Transkriptimi është lidhja midis informacionit gjenetik gjenomik dhe proteinomit të funksionit biologjik. Rregullimi i nivelit transkriptues është mënyra më e rëndësishme dhe mënyra më e studiuar e rregullimit të organizmave. Sekuencimi transkriptome mund të rendisë transkriptomin në çdo pikë në kohë ose në çdo gjendje, me një rezolucion të saktë për një nukleotid të vetëm. Mund të pasqyrojë në mënyrë dinamike nivelin e transkriptimit të gjeneve, të identifikojë njëkohësisht dhe të përcaktojë transkriptet e rralla dhe normale, dhe të sigurojë informacionin strukturor të transkriptet specifike të mostrës.
Aktualisht, teknologjia e sekuencave transkriptome është përdorur gjerësisht në agronomi, mjekësi dhe fusha të tjera kërkimore, duke përfshirë rregullimin e zhvillimit të kafshëve dhe bimëve, adaptimin e mjedisit, ndërveprimin imunitar, lokalizimin e gjeneve, evolucionin gjenetik të specieve dhe zbulimin e sëmundjeve gjenetike.
