Asambleja e gjenomit të bazuar në Hi-C
Hi-C është një metodë e krijuar për të kapur konfigurimin e kromozomeve duke kombinuar ndërveprimet e bazuara në afërsi dhe sekuencën me performancë të lartë. Intensiteti i këtyre ndërveprimeve besohet të jetë i lidhur negativisht me distancën fizike në kromozome. Prandaj, të dhënat Hi-C përdoren për të udhëhequr grumbullimin, renditjen dhe orientimin e sekuencave të grumbulluara në një projekt gjenom dhe ankorimin e tyre në një numër të caktuar kromozomesh. Kjo teknologji fuqizon një asamble gjenomi në nivel kromozomi në mungesë të një harte gjenetike të bazuar në popullatë. Çdo gjenom i vetëm ka nevojë për një Hi-C.
Karakteristikat e shërbimit
● Sekuenca në Illumina NovaSeq me PE150.
● Shërbimi kërkon që mostrat e indeve, në vend të acideve nukleike të nxjerra, të lidhen me formaldehidin dhe të ruajnë ndërveprimet ADN-proteinë.
● Eksperimenti Hi-C përfshin kufizimin dhe riparimin e fundit të skajeve ngjitëse me biotinë, e ndjekur nga qarkullimi i skajeve të topitura që rezultojnë duke ruajtur ndërveprimet. ADN-ja më pas tërhiqet poshtë me rruaza streptavidine dhe pastrohet për përgatitjen e mëvonshme të bibliotekës.
Avantazhet e Shërbimit
Përmbledhje e Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Shkenca, 2009)
●Eliminimi i nevojës për të dhëna gjenetike të popullsisë:Hi-C zëvendëson informacionin thelbësor të kërkuar për ankorimin e vazhdueshëm.
●Dendësia e lartë e shënuesit:duke çuar në një raport të lartë të ankorimit mbi 90%.
●Ekspertiza e gjerë dhe të dhënat e publikimit:BMKGene ka përvojë të madhe me më shumë se 2000 raste të montimit të gjenomit Hi-C nga 1000 lloje të ndryshme dhe patenta të ndryshme. Mbi 200 raste të publikuara kanë një faktor ndikimi akumulues prej mbi 2000.
●Ekipi shumë i aftë i bioinformatikës:me patentat e brendshme dhe të drejtat e autorit të softuerit për eksperimentet Hi-C dhe analizën e të dhënave, softueri i të dhënave të vizualizimit i zhvilluar vetë mundëson lëvizjen manuale të bllokut, kthimin, revokimin dhe ribërjen e bllokut.
●Mbështetje pas shitjes:Angazhimi ynë shtrihet përtej përfundimit të projektit me një periudhë shërbimi pas shitjes 3-mujore. Gjatë kësaj kohe, ne ofrojmë ndjekjen e projektit, ndihmë për zgjidhjen e problemeve dhe sesione pyetjesh dhe përgjigjesh për të adresuar çdo pyetje në lidhje me rezultatet.
●Shënim gjithëpërfshirës: ne përdorim baza të të dhënave të shumta për të shënuar në mënyrë funksionale gjenet me variacione të identifikuara dhe për të kryer analizën përkatëse të pasurimit, duke ofruar njohuri mbi projekte të shumta kërkimore.
Specifikimet e Shërbimit
| Përgatitja e bibliotekës | Strategjia e renditjes | Dalja e rekomanduar e të dhënave | Kontrolli i cilësisë |
| Biblioteka Hi-C | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Kërkesat e mostrës
| Indi | Shuma e kërkuar |
| Të brendshmet e kafshëve | ≥ 2 g |
| Muskujt e kafshëve | |
| Gjaku i gjitarëve | ≥ 2 ml |
| Gjaku i shpendëve/peshkut | |
| Bimë - Gjeth i freskët | ≥ 3 g |
| Qelizat e kultivuara | ≥ 1x107 |
| Insekti | ≥ 2 g |
Rrjedha e punës së shërbimit
Dizajni i eksperimentit
Dorëzimi i mostrës
Ndërtimi i bibliotekës
Sekuenca
Analiza e të dhënave
Shërbimet pas shitjes
1) QC e të dhënave të papërpunuara
2) QC e bibliotekës Hi-C: vlerësimi i ndërveprimeve të vlefshme Hi-C
3) Asambleja Hi-C: grumbullimi i kontigëve në grupe, i ndjekur nga renditja e vazhdueshme brenda secilit grup dhe caktimi i orientimit kontig
4) Vlerësimi Hi-C
Hi-C Library QC – vlerësimi i çifteve të vlefshme të ndërveprimit Hi-C
Hi-C Asambleja – statistika
Vlerësimi pas montimit - harta e nxehtësisë e intensitetit të sinjalit midis koshave
Eksploroni përparimet e ndihmuara nga shërbimet e montimit Hi-C të BMKGene përmes një koleksioni të kuruar botimesh.
Tian, T. et al. (2023) 'Asambleja e gjenomit dhe diseksioni gjenetik i një germplazme misri të spikatur rezistente ndaj thatësirës', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), fq. 496-506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL et al. (2020) 'A Asambleja e shkallës së kromozomeve të gjenomit të bletës aziatike Apis cerana', Frontiers in Genetics, 11, f. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) 'Zbulimi i evolucionit të biosintezës së alkaloidit të tropanit duke analizuar dy gjenome në familjen Solanaceae', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), fq. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) 'Genomet e pemës Banyan dhe Grerëzës Pollinator japin njohuri në bashkëevolucionin e Fig-Grerëzave', Cell, 183(4), f. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
