Gjenetika Evolucionare
Avantazhet e Shërbimit
Takagi et al.,Ditari i bimëve, 2013
●Analizë gjithëpërfshirëse bioinformatike:duke mundësuar vlerësimin e diversitetit gjenetik, i cili pasqyron potencialin evolucionar të specieve, dhe zbulimin e një lidhjeje të besueshme filogjenetike midis specieve me ndikim të minimizuar të evolucionit konvergjent dhe evolucionit paralel
●Analiza opsionale e personalizuar: të tilla si vlerësimi i kohës dhe shpejtësisë së divergjencës bazuar në variacionet në nivelin e nukleotideve dhe aminoacideve.
●Ekspertizë e gjerë dhe të dhëna botimesh: BMKGene ka akumuluar përvojë masive në projektet e popullatës dhe gjenetikës evolucionare për mbi 15 vjet, duke mbuluar mijëra specie, etj. dhe ka kontribuar në mbi 1000 projekte të nivelit të lartë të botuara në Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, etj.
● Ekipi i bioinformatikës shumë të aftë dhe cikël i shkurtër analizash: me përvojë të madhe në analizën e avancuar të gjenomikës, ekipi i BMKGene ofron analiza gjithëpërfshirëse me një kohë të shpejtë kthimi.
● Mbështetje pas shitjes:Angazhimi ynë shtrihet përtej përfundimit të projektit me një periudhë shërbimi pas shitjes 3-mujore. Gjatë kësaj kohe, ne ofrojmë ndjekjen e projektit, ndihmë për zgjidhjen e problemeve dhe sesione pyetjesh dhe përgjigjesh për të adresuar çdo pyetje në lidhje me rezultatet.
Specifikimet dhe kërkesat e shërbimit
| Lloji i renditjes | Shkalla e rekomanduar e popullsisë | Strategjia e renditjes | Kërkesat për nukleotide |
| Sekuenca e të gjithë gjenomit | ≥ 30 individë, me ≥ 10 individë nga secili nëngrup
| 10x | Përqendrimi: ≥ 1 ng/µL Sasia totale≥ 30 ng Degradim ose kontaminim i kufizuar ose aspak |
| Fragment i përforcuar me vend specifik (SLAF) | Thellësia e etiketës: 10x Numri i etiketave: <400 Mb: rekomandohet WGS <1 Gb: 100 mijë etiketa 1 Gb >2 Gb: 300 mijë etiketa Maksimumi 500 mijë etiketa | Përqendrimi ≥ 5 ng/µL Sasia totale ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1,6-2,5 Xhel agarozë: pa degradim ose kontaminim i kufizuar ose i kufizuar
|
Rrjedha e punës së shërbimit
Dizajni i eksperimentit
Dorëzimi i mostrës
Ndërtimi i bibliotekës
Sekuenca
Analiza e të dhënave
Shërbimet pas shitjes
Shërbimi përfshin analizën e strukturës së popullsisë (pema filogjenetike, PCA, grafiku i shtresimit të popullsisë), diversiteti i popullsisë dhe përzgjedhja e popullsisë (disekuilibri i lidhjes, përzgjedhja e fshirjes selektive e vendeve të favorshme). Shërbimi mund të përfshijë gjithashtu analiza të personalizuara (p.sh. koha e divergjencës, rrjedha e gjeneve).
*Rezultatet demonstruese të paraqitura këtu janë të gjitha nga gjenomet e publikuara me BMKGENE
1.Analiza e evolucionit përmban ndërtimin e pemës filogjenetike, strukturën e popullsisë dhe PCA bazuar në variacionet gjenetike.
Pema filogjenetike përfaqëson marrëdhëniet taksonomike dhe evolucionare midis specieve me paraardhës të përbashkët.
PCA synon të vizualizojë afërsinë midis nën-popullsive.
Struktura e popullsisë tregon praninë e nën-popullatës gjenetikisht të dallueshme për sa i përket frekuencave të alelit.
Chen, etj. al.,PNAS, 2020
2.Fshirës selektive
Pastrimi selektiv i referohet një procesi me anë të të cilit zgjidhet një vend i favorshëm dhe frekuencat e faqeve neutrale të lidhura rriten dhe ato të vendeve të palidhura ulen, duke rezultuar në reduktimin e rajonit.
Zbulimi në të gjithë gjenomin në rajonet e fshirjes selektive përpunohet duke llogaritur indeksin gjenetik të popullsisë (π，Fst, Tajima's D) të të gjitha SNP-ve brenda një dritareje rrëshqitëse (100 Kb) në një hap të caktuar (10 Kb).
Diversiteti i nukleotideve(π)
Tajima's D
Indeksi i fiksimit (Fst)
Wu, etj. al.,Bimë molekulare, 2018
3. Fluksi i Gjeneve
Wu, etj. al.,Bimë molekulare, 2018
4.Histori demografike
Zhang, etj. al.,Ekologjia dhe Evolucioni i Natyrës, 2021
5.Koha e divergjencës
Zhang, etj. al.,Ekologjia dhe Evolucioni i Natyrës, 2021
Eksploroni përparimet e lehtësuara nga shërbimet gjenetike evolucionare të BMKGene përmes një koleksioni të kuruar publikimesh:
Hassanyar, AK et al. (2023) 'Zbulimi i shënuesve molekularë të SNP dhe gjeneve kandidate të lidhura me rezistencën e virusit Sacbrood në larvat Apis cerana cerana nga Resekuenca e Gjenomit të Gjithë',Revista Ndërkombëtare e Shkencave Molekulare, 24 (7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Chai, J. et al. (2022) "Zbulimi i një salamanderi gjigant kinez të egër, gjenetikisht të pastër krijon mundësi të reja ruajtjeje",Kërkime zoologjike, 2022, vëll. 43, Numri 3, Faqe: 469-480, 43(3), f. 469–480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Han, M. et al. (2022) 'Modeli filogjeografik dhe Historia e Evolucionit të Popullsisë së Elymus sibiricus L. Indigjene në Rrafshnaltën Qinghai-Tibetan',Kufijtë në shkencën e bimëve, 13, f. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Wang, J. et al. (2022) "Pamje gjenomike në evolucionin e Longanit nga një asamble gjenomi në nivel kromozomi dhe gjenomika e popullsisë së aderimeve të longan",Hulumtimi i Hortikulturës, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
