Exclusive Agency for Korea

BMKCLOUD Identifikohu

Produkte

Ndërveprimi i kromatinës me bazë Hi-C

Hi-C është një metodë e krijuar për të kapur konfigurimin gjenomik duke kombinuar ndërveprimet e bazuara në afërsi të provës dhe sekuencat e hapjes së lartë. Metoda bazohet në ndërlidhjen e kromatinës me formaldehidin, i ndjekur nga tretja dhe ri-lidhja në një mënyrë që vetëm fragmentet që janë të lidhura në mënyrë kovalente do të formojnë produkte lidhës. Duke renditur këto produkte të lidhjes, është e mundur të studiohet organizimi 3D i gjenomit. HI-C mundëson studimin e shpërndarjes së pjesëve të gjenomit që janë të paketuara lehtë (një ndarje, eukromatin) dhe ka më shumë të ngjarë të jenë aktivisht aktivë, dhe rajonet që janë të paketuara më fort (B ndarje B, heterokromatin). Hi-C gjithashtu mund të përdoret për të përcaktuar fushat e lidhura topologjikisht (TAD), rajone të gjenomit që kanë struktura të palosura dhe ka të ngjarë të kenë modele të ngjashme të shprehjes, dhe të identifikojnë sythe kromatine, rajone të ADN-së që janë të ankoruara së bashku nga proteinat dhe që janë shpesh i pasuruar në elementë rregullatorë. Shërbimi i sekuencave Hi-C të BMKGene i fuqizon studiuesit të eksplorojnë dimensionet hapësinore të gjenomikës, duke hapur rrugë të reja për të kuptuar rregullimin e gjenomit dhe implikimet e tij në shëndet dhe sëmundje.

Na kontaktoni

Detajet e shërbimit

Bioinformatikë

Rezultatet e Demos

Botime të paraqitura

Karakteristikat e shërbimit

● Sekuencimi në Illumina Novaseq me PE150.

● Shërbimi kërkon mostra të indeve, në vend të acideve nukleike të nxjerra, të ndërlidhen me formaldehidin dhe të konservojnë ndërveprimet e ADN-proteinave.

● Eksperimenti HI-C përfshin kufizimin dhe riparimin përfundimtar të skajeve ngjitëse me biotin, e ndjekur nga qarkullimi i skajeve të prapambetura që rezulton ndërsa ruan ndërveprimet. ADN -ja më pas tërhiqet me rruaza streptavidin dhe pastrohet për përgatitjen e mëvonshme të bibliotekës.

Avantazhet e shërbimit

>Dizajni optimal i enzimës kufizuese: Për të siguruar një efikasitet të lartë HI-C në specie të ndryshme me çifte ndërveprimi deri në 93% të vlefshme.

>Të dhënat e ekspertizës dhe botimit të gjerë:BMKGene ka përvojë të gjerë me> 2000 projekte të sekuencave Hi-C nga 800 specie të ndryshme dhe patenta të ndryshme. Mbi 100 raste të publikuara me një faktor ndikimi akumulues mbi 900.

>Ekipi i Bioinformatikës shumë i aftë:Me patenta të brendshme dhe të drejtat e autorit të softuerit për eksperimentet HI-C dhe analizën e të dhënave dhe një softuer të të dhënave të vetë-zhvilluara të vizualizimit.

>Mbështetje pas shitjes:Angazhimi ynë shtrihet përtej përfundimit të projektit me një periudhë shërbimi pas shitjes 3-mujore. Gjatë kësaj kohe, ne ofrojmë ndjekjen e projektit, ndihmën e zgjidhjes së problemeve dhe seancat e Q&A për të adresuar çdo pyetje që lidhen me rezultatet.

>Shënim gjithëpërfshirës: Ne përdorim baza të të dhënave të shumta për të shënuar funksionalisht gjenet me ndryshime të identifikuara dhe për të kryer analizën përkatëse të pasurimit, duke siguruar njohuri për projekte të shumta kërkimore.

Specifikimet e shërbimit

Bibliotekë

Strategjia e sekuencave

Prodhimi i rekomanduar i të dhënave

Rezolucioni i sinjalit Hi-C

Bibliotekë

Illumina PE150

Lak i kromatinës: 150x

Tad: 50x

Lak i kromatinës: 10kb

Tad: 40kb

Kërkesat e shërbimit

Lloji i mostrës	Shuma e kërkuar
Ind i kafshëve	≥2G
I plotë	≥2ml
Kërpudhat	≥1g
Inde e re bimore	1G/Aliquot, 2-4 Aliquota të rekomanduara
Qelizat e kultivuara	≥1x10⁷

I mëparshmi: Kit ARN i bimëve magnetike të zgjuar TGUIDE

Tjetra: Bibliotekat e paracaktuara të DNBSEQ

Përfshinë analizën e mëposhtme:

● Të dhëna të papërpunuara QC;

● Hartimi dhe Biblioteka Hi-C QC: çifte të vlefshme ndërveprimi dhe eksponentët e kalbjes së ndërveprimit (IDE);

Profilizimi i ndërveprimit të gjerë të gjenomit: analiza cis/trans dhe harta e ndërveprimit Hi-C;

● Analiza e shpërndarjes së ndarjes A/B;

● Identifikimi i TAD -ve dhe sytheve të kromatinës;

Analysis Analizë diferenciale mbi elementët e strukturës së kromatinës 3D midis mostrave dhe shënimit funksional përkatës të gjeneve të shoqëruara.

Shpërndarja e proporcionit cis dhe trans

Harta e nxehtësisë së ndërveprimeve kromozomale midis mostrave

Shpërndarja në mbarë gjenomin e ndarjeve A/B

Shpërndarja në mbarë gjenomin e sytheve të kromatinës

Vizualizimi i TAD -ve

Eksploroni përparimet e hulumtimit të lehtësuara nga shërbimet e sekuencave të BMKGene Hi-C përmes një koleksioni të kuruar të botimeve.

Meng, T. et al. (2021) 'Një analizë krahasuese e integruar multi-omike identifikon CA2 si një objektiv të ri për Chordoma',Neuro-onkologji, 23 (10), faqe 1709–1722. doi: 10.1093/neuonc/noab156.

Xu, L. et al. (2021) 'disorganizimi 3D dhe rirregullimi i gjenomit ofrojnë njohuri për patogjenezën e NAFLD nga sekuencat e integruara Hi-C, Nanopore dhe ARN',Acta Pharmaceutica Sinica B, 11 (10), faqe 3150–3164. doi: 10.1016/j.apsb.2021.03.022.