● Dy panele ekzome të disponueshme bazuar në pasurimin e objektivit me sonda: Sure Select Human All Exon v6 (Agilent) dhe xGen Exome Hybridization Panel v2 (IDT).
● Sekuenca në Illumina NovaSeq.
● Tubacioni bioinformatik i drejtuar drejt analizës së sëmundjes ose analizës së tumorit.
●Synon rajonin e kodimit të proteinave: Duke kapur dhe renditur rajonet koduese të proteinave, hWES përdoret për të zbuluar variante që lidhen me strukturën e proteinave.
●Me kosto efektive:hWES jep afërsisht 85% të mutacioneve të lidhura me sëmundjet njerëzore nga 1% e gjenomit njerëzor.
●Saktësi e lartë: Me thellësi të lartë të renditjes, hWES lehtëson zbulimin e varianteve të zakonshme dhe varianteve të rralla me frekuenca më të ulëta se 1%.
●Kontroll rigoroz i cilësisë: Ne zbatojmë pesë pika kryesore të kontrollit në të gjitha fazat, nga përgatitja e mostrës dhe bibliotekës deri te sekuenca dhe bioinformatika. Ky monitorim i përpiktë siguron dhënien e rezultateve të vazhdueshme me cilësi të lartë.
●Analizë Gjithëpërfshirëse Bioinformatike: tubacioni ynë shkon përtej identifikimit të variacioneve në gjenomën e referencës, pasi ai përfshin analiza të avancuara të krijuara për të adresuar në mënyrë specifike pyetjet kërkimore që lidhen me aspektet gjenetike të sëmundjeve ose analizën e tumorit.
●Mbështetje pas shitjes:Angazhimi ynë shtrihet përtej përfundimit të projektit me një periudhë shërbimi pas shitjes 3-mujore. Gjatë kësaj kohe, ne ofrojmë ndjekjen e projektit, ndihmë për zgjidhjen e problemeve dhe sesione pyetjesh dhe përgjigjesh për të adresuar çdo pyetje në lidhje me rezultatet.
Strategjia e kapjes së Exon | Strategjia e renditjes | Prodhimi i rekomanduar i të dhënave |
Sure Select Human All Exon v6 (Agilent) ose Paneli i Hibridizimit të XGen Exome v2 (IDT)
| Illumina NovaSeq PE150 | 5-10 Gb Për çrregullimet mendeliane/sëmundjet e rralla: > 50x Për mostrat e tumorit: ≥ 100x |
Lloji i mostrës
| Shuma(Qubit®)
| Përqendrimi | Vëllimi
| Pastërti (NanoDrop™) |
ADN gjenomike
| ≥ 50 ng | ≥ 6 ng/μL | ≥ 15 μL | OD260/280=1,8-2,0 pa degradim, pa kontaminim
|
Analiza bioinformatike e mostrave të sëmundjes hWES përfshin:
● Renditja e të dhënave QC
● Përafrimi i gjenomit të referencës
● Identifikimi i SNP dhe InDels
● Shënimi funksional i SNP dhe InDels
Analiza bioinformatike e mostrave të tumorit përfshin:
● Renditja e të dhënave QC
● Përafrimi i gjenomit të referencës
● Identifikimi i SNP-ve, InDels dhe variacioneve somatike
● Identifikimi i varianteve të brezit
● Analiza e nënshkrimeve të mutacioneve
● Identifikimi i gjeneve shtytëse bazuar në mutacionet e fitimit të funksionit
● Shënimi i mutacionit në nivelin e ndjeshmërisë ndaj drogës
● Analiza e heterogjenitetit – llogaritja e pastërtisë dhe ploidisë
QC e të dhënave - Statistikat e kapjes së Exome
Identifikimi i variantit – InDels
Analiza e avancuar: identifikimi dhe shpërndarja e SNP-ve/InDels të dëmshme – Komploti i Circos
Analiza e tumorit: identifikimi dhe shpërndarja e mutacioneve somatike – Grafiku i Circos
Analiza e tumorit: linjat klonale