Zgjidhje mRNA me gjatësi të plotë PacBio 2+3
Veçoritë
● Dizajni i studimit:
Mostra e grumbulluar e renditur me PacBio për të identifikuar izoformat e transkriptit
Mostrat e ndara (përsëritjet dhe kushtet që do të testohen) të renditura me tëNGS për të përcaktuar sasinë e shprehjes së transkriptit
● Sekuenca PacBio në modalitetin CCS, duke gjeneruar lexime HiFi
● Renditja e transkripteve të plota
● Analiza nuk kërkon një gjenom referencë; megjithatë, mund të përdoret
● Analiza bioinformatike përfshin jo vetëm shprehjen në nivelin e gjeneve dhe të izoformës, por edhe analizën e ARN-së lnc, shkrirjet e gjeneve, poliadenilimin dhe strukturën e gjeneve
Avantazhet
● Saktësi e lartë: HiFi lexon me saktësi >99,9% (Q30), e krahasueshme me NGS
● Analiza alternative e bashkimit: renditja e të gjitha transkripteve mundëson identifikimin dhe karakterizimin e izoformave.
● Kombinimi i pikave të forta PacBio dhe NGS: Mundësimi i sasisë së shprehjes në nivelin izoformë, zbulimi i ndryshimit që mund të maskohet kur analizohet shprehja e plotë e gjenit
● Ekspertizë e gjerë: me një histori të kryerjes së mbi 1100 projekteve të transkriptimit të plotë të PacBio dhe përpunimit të mbi 2300 mostrave, ekipi ynë sjell një përvojë të pasur për çdo projekt.
● Mbështetje pas shitjes: angazhimi ynë shtrihet përtej përfundimit të projektit me një periudhë shërbimi pas shitjes 3-mujore. Gjatë kësaj kohe, ne ofrojmë ndjekjen e projektit, ndihmë për zgjidhjen e problemeve dhe sesione pyetjesh dhe përgjigjesh për të adresuar çdo pyetje në lidhje me rezultatet.
Kërkesat e mostrës dhe dorëzimi
| Biblioteka | Strategjia e renditjes | Të dhënat e rekomanduara | Kontrolli i cilësisë |
| Biblioteka CCS mRNA e pasuruar me PolyA | Vazhdimi i PacBio II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Poli A i pasuruar | Ndriçues PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Nukleotidet
|
| Konk.(ng/μl) | Sasia (μg) | Pastërti | Integriteti |
| Biblioteka Illumina | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ndotje e kufizuar ose pa proteina ose ADN e treguar në xhel. | Për bimët: RIN≥4.0; Për kafshët: RIN≥4.5; 5,0≥28S/18S≥1,0; lartësi bazë e kufizuar ose aspak |
| Biblioteka PacBio | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ndotje e kufizuar ose pa proteina ose ADN e treguar në xhel. | Bimët: RIN≥7.5 Kafshët: RIN≥8.0 5,0≥28S/18S≥1,0; lartësi bazë e kufizuar ose aspak |
Dorëzimi i mostrës së rekomanduar
Enë: tub centrifuge 2 ml (Folja e kallajit nuk rekomandohet)
Etiketimi i mostrës: Grup+përsëritje p.sh. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Dërgesa:
1. Akull i thatë:Mostrat duhet të paketohen në thasë dhe të varrosen në akull të thatë.
2. Tubat e qëndrueshëm me ARN: Mostrat e ARN-së mund të thahen në tubin e stabilizimit të ARN-së (p.sh. RNAstable®) dhe të dërgohen në temperaturën e dhomës.
Përfshin analizën e mëposhtme:
Kontrolli i cilësisë së të dhënave të papërpunuara
Analiza alternative e poliadenilimit (APA)
Analiza e transkriptit të shkrirjes
Analiza alternative e bashkimit
Analiza e krahasimit të Ortologëve me Një kopje universale (BUSCO).
Analiza e transkriptit të ri: parashikimi i sekuencave koduese (CDS) dhe shënimi funksional
Analiza lncARN: parashikimi i lncARN dhe objektivave
Identifikimi MicroSatelite (SSR)
Analiza e transkripteve të shprehura në mënyrë diferenciale (DET).
Analiza e gjeneve të shprehura në mënyrë diferenciale (DEGs).
Shënim funksional i DEG-ve dhe DET-ve
Analiza BUSCO
Analiza alternative e bashkimit
Analiza alternative e poliadenilimit (APA)
Gjenet e shprehura në mënyrë diferenciale (DEGs) dhe transkriptet (analiza DETs9).
Rrjetet e ndërveprimit protein-proteinë të DET dhe DEG
Eksploroni përparimet e lehtësuara nga renditja e plotë e mRNA PacBio 2+3 e BMKGene përmes një koleksioni të kuruar publikimesh.
Chao, Q. et al. (2019) 'Dinamika e zhvillimit të trankriptomës së trungut Populus', Revista Bioteknologjia e Bimëve, 17(1), fq. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Ndryshimet dinamike në përmbajtjen e acidit askorbik gjatë zhvillimit të frutave dhe pjekjes së Actinidia latifolia (një kulturë frutash e pasur me askorbat) dhe mekanizmat molekularë të lidhur', International Journal of Molecular Sciences, 23(10), f. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Parashikimi efektiv i gjeneve të rrugës biosintetike të përfshira në polifilinat bioaktive në polifilën e Parisit', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), fq. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Analiza e kombinuar PacBio Iso-Seq dhe Illumina RNA-Seq e gjeneve të transkriptomit Tuta absoluta (Meyrick) dhe citokrom P450', Insektet, 14(4), f. 363. doi: 10.3390/INSEKTE14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'Një studim i kompleksitetit të transkriptomës duke përdorur analizën në kohë reale me një molekulë PacBio e kombinuar me sekuencën e ARN-së Illumina për një kuptim më të mirë të biosintezës së acidit ricinoleik në Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), fq. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
