De novo kërpudhat asamble të gjenomit
BMKGene ofron zgjidhje të gjithanshme për gjenomet e kërpudhave, duke ushqyer nevoja të ndryshme kërkimore dhe tërësinë e dëshiruar të gjenomit. Përdorimi i sekuencave të Illumina me lexim të shkurtër vetëm lejon gjenerimin e një projekt-gjenomi. Lexime të shkurtra dhe sekuencat me lexim të gjatë duke përdorur nanopore ose pacbio janë të kombinuara për një gjenom kërpudhat më të rafinuar me kontekste më të gjata. Për më tepër, integrimi i sekuencave HI-C rrit më tej aftësitë, duke mundësuar arritjen e një gjenomi të plotë të nivelit kromozom.
Karakteristikat e shërbimit
Me tre mundësi të mundshme për të zgjedhur nga varësi i shkallës së dëshiruar të plotësisë së gjenomit:
Option Draft Opsioni i gjenomit: Sekuencimi i lexueshëm i shkurtër me Illumina Novaseq PE150.
Option Opsioni i gjenomit të shkëlqyeshëm të kërpudhave:
Sondazhi i Gjenomit: Illumina Novaseq PE150.
Asambleja e Gjenomit: Pacbio Revio (HiFi lexon) ose Promethion Nanopore 48.
● Gjenomi kërpudhat i nivelit të kromozomit:
Sondazhi i Gjenomit: Illumina Novaseq PE150.
Asambleja e Gjenomit: Pacbio Revio (HiFi lexon) ose Promethion Nanopore 48.
Anchoring Contig me asamblenë Hi-C.
Avantazhet e shërbimit
>Strategjitë e shumëfishta të sekuencave në dispozicion: Për qëllime të ndryshme kërkimore dhe kërkesat e tërësisë së gjenomit
>Rrjedha e plotë e punës e bioinformatikës:Kjo përfshin montimin e gjenomit dhe parashikimin e elementeve të shumta gjenomike, shënimit funksional të gjenit dhe ankorimit të kontigjenit.
>Ekspertizë e gjerë: Me mbi 12,000 gjenome mikrobiale të mbledhura, ne sjellim një dekadë përvoje, një ekip analize shumë të aftë, përmbajtje gjithëpërfshirëse dhe mbështetje të shkëlqyeshme pas shitjes.
>Mbështetje pas shitjes:Angazhimi ynë shtrihet përtej përfundimit të projektit me një periudhë shërbimi pas shitjes 3-mujore. Gjatë kësaj kohe, ne ofrojmë ndjekjen e projektit, ndihmën e zgjidhjes së problemeve dhe seancat e Q&A për të adresuar çdo pyetje që lidhen me rezultatet.
Specifikimet e shërbimit
| Shërbej | Strategjia e sekuencave | Kontroll i cilësisë |
| Projekt -gjenom | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Gjenom i mirë | Sondazhi i Gjenomit: Illumina PE150 50 x Asambleja: Pacbio Hifi 30x ose Nanopore 100x | Contig N50 ≥1MB （PACBIO Njëqelizore CONTIG N50 ≥2MB （ONT Njëqelizor contig n50 ≥500kb （të tjerët |
| Gjenom i nivelit kromozom | Sondazhi i Gjenomit: Illumina PE150 50 x Asambleja: Pacbio Hifi 30x ose Nanopore 100x Kuvendi Hi-C 100x | Raporti i ankorimit të kontigës> 90%
|
Kërkesat e shërbimit
| Përqendrimi (ng/μl) | Shuma totale (μg) | Vëllimi (μl) | OD260/280 | OD260/230 | |
| Pacbio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | .6.6 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
Kërpudhat njëqelizore: ≥3.5x1010 qelizë
Makro kërpudhat: ≥10 g
Rrjedha e punës së shërbimit
Dorëzimi i mostrës
Ndërtim bibliotekash
Sekuencim
Analiza e të dhënave
Shërbime pas shitjes
Përfshinë analizën e mëposhtme:
Sondazhi i Gjenomit:
- Sekuencimi i kontrollit të cilësisë së të dhënave
- Vlerësimi i gjenomit: madhësia, heterozigoziteti, elementët e përsëritur
Montimi i mirë i gjenomit:
- Sekuencimi i kontrollit të cilësisë së të dhënave
- De novoAsamble
- Analiza e përbërësit të gjenomit: Parashikimi i CD -ve dhe elementeve të shumta gjenomike
- Annotimi funksional me baza të të dhënave të shumta të përgjithshme (GO, KEGG, etj.) Dhe bazat e të dhënave të përparuara (kartelë, VFDB, etj.)
Asambleja e Hi-C:
- Vlerësimi i Bibliotekës Hi-C.
- Contigs ankorimi i grupimeve, porositjes dhe orientimit
- Vlerësimi i asamblesë HI-C: Bazuar në gjenomin e referencës dhe hartën e nxehtësisë
Sondazhi i Gjenomit: Shpërndarja K-MER
Asambleja e Gjenomit: Gjen Annotimi Homolog (Baza e të Dhënave të NR)
Asambleja e Gjenomit: Annotimi Funksional i Gjenit (GO)
Eksploroni përparimet e lehtësuara nga shërbimet e montimit të gjenomit të kërpudhave të BMKGene përmes një koleksioni të kuruar të botimeve.
Hao, J. et al. (2023) 'Profilizimi i integruar i OMIC i kërpudhave medicinale inonotus zhikus nën kushte të zhytura',,BMC Genomics, 24 (1), faqe 1–12. doi: 10.1186/s12864-023-09656-z/figura/3.
Lu, L. et al. (2023) 'Sekuencimi i gjenomit zbulon evolucionin dhe mekanizmat patogjenë të patogjenit të mprehtë të grurit Rhizoctonia eRealis',Gazeta e Kulturës, 11 (2), faqe 405–416. doi: 10.1016/j.cj.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) 'Burimet e gjenomit për katër specie Clariredia që shkaktojnë vend të dollarit në turfrase të ndryshme',Sëmundje bimore, 107 (3), faqe 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS et al. (2023) 'Provat gjenetike dhe molekulare të një sistemi çiftëzimi tetrapolar në Grifola Frondosa të ngrënshëm',Gazeta e kërpudhave, 9 (10), f. 959. Doi: 10.3390/jof9100959/s1.
