Gjenomikë krahasuese
Avantazhet e shërbimit
>Të dhëna të gjera të ekspertizës dhe botimit: Me akumulimin, BMKGene ka përfunduar mbi 90 projekte krahasuese të gjenomikës, me një faktor ndikimi kumulativ të arritur në 900.
>Analizë gjithëpërfshirëse e bioinformatikës: Paketa e Analizave përmban tetë analizat më të kërkuara, duke siguruar shifra të dizajnuara mirë për të botuar dhe duke lejuar një interpretim të lehtë të rezultateve
>Ekipi shumë i aftë i bioinformatikës dhe cikli i shkurtër i analizës: Me përvojë të madhe në analizën krahasuese të gjenomikës, ekipi i BMKGene përmbush kërkesa të ndryshme të analizës së personalizuar në një kohë të shkurtër për kthesën
>Mbështetje pas shitjes:Angazhimi ynë shtrihet përtej përfundimit të projektit me një periudhë shërbimi pas shitjes 3-mujore. Gjatë kësaj kohe, ne ofrojmë ndjekjen e projektit, ndihmën e zgjidhjes së problemeve dhe seancat e Q&A për të adresuar çdo pyetje që lidhen me rezultatet.
Specifikimet e shërbimit
| Koha e vlerësuar e kthesës | Numri i specieve | Analiza |
| 30 ditë pune | 6 - 12 | Grumbullimi i familjes Gene Zgjerimi dhe tkurrja e familjes Gene Ndërtimi i pemës filogjenetike Vlerësimi i kohës së divergjencës (kërkohet kalibrimi fosil) Koha e futjes LTR (për bimët) Dublikim i tërë gjenomit (për bimët) Presion selektiv Analiza e Synteny |
Analizat e Bioinformatikës
Family Familja Gene
● Filogjenetikë
● Koha e divergjencës
Presion Presioni selektiv
Analysis Analiza e Sintenisë
Kërkesat e mostrës dhe shpërndarja
Kërkesat e mostrës:
Ind ose ADN për sekuencat dhe montimin e gjenomit
Për inde
| Special | Ind | Vrojtim | Pacbio |
| Kafshë | Ind visceral | 0,5 ~ 1 g | ≥ 3.5 g |
| Ind i muskujve | |||
| ≥ 5.0 g | |||
| ≥ 5.0 ml | |||
| Gjak gjitar | |||
| ≥ 0,5 ml | |||
| Gjaku i shpendëve/peshkut | |||
| Bimë | Gjethe | 1 ~ 2 g | ≥ 5.0 g |
| Petal/rrjedhin | 1 ~ 2 g | ≥ 10.0 g | |
| Rrënjë/farë | 1 ~ 2 g | ≥ 20.0 g | |
| Qelizë | Kaçurrel | - | ≥ 1 x 108 |
Të dhëna
Skedarët e sekuencave të gjenomit (.fasta) dhe skedarët e shënimeve (.gff3) të specieve të lidhura ngushtë
Rrjedha e punës së shërbimit
Modeli i eksperimentit
Dorëzimi i mostrës
Ndërtim bibliotekash
Sekuencim
Analiza e të dhënave
Shërbime pas shitjes
*Rezultatet e demos të paraqitura këtu janë të gjitha nga gjenomet e botuara me BioMarker Technologies
1.LTR Vlerësimi i kohës së futjes: Shifra tregoi një shpërndarje unike bimodale në kohën e futjes LTR-RTS në gjenomin e thekës, në krahasim me speciet e tjera. Kulmi më i fundit u shfaq rreth 0.5 milion vjet më parë.
Li Guang et al.,Gjenetikë e natyrës, 2021
2.Phylogeny dhe Gene Analiza e Familjes në Chayote (Sechium Edule): Duke analizuar Chayote dhe 13 speciet e tjera të lidhura në familjen Gene, Chayote u zbulua se ishte më e lidhur me Snake Gourd (Trichosanthes anguina). Chayote e rrjedhur nga gjarpërinjtë e gjarprit në rreth 27-45 mya dhe dublikim të tërë gjenomit (WGD) u vërejt në chayote në 25 ± 4 MYA, që është ngjarja e tretë WGD në Cucuibitaceae.
Fu a et al.,Hulumtim i Hortikulturës, 2021
3. Analiza e Synteny: Disa gjene që lidhen me fitohormonet në zhvillimin e frutave u gjetën në Chayote, Snake Gourd dhe Squash. Korrelacioni midis chayote dhe kungullit është pak më i lartë se ai midis Chayote dhe Snake Gourd.
Fu a et al.,Hulumtim i Hortikulturës, 2021
4. Analiza e familjes Gene: Pasurimi i KEGG në zgjerimin dhe tkurrjen e familjes Gene në gjenet G.THURBERI dhe G.DAVIDSONII treguan se biosinteza steroide dhe gjenet e lidhura me biosintezën e brassinosteroidit u zgjeruan.
Yang Z et al.,Biologji BMC, 2021
5. Analiza e dublikimit të gjenomit të punës: Analiza e shpërndarjes 4DTV dhe KS tregoi një ngjarje për dublikimin e gjenomit të tërë. Majat e intraspecies treguan ngjarje dublikimi. Majat e interspecies treguan ngjarje specifike. Analiza tregoi se krahasimi me tre speciet e tjera të lidhura ngushtë, O. europaea kaloi nëpër një dublikim të gjenit në shkallë të gjerë kohët e fundit.
Rao G et al.,Hulumtim i Hortikulturës, 2021
Rast bmk
U ngrit pa gjemba: njohuri gjenomike të lidhura me adaptimin e lagështisë
Botuar: Rishikimi i Shkencave Kombëtare, 2021
Strategjia e sekuencave:
'Basye'sPa ferrë'(R.Wichurainan) gjenomi:
Përafërsisht. 93 x pacbio + përafërsisht. 90 x Nanopore + 267 x Illumina
Rezultatet kryesore
1. Gjenomi i cilësisë së lartë R.wichuraiana u ndërtua duke përdorur teknika të sekuencave të lexuara gjatë, të cilat japin një asamble prej 530.07 MB (madhësia e vlerësuar e gjenomit ishte afërsisht 525.9 MB nga citometria e rrjedhës dhe 525.5 nga Sondazhi i Gjenomit ； Heterozigoziteti ishte rreth 1.03%). Rezultati i vlerësuar i Busco ishte 93.9%. Duke e krahasuar me "Blush Old" (haploob), cilësia dhe tërësia e këtij gjenomi u konfirmua nga saktësia bazë me një bazë të vetme dhe indeksi i montimit LTR (LAI = 20.03). Gjenomi R.wichuraiana përmban 32.674 gjene të kodimit të proteinave.
2. Analiza e përbashkët e Multi-Omedisë, e përbërë nga gjenomika krahasuese, transkriptomika, analiza QTL e popullsisë gjenetike, zbuloi specifikimin thelbësor midis R. wichuraana dhe Rosa chinensis. Gjithashtu, ndryshimi i shprehjes së gjeneve të lidhura në QTL ka të ngjarë të shoqërohet me modelimin e gjelit të rrjedhin.
Gjenomika krahasuese anajsis midis Basye; S Thornless dhe Rosa chinensis duke përfshirë analizën e sintenës, grupin e familjes së gjeneve, zgjerimin dhe analizën e kontraktimeve, zbuloi një numër të madh të variacioneve, të cilat lidheshin me tiparet thelbësore në trëndafila. Zgjerimi unik në familjen Gene NAC dhe FAR1/FRS ka shumë të ngjarë të shoqërohej me rezistencë ndaj Spot Black.
Analiza krahasuese e gjenomikës midis gjenomit BT dhe haploob.
Zhong, M., et al. "Roza pa gjemba: Pasqyrat gjenomike të lidhura me përshtatjen e lagështisë"Rishikimi i Shkencave Kombëtare, 2021;, NWAB092.
