Analizë e ndarë me shumicë
Avantazhet e shërbimit
Takagi et al., The Plant Journal, 2013
Lokal Lokalizimi i saktë: Përzierja e pjesës më të madhe me 30+30 deri 200+200 individë për të minimizuar zhurmën në sfond; Parashikimi i rajonit të kandidatit jo-sinonues të bazuar në mutatantë.
Analysis Analizë gjithëpërfshirëse: shënimi i thelluar i funksionit të gjenit të kandidatit, përfshirë NR, Swissprot, GO, KEGG, COG, KOG, ETC.
Time Koha më e shpejtë e kthesës: Lokalizimi i shpejtë i gjeneve brenda 45 ditëve të punës.
Experience Experience e gjerë: BMK ka kontribuar në mijëra tipare lokalizim, duke mbuluar specie të ndryshme si të lashtat, produktet ujore, pyjet, lulet, frutat, etj.
Specifikimet e shërbimit
Popullsia:
Ndarja e pasardhësve të prindërve me fenotipe kundërshtare.
EG F2 Progeny, Backcrossing (BC), Linja Rekombinante e Inbredit (RIL)
Pishinë e përzier
Për tipare cilësore: 30 deri 50 individë (minimumi 20)/pjesa më e madhe
Për Tratis sasiore: 5% deri në 10% individë me ose fenotipe ekstreme në të gjithë popullsinë (minimumi 30+30).
Thellësia e rekomanduar e sekuencave
Të paktën 20x/prind dhe individi 1x/pasardhës (p.sh. për pishinën e përzierjes së pasardhësve prej 30+30 individuale, thellësia e sekuencave do të jetë 30x për shumicë)
Analizat e Bioinformatikës
Res Rishikimi i tërë i gjenomit
● Përpunimi i të dhënave
● Thirrja SNP/Indel
Shfaqja e rajonit të kandidatëve
● Annotimi i funksionit të gjenit të kandidatit
Kërkesat e mostrës dhe shpërndarja
Kërkesat e mostrës:
Nukleotidet:
| mostër gdna | Mostër indesh |
| Përqendrimi: ≥ 30 ng/μl | Bimët: 1-2 g |
| Shuma: ≥2 μg (Volumn ≥15 μl) | Kafshët: 0.5-1 g |
| Pastërtia: OD260/280 = 1.6-2.5 | Gjaku i plotë: 1.5 ml |
Rrjedha e punës së shërbimit
Modeli i eksperimentit
Dorëzimi i mostrës
Nxjerrje ARN
Ndërtim bibliotekash
Sekuencim
Analiza e të dhënave
Shërbime pas shitjes
1. Baza e analizës së shoqërimit në distancën Euklidiane (ED) për të identifikuar rajonin e kandidatit. Në figurën vijuese
X-bosht: Numri i kromozomit; Do pikë përfaqëson një vlerë ED të një SNP. Linja e zezë korrespondon me vlerën e pajisur ED. Një vlerë më e lartë ED tregon një lidhje më të rëndësishme midis sitit dhe fenotipit. Red Dash Line përfaqëson pragun e shoqatës së rëndësishme.
2. Analiza e lidhjes bazuar në asnjë SNP-indeks
X-bosht: Numri i kromozomit; Do pikë përfaqëson vlerën SNP-indeks. Linja e zezë qëndron për vlerën e pajisur me indeksin SNP. Sa më e madhe të jetë vlera, aq më e rëndësishme është shoqata.
Rast bmk
Lokusi i tipareve sasiore me efekt të madh FNL7.1 kodon një proteinë të bollshme të embrionogjenezës së vonë të shoqëruar me gjatësi të qafës së frutave në kastravec
Botuar: Revista e Bioteknologjisë së Bimëve, 2020
Strategjia e sekuencave:
Prindërit (JIN5-508, YN): Resekuencimi i gjenomit të tërë për 34 × dhe 20.
Pishina të ADN-së (50 me qafë të gjatë dhe 50 me qafë të shkurtër): Rezequenca për 61 × dhe 52 ×
Rezultatet kryesore
Në këtë studim, ndarja e popullsisë (F2 dhe F2: 3) u krijua duke kapërcyer vijën e kastravecit në qafë të gjatë Jin5-508 dhe YN me qafë të shkurtër. Dy pishina të ADN-së u ndërtuan nga 50 individë ekstreme me qafë të gjatë dhe 50 individë ekstreme me qafë të shkurtër. Efekt i madh QTL u identifikua në CHR07 me anë të analizës BSA dhe hartografimit tradicional të QTL. Rajoni i kandidatit u ngushtua më tej nga hartografimi i imët, kuantifikimi i shprehjes së gjenit dhe eksperimentet transgjenike, të cilat zbuluan gjenin kryesor në kontrollin e gjatësisë së qafës, CSFNL7.1. Për më tepër, polimorfizmi në rajonin e promovuesit CSFNL7.1 u zbulua se shoqërohej me shprehjen përkatëse. Analiza e mëtejshme filogjenetike sugjeroi që lokusi FNL7.1 ka shumë të ngjarë të ketë origjinë nga India.
 Hartimi QTL në analizën e BSA për të identifikuar rajonin e kandidatit të shoqëruar me gjatësinë e qafës së kastravecit |  Profilet e LOD të QTL me gjatësi të qafës së kastravecit të identifikuar në CHR07 |
Xu, X., et al. "Locus i tipit sasior me efekt kryesor FNL7.1 kodon një proteinë të bollshme të embrionogjenezës së vonë të shoqëruar me gjatësi të qafës së frutave në kastravec." Revista e Bioteknologjisë Bimore 18.7 (2020).
