BMKMANU S1000 Trankriptomi hapësinor
Skema teknike e transkriptimit hapësinor BMKMANU S1000
Veçoritë
● Rezolucioni: 5 µM
● Diametri i pikës: 2,5 µM
● Numri i pikave: afërsisht 2 milion
● 3 formate të mundshme të zonës së fotografimit: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm ose 15 mm * 20 mm
● Çdo rruazë me barkod është e ngarkuar me abetare të përbërë nga 4 seksione:
bishti poli(dT) për priming të mRNA dhe sintezën e cADN-së
Identifikuesi unik molekular (UMI) për të korrigjuar paragjykimet e amplifikimit
Barkodi hapësinor
Sekuenca lidhëse e primerit të sekuencave të leximit të pjesshëm 1
● Ngjyrosje H&E dhe fluoreshente e seksioneve
● Mundësia e përdorimitteknologjia e segmentimit të qelizave: integrimi i ngjyrosjes H&E, ngjyrosja fluoreshente dhe sekuenca e ARN-së për të përcaktuar kufijtë e secilës qelizë dhe për të caktuar saktë shprehjen e gjenit për secilën qelizë.
Avantazhet e BMKMANU S1000
●Rezolucioni nënqelizor: Çdo zonë kapjeje përmbante >2 milionë njolla hapësinore të barkoduara me një diametër prej 2.5 µm dhe një hapësirë prej 5 µm midis qendrave të pikave, duke mundësuar analizën e transkriptomës hapësinore me rezolucion nënqelizor (5 µm).
●Analiza e rezolucionit në shumë nivele:Analiza fleksibël me shumë nivele që varion nga 100 μm në 5 μm për të zgjidhur veçoritë e ndryshme të indeve me rezolucion optimal.
●Mundësia për të përdorur teknologjinë e segmentimit të qelizave "Tre në një rrëshqitje":Duke kombinuar ngjyrosjen me fluoreshencë, ngjyrosjen H&E dhe renditjen e ARN-së në një rrëshqitje të vetme, algoritmi ynë i analizës "tre-në-një" fuqizon identifikimin e kufijve të qelizave për transkriptomikën pasuese të bazuar në qelizë.
●E përputhshme me platformat e shumëfishta të sekuencës: Ofrohen si NGS ashtu edhe sekuenca e lexuar gjatë.
●Dizajn fleksibël i zonës së kapjes aktive 1-8: Madhësia e zonës së kapjes është fleksibël, duke mundësuar përdorimin e 3 formateve (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm dhe 15 mm * 20 mm)
●Shërbimi me një ndalesë: Ai integron të gjitha hapat e bazuar në përvojë dhe aftësi, duke përfshirë krio-seksionimin, ngjyrosjen, optimizimin e indeve, barkodimin hapësinor, përgatitjen e bibliotekës, sekuencën dhe bioinformatikën.
●Bioinformatikë gjithëpërfshirëse dhe vizualizimi miqësor i rezultateve:paketa përfshin 29 analiza dhe 100+ figura me cilësi të lartë, të kombinuara me përdorimin e softuerit të zhvilluar brenda shtëpisë për të vizualizuar dhe personalizuar ndarjen e qelizave dhe grumbullimin e pikave.
●Analiza dhe vizualizimi i personalizuar i të dhënave: në dispozicion për kërkesa të ndryshme kërkimore
●Ekipi teknik shumë i aftë: me përvojë në mbi 250 lloje të indeve dhe 100+ lloje duke përfshirë njeriun, miun, gjitarët, peshqit dhe bimët.
●Përditësime në kohë reale për të gjithë projektin: me kontroll të plotë të progresit eksperimental.
●Analizë e përbashkët opsionale me sekuencën e mRNA me një qelizë
Specifikimet e Shërbimit
|
Mostra Kërkesat
| Biblioteka |
Strategjia e renditjes
| Të dhënat e rekomanduara | Kontrolli i cilësisë |
| Mostrat krio të ngulitura në OCT, 3 blloqe për mostër | Biblioteka cDNA S1000 | Illumina PE150 (platforma të tjera të disponueshme) | 100 mijë PE lexime për 100 uM (60-150 Gb) | RIN>7 |
Për më shumë detaje mbi udhëzimet për përgatitjen e mostrës dhe rrjedhën e punës së shërbimit, ju lutemi mos ngurroni të flisni me aekspert BMKGENE
Rrjedha e punës së shërbimit
Në fazën e përgatitjes së mostrës, kryhet një provë fillestare e nxjerrjes së ARN-së me shumicë për të siguruar që mund të merret një ARN me cilësi të lartë. Në fazën e optimizimit të indeve, seksionet ngjyrosen dhe vizualizohen dhe kushtet e përshkueshmërisë për çlirimin e mRNA nga indi janë optimizuar. Protokolli i optimizuar më pas aplikohet gjatë ndërtimit të bibliotekës, i ndjekur nga renditja dhe analiza e të dhënave.
Rrjedha e plotë e punës e shërbimit përfshin përditësime në kohë reale dhe konfirmime të klientit për të mbajtur një cikli reagimi të përgjegjshëm, duke siguruar ekzekutim të qetë të projektit.
Të dhënat e gjeneruara nga BMKMANU S1000 analizohen duke përdorur softuerin “BSTMatrix”, i cili është projektuar në mënyrë të pavarur nga BMKGENE, duke gjeneruar një Matricë të Shprehjes së Gjenit. Nga atje, gjenerohet një raport standard që përfshin kontrollin e cilësisë së të dhënave, analizën e mostrës së brendshme dhe analizën ndër-grupore.
● Kontrolli i cilësisë së të dhënave:
Prodhimi i të dhënave dhe shpërndarja e rezultateve të cilësisë
Zbulimi i gjenit për pikë
Mbulimi i indeve
● Analiza e mostrës së brendshme:
Pasuria e gjeneve
Grumbullimi i pikave, duke përfshirë analizën e dimensioneve të reduktuara
Analiza e shprehjes diferenciale midis grupimeve: identifikimi i gjeneve të markerëve
Shënimi funksional dhe pasurimi i gjeneve të markerëve
● Analiza ndër-grupore:
Rikombinimi i njollave nga të dy mostrat (p.sh. të sëmurë dhe të kontrollit) dhe ri-grup
Identifikimi i gjeneve shënjuese për çdo grup
Shënimi funksional dhe pasurimi i gjeneve të markerëve
Shprehje diferenciale e të njëjtit grup midis grupeve
Për më tepër, BMKGENE zhvilloi "BSTViewer" është një mjet miqësor që i mundëson përdoruesit të vizualizojë shprehjen e gjeneve dhe grupimin e pikave në rezolucione të ndryshme.
BMKGene zhvilloi softuer për vizualizim miqësor ndaj përdoruesit
Grumbullimi i spoteve BSTViewer në rezolucion me shumë nivele
BSTCellViewer: ndarje automatike dhe manuale e qelizave
Analiza e mostrës së brendshme
Grumbullimi i pikave:
Identifikimi i gjeneve shënjuese dhe shpërndarja hapësinore:
Analiza ndër-grupore
Kombinimi i të dhënave nga të dy grupet dhe rigrupimi:
Gjenet shënjuese të grupimeve të reja:
Eksploroni përparimet e lehtësuara nga shërbimet e transkriptomikës hapësinore të BMKGene me teknologjinë BMKManu S1000 në këtë botim të paraqitur:
Song, X. etj. (2023) 'Transkriptomika hapësinore zbulon qelizat e klorenkimës të induktuara nga drita të përfshira në promovimin e rigjenerimit të lastarëve në kallusin e domates',Procedurat e Akademisë Kombëtare të Shkencave të Shteteve të Bashkuara të Amerikës, 120 (38), f. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
Ju, Y. et al. (2023) 'Krahasimi sistematik i metodave transkriptomike hapësinore të bazuara në sekuencë',bioRxiv, fq. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
