dhëna të gjera të ekspertizës dhe botimit: Përvoja e akumuluar në sekuencat e gjenomit për mbi 1000 specie ka rezultuar në mbi 1000 raste të publikuara me një faktor kumulativ ndikimi mbi 5000.
>Analizë gjithëpërfshirëse e bioinformatikës: Përfshirja e thirrjes së variacionit dhe shënimi i funksionit.
● Mbështetje pas shitjes:Angazhimi ynë shtrihet përtej përfundimit të projektit me një periudhë shërbimi pas shitjes 3-mujore. Gjatë kësaj kohe, ne ofrojmë ndjekjen e projektit, ndihmën e zgjidhjes së problemeve dhe seancat e Q&A për të adresuar çdo pyetje që lidhen me rezultatet.
>Shënim gjithëpërfshirës: Ne përdorim baza të të dhënave të shumta për të shënuar funksionalisht gjenet me ndryshime të identifikuara dhe për të kryer analizën përkatëse të pasurimit, duke siguruar njohuri për projekte të shumta kërkimore.
Specifikimet e shërbimit
| Variantet që do të identifikohen | Strategjia e sekuencave | Thellësia e rekomanduar |
| SNP dhe indel | Illumina Novaseq PE150 ose MGI T7 | 10x |
| SV dhe CNV (më pak e saktë) | 30x | |
| SV dhe CNV (më e saktë) | Prom Nanopore P48 | 20x |
| SNP, Indels, SV dhe CNV | Pacbio Revio | 10x |
Kërkesat e mostrës
| Acide nukleike të indeve ose të nxjerra | Illumina/MGI | Nanopore | Pacbio
| ||
| Viskerë e kafshëve | 0.5-1 g | ≥ 3.5 g
| ≥ 3.5 g
| ||
| Muskul i kafshëve | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Gjak gjitar | 1.5 ml | ≥ 0,5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Gjaku i shpendëve/peshkut | ≥ 0,1 ml
| ≥ 0,5 ml
| |||
| Bimë- fletë e freskët | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Qelizat e kultivuara |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Ind i butë/ind i insekteve/individuale | 0.5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| ADN e nxjerrë
| Përqendrimi: ≥ 1 ng/ μl Shuma: ≥ 30 ng I kufizuar ose pa degradim ose ndotje
| Përqendrim Sasi
OD260/280
OD260/230
I kufizuar ose pa degradim ose ndotje
| ≥ Ng/ μl 4 µg/qelizë/mostër rrjedhëse
1.7-2.2
≥1.5 | Përqendrim Sasi
OD260/280
OD260/230
I kufizuar ose pa degradim ose ndotje | ≥ 50 ng/ μl 10 µg/qelizë/mostër rrjedhëse
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| Përgatitja e bibliotekës pa PCR: Përqendrimi≥ 40 ng/ µl Shuma 500 ng | |||||
Rrjedha e punës së shërbimit
Dorëzimi i mostrës
Nxjerrje ADN
Ndërtim bibliotekash
Sekuencim
Analiza e të dhënave
Shpërndarja e të dhënave
Përfshinë analizën e mëposhtme:
- Kontrolli i cilësisë së të dhënave të papërpunuara
- Statistikat e shtrirjes për të referuar gjenomin
- Identifikimi i Variantit: SNP, INDEL, SV dhe CNV
- Shënimi funksional i varianteve
Statistikat e shtrirjes në gjenomin e referencës - Shpërndarja e thellësisë së sekuencave
SNP duke thirrur midis mostrave të shumta
Identifikimi i Indel-Statistikat e gjatësisë së indel në rajonin e CDS dhe rajonin e gjerë të gjenomit
Shpërndarja e varianteve në të gjithë Gjenomin - Komploti i Circos
Shënimi funksional i gjeneve me variante të identifikuara - ontologji gjenesh
Chai, Q. et al. (2023) 'Një glutathione S - Transferaza GHTT19 Përcakton pigmentimin e petalit të luleve përmes rregullimit të akumulimit të anthocyanin në pambuk', Revista Bioteknologjike e Bimëve, 21 (2), f. 433. Doi: 10.1111/pbi.13965.
Cheng, H. et al. (2023) 'Gjenomi i egër i nivelit kromozom HeVea brasiliensis ofron mjete të reja për mbarështimin e ndihmuar nga gjenomi dhe lokacione të vlefshme për të ngritur rendimentin e gomës', Revista Bioteknologjike e Bimëve, 21 (5), f. 1058-1072. doi: 10.1111/pbi.14018.
Li, A. et al. (2021) 'Gjenomi i gocës së detit të grykëderdhjes ofron njohuri mbi ndikimin klimatik dhe plasticitetin adaptiv', Biologjinë e Komunikimeve 2021 4: 1, 4 (1), f. 1–12. doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng, T. et al. (2022) 'Analiza e ndryshimeve të gjenomit dhe metilimit në pulat indigjene kineze me kalimin e kohës siguron pasqyrë në ruajtjen e specieve', Biologjia e Komunikimeve, 5 (1), f. 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
