Evolucioni i Gjenomit, Pangenome
Çfarë është pan-gjenomi?
Evidencat e akumuluara tregojnë se varianca midis shtameve të ndryshme të një specie mund të jetë e madhe. Një gjenom i vetëm nuk është i mjaftueshëm për të fituar tërë pamjen e informacionit gjenetik të një specie të vetme. Qëllimi i studimit pan-gjenom është të marrë një grafik gjenomik më gjithëpërfshirës të një specie dhe të deshifrojë marrëdhëniet midis tipareve dhe kodeve gjenetike duke kryer montimin e gjenomit de novo të shtameve të shumta, e cila lejon një minierë më të thellë dhe më të gjerë të variacioneve.
Tendencat e studimit pan-gjenom
Figura 1 Tendencat e punimeve kërkimore të publikuara të pan-gjenomit.
Shënim: Shifra tregon rezultatin e marrjes së "pan-genomës" si fjalën kryesore për të kërkuar titujt e artikujve të botuar në revista të serive të Natyrës, Cell dhe Shkencave
a Leximet nga mostrat e shumta janë në përputhje me një referencë dhe ato të pa nënshkruara janë mbledhur në kontekste të reja. Duke shtuar këto kontekste të reja në sekuencën origjinale të referencës, mund të ndërtohet një referencë pangenome. Rajonet e disponueshme përcaktohen bazuar në hartën e të gjitha leximeve përsëri në Pangenome.
b. Asambleja de novo e gjenomeve të pranimeve të shumta lejon qasje të shtrirjes së gjenomit të tërë për të identifikuar rajone gjenomike të disponueshme.
c. Një grafik pan-gjenome mund të ndërtohet nga shtrirjet e tëra të gjenomit ose nga montimi i grafikut de novo, i cili ruan në mënyrë efikase informacionin e varianteve të rajoneve të disponueshme si shtigje unike përmes grafikut.
Si të ndërtoni një pan-gjenom?
Figura 2 Krahasimi i qasjeve pan-gjenome1
a Leximet nga mostrat e shumta janë në përputhje me një referencë dhe ato të pa nënshkruara janë mbledhur në kontekste të reja. Duke shtuar këto kontekste të reja në sekuencën origjinale të referencës, mund të ndërtohet një referencë pangenome. Rajonet e disponueshme përcaktohen bazuar në hartën e të gjitha leximeve përsëri në Pangenome.
b. Asambleja de novo e gjenomeve të pranimeve të shumta lejon qasje të shtrirjes së gjenomit të tërë për të identifikuar rajone gjenomike të disponueshme.
c. Një grafik pan-gjenome mund të ndërtohet nga shtrirjet e tëra të gjenomit ose nga montimi i grafikut de novo, i cili ruan në mënyrë efikase informacionin e varianteve të rajoneve të disponueshme si shtigje unike përmes grafikut.
Pan-gjenomet e botuara së fundmi
● Pan-gjenomet e përdhunimit2
● Pan-gjenomet e domates 3
● Pan -oriz -Genomi4
● Pan-Genome Luledielli5
● Pan-genome e sojës 6
● Pan-gjenomi i orizit7
● Pan-gjenom i elbit8
● Pan-Genomi i Grurit9
● Sorghum Pan-Genome10
● Pan-genome Phytoplankton11
Referim
1. Bayer PE, Goliczz AA, Scheben A, Batley J, Edvard D. Pan-gjenomet e bimëve janë referenca e re. Bimë nat. 2020; 6 (8): 914-920. doi: 10.1038/s41477-020-0733-0
2. Kënga JM, Guan Z, Hu J, et al. Tetë gjenome me cilësi të lartë zbulojnë arkitekturën pan-gjenomike dhe diferencimin ekotip të Brassica napus. Bimë nat. 2020; 6 (1): 34-45. doi: 10.1038/s41477-019-0577-7
3. Gao L, Gonda I, Sun H, et al. Pan-gjenomi i domates zbulon gjenet e reja dhe një alele të rrallë që rregullon aromën e frutave. Nat Genet. 2019; 51 (6): 1044-1051. doi: 10.1038/s41588-019-0410-2
4. Zhao Q, Feng Q, Lu H, et al. Analiza Pan-Genome nënvizon shtrirjen e variacionit gjenomik në orizin e kultivuar dhe të egër [Korrigjimi i botuar shfaqet në Nat Genet. 2018 Gusht; 50 (8): 1196]. Nat Genet. 2018; 50 (2): 278-284. doi: 10.1038/s41588-018-0041-z
5. Hübner S, Bercovich N, Todesco M, et al. Analiza e pan-gjenomit të lulediellit tregon se hibridizimi ndryshoi përmbajtjen e gjenit dhe rezistencën ndaj sëmundjeve. Bimë nat. 2019; 5 (1): 54-62. doi: 10.1038/s41477-018-0329-0
6. Liu y, du H, Li P, et al. Pan-gjenomi i sojës së egër dhe të kultivuar. Qelizë 2020; 182 (1): 162-176.E13. doi: 10.1016/j.cell.2020.05.023
7. Qin P, Lu H, Du H, et al. Analiza pan-gjenome e 33 pranimeve gjenetikisht të ndryshme të orizit zbulon variacione të fshehura gjenomike [botuar në internet përpara shtypjes, 2021 maj 25]. Qelizë 2021; S0092-8674 (21) 00581-x. doi: 10.1016/j.cell.2021.04.046
8. Jayakodi M, Padmarasu S, Haberer G, et al. Pan-gjenomi i elbit zbulon trashëgiminë e fshehur të mbarështimit të mutacionit. Natyrë 2020; 588 (7837): 284-289. doi: 10.1038/s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S, Gao L, Monat C, et al. Gjenome të shumta gruri zbulojnë ndryshime globale në mbarështimin modern. Natyrë 2020; 588 (7837): 277-283. doi: 10.1038/s41586-020-2961-x
10. Tao Y, Luo H, Xu J, et al. Ndryshime të gjera brenda pan-gjenomit të sorgumit të kultivuar dhe të egër [botuar në internet përpara shtypjes, 2021 maj 20]. Bimë nat. 2021; 10.1038 / s41477-021-00925-x. doi: 10.1038/s41477-021-00925-x
11. Fan X, Qiu H, Han W, et al. Pangenome fitoplankton zbulon transferimin e gjerë të gjenit horizontal prokariotik të funksioneve të ndryshme. Sci Adv. 2020; 6 (18): EABA0111. Botuar 2020 Prill 29. DOI: 10.1126/sciadv.aba0111
Koha e postimit: Jan-04-2022