BMKMANU S3000_SPATIAL TRANSCRIPTOME
BMKMANU S3000 Skema Teknike Transkriptome Hapësinore
Tiparet
- Rezolucioni: 3.5 μm
- Diametri i spotit: 2.5 μm
- Numri i pikave: Përafërsisht 4 milion
- 3 formate të mundshme të zonës së kapjes: 6.8 mm * 6.8 mm, 11 mm * 11 mm ose 15 mm * 20 mm
- Secila rruaza e barkodit është e ngarkuar me abetare të përbërë nga 4 seksione:
• Bishti poli (DT) për fillimin e mRNA dhe sintezën e cDNA,
• Identifikuesi unik molekular (UMI) për të korrigjuar paragjykimin e amplifikimit
• Barkod hapësinor
• Sekuenca detyruese e abetareve të sekuencave të lexuara të pjesshme 1
- H&E dhe njollat fluoreshente të seksioneve
- Mundësia për të përdorur teknologjinë e ndarjes së qelizave: integrimi i ngjyrosjes H&E, ngjyrosja fluoreshente dhe sekuencat e ARN -së për të përcaktuar kufijtë e secilës qelizë dhe caktoni saktë shprehjen e gjenit në secilën qelizë. Përpunimi i analizës së profilizimit hapësinor në rrjedhën e poshtme të bazuar në koshin e qelizave.
- e mundur për të arritur analizën e rezolucionit shumëplanësh: Analizë fleksibël me shumë nivele që varion nga 100um në 3.5 um për të zgjidhur tipare të ndryshme të indeve në rezolucion optimal.
Përparësitë e BMKMANU S3000
-Dyfishimi i njollave të kapjes në 4 milion: me një rezolutë të përmirësuar prej 3.5 um, duke çuar në gjenin më të lartë dhe zbulimin e UMI për qelizë. Kjo rezulton në grupim të përmirësuar të qelizave bazuar në profile transkriptuese, me detaje më të hollësishme që përputhen me strukturën e indeve.
- Rezolucioni nën-qelizor:Eachdo zonë e kapjes përmbante> 2 milion pika të barcoduara hapësinore me një diametër prej 2.5 μm dhe një ndarje prej 5 μm midis qendrave spot, duke mundësuar analizën transkriptome hapësinore me rezolucion nën qelizor (5 μm).
-Analiza e rezolucionit me shumë nivele:Analizë fleksibël me shumë nivele që varion nga 100 μm në 5 μm për të zgjidhur tipare të ndryshme të indeve në rezolucion optimal.
-Mundësia për të përdorur teknologjinë e ndarjes së qelizave "tre në një rrëshqitje":Kombinimi i ngjyrosjes së fluoreshencës, ngjyrosjes H&E dhe renditja e ARN-së në një rrëshqitje të vetme, algoritmi ynë i analizës "tre-në-një" fuqizon identifikimin e kufijve të qelizave për transkriptomikën e mëvonshme të bazuara në qelizë.
-I pajtueshëm me platforma të shumta sekuencash: Të dy NGS dhe sekuencat e lexueshme për një kohë të gjatë në dispozicion.
-Dizajni fleksibël i zonës 1-8 të kapjes aktive: Madhësia e zonës së kapjes është fleksibël, duke qenë e mundur të përdoren 3 formate (6.8 mm * 6.8 mm., 11 mm * 11 mm dhe 15 mm * 20 mm)
-Shërbim me një ndalesë: Integron të gjitha hapat e përvojës dhe të bazuara në aftësi, duke përfshirë seksionin e krio, ngjyrosjen, optimizimin e indeve, barkodimin hapësinor, përgatitjen e bibliotekës, sekuencat dhe bioinformatikën.
-Bioinformatika gjithëpërfshirëse dhe vizualizimi miqësor ndaj përdoruesve të rezultateve:Paketa përfshin 29 analiza dhe 100+ shifra me cilësi të lartë, të kombinuara me përdorimin e softuerit të zhvilluar brenda për të vizualizuar dhe rregulluar ndarjen e qelizave dhe grupimin e vendeve.
-Analiza dhe vizualizimi i të dhënave të personalizuara dhe vizualizimi: Në dispozicion për kërkesa të ndryshme kërkimore
-Ekip teknik shumë i aftë: Me përvojë në mbi 250 lloje indesh dhe 100+ specie përfshirë njeriun, miun, gjitarin, peshqit dhe bimët.
-Përditësimet në kohë reale për të gjithë projektin: me kontroll të plotë të përparimit eksperimental.
-Analizë opsionale e përbashkët me sekuencat e mRNA me një qelizë
Specifikimet e shërbimit
| Kërkesat e mostrës | Bibliotekë | Strategjia e sekuencave | Të dhënat e rekomanduara | Kontroll i cilësisë |
| Mostra të kristuara të ngulitura me tetor (Diametri optimal: Përafërsisht. 6 × 6 × 6 mm³) 2 blloqe për mostër 1 për eksperiment, 1 për kopje rezervë | Biblioteka S3000 cDNA | Illumina PE150 | 160K PE lexon për 100υm (250 GB) | Rin> 7 |
Për më shumë detaje mbi udhëzimet për përgatitjen e mostrës dhe rrjedhën e punës të shërbimit, ju lutem mos ngurroni të bisedoni me njëEkspert bmkgene
Rrjedha e punës së shërbimit
Në fazën e përgatitjes së mostrës, një provë fillestare e nxjerrjes së ARN-së me shumicë është kryer për të siguruar një ARN me cilësi të lartë mund të merret. Në fazën e optimizmit të indeve seksionet janë njollosur dhe vizualizuar dhe kushtet e permeabilizimit për lëshimin e mRNA nga indet janë optimizuar. Protokolli i optimizuar aplikohet më pas gjatë ndërtimit të bibliotekës, i ndjekur nga sekuencat dhe analiza e të dhënave.
Rrjedha e plotë e punës e shërbimit përfshin azhurnime në kohë reale dhe konfirmime të klientit për të mbajtur një lak reagimi të përgjegjshëm, duke siguruar ekzekutimin e qetë të projektit.
Të dhënat e krijuara nga BMKMANU S3000 janë analizuar duke përdorur softuerin "BSTMatrix", i cili është projektuar në mënyrë të pavarur nga BMKGene, duke gjeneruar një nivel qelize dhe matricë të shprehjes së gjenit me rezolucion shumëplanësh. Nga atje, gjenerohet një raport standard që përfshin kontrollin e cilësisë së të dhënave, analizën e mostrës së brendshme dhe analizën ndër-grup.
- Kontrolli i cilësisë së të dhënave:
- Prodhimi i të dhënave dhe shpërndarja e rezultatit të cilësisë
- Zbulimi i gjenit për vend
- Mbulimi i indeve
- Analiza e mostrës së brendshme:
- Pasuri e gjenit
- Grupimi i vendeve, përfshirë analizën e zvogëluar të dimensionit
- Analiza e shprehjes diferenciale midis grupimeve: Identifikimi i gjeneve të shënuesve
- Annotimi funksional dhe pasurimi i gjeneve të shënuesve
- Analiza ndër-grupore
-Rilindja e pikave nga të dy mostrat (p.sh. të sëmura dhe kontrolli) dhe ri-grupimi
- Identifikimi i gjeneve të shënuesve për secilën grupim
- Annotimi funksional dhe pasurimi i gjeneve të shënuesve
- Shprehja diferenciale e të njëjtit grup midis grupeve
Për më tepër, BMKGene e zhvilluar "BSTViewer" është një mjet miqësor për përdoruesit që i mundëson përdoruesit të vizualizojë shprehjen e gjenit dhe grupimin e vendeve në rezolucione të ndryshme.
BMKGene ofron shërbime të profilizimit hapësinor në rezolucion të saktë me një qelizë (bazuar në koshin e qelizave ose koshin katror shumëplanësh nga 100um në 3.5um).
Të dhënat e profilizimit hapësinor nga seksionet e indeve në rrëshqitjen S3000 performuan si më poshtë.
Studimi i Rastit 1: Truri i miut
Analiza e një seksioni të trurit të miut me S3000 rezultoi në identifikimin e qelizave ~ 94 000, me një sekuencë mesatare të gjeneve ~ 2000 për qelizë. Rezolucioni i përmirësuar prej 3.5 um rezultoi në një grumbullim shumë të detajuar të qelizave bazuar në modelet transkriptuese, me grupimet e qelizave që imitojnë strukturat e diferencuara nga truri. Kjo vërehet lehtësisht duke vizualizuar shpërndarjen e qelizave të grumbulluara si oligodendrocitet dhe qelizat mikroglia, të cilat pothuajse ekskluzivisht janë të vendosura në lëndë gri dhe të bardhë, përkatësisht.
Studimi i Rastit 2: Embrioni i miut
Analiza e një seksioni të embrionit të miut me S3000 rezultoi në identifikimin e qelizave 2200 000, me një sekuencë mesatare të gjeneve ~ 1600 për qelizë. Rezolucioni i përmirësuar prej 3.5 um rezultoi në një grumbullim shumë të detajuar të qelizave bazuar në modelet transkriptuese, me 12 grupime në zonën e syrit dhe 28 grupime në zonën e trurit.
Grupimi i qelizave të analizës së mostrës së brendshme:
Identifikimi i gjeneve të shënuesve dhe shpërndarja hapësinore:
-Rezolucion më i lartë nën-qelizor: Krahasuar me rrëshqitjen S1000, secila zonë e kapjes prej S3000 përmbante> 4 milion pika të barcoduara hapësinore me një diametër prej 2.5 μm dhe një distancë prej 3.5 μm midis qendrave vendase, duke mundësuar analiza transkriptome hapësinore me rezolucion më të lartë nën-qelizor (Kosh katror: 3.5 μm).
- Efikasitet më i lartë i kapjes: Krahasuar me rrëshqitjen S1000, rritja mesatare nga 30% në 70%, rritja mesatare nga 30% në 60%
Skema e çipit S1000:
Skema e çipit S3000:
