Asambleja e Gjenomit Bakterik De novo
Ne ofrojmë një shërbim të plotë të montimit të gjenomit bakterial, duke garantuar 0 boshllëqe. Kjo është e mundur duke integruar teknologjitë e renditjes me lexim të gjatë, të tilla si Nanopore dhe PacBio për montim dhe sekuenca me lexim të shkurtër me Illumina për vërtetimin e montimit dhe korrigjimin e gabimeve të leximeve ONT. Shërbimi ynë ofron fluksin e plotë të punës bioinformatike nga montimi, shënimi funksional dhe analiza e avancuar bioinformatike, duke përmbushur qëllime specifike kërkimore. Ky shërbim mundëson zhvillimin e gjenomave referuese precize për studime të ndryshme gjenetike dhe gjenomike. Për më tepër, ai formon bazën për aplikime të tilla si optimizimi i tendosjes, inxhinieria gjenetike dhe zhvillimi i teknologjisë mikrobike, duke siguruar të dhëna gjenomike të besueshme dhe pa boshllëqe, thelbësore për avancimin e njohurive shkencore dhe inovacionit bioteknologjik.
Karakteristikat e shërbimit
● Me dy opsione të mundshme për të zgjedhur në varësi të shkallës së dëshiruar të plotësisë së gjenomit.
● Opsioni i draftit të gjenomit: Sekuenca me lexim të shkurtër me Illumina NovaSeq PE150.
● Plotësoni gjenomin 0 boshllëk.
● Sekuenca e lexuar gjatë në Nanopore PromethION 48 ose PacBio Revio për montimin e gjenomit.
● Renditja me lexim të shkurtër në Illumina NovaSeq për vërtetimin e gjenomit dhe korrigjimin e gabimit (Nanopore) ose për të gjeneruar një draft gjenom.
Avantazhet e Shërbimit
●Gjenomi me hendeqe zero i garantuar: Kjo është për shkak të integrimit të sekuencës Illumina me renditjen e leximit të gjatë (Nanopore ose PacBio).
●Rrjedha e plotë e punës së Bioinformatikës:Kjo përfshin montimin e gjenomit dhe parashikimin e elementeve të shumta gjenomike, shënimin funksional të gjeneve dhe vizualizimet e gjenomit si p.sh. Circos.
●Ekspertizë e gjerë: Me mbi 20,000 gjenome mikrobike të mbledhura, BMKGENE sjell mbi një dekadë përvojë, një ekip analizash shumë të aftë, përmbajtje gjithëpërfshirëse dhe mbështetje të shkëlqyer pas shitjes.
●Mbështetje pas shitjes:Angazhimi ynë shtrihet përtej përfundimit të projektit me një periudhë shërbimi pas shitjes 3-mujore. Gjatë kësaj kohe, ne ofrojmë ndjekjen e projektit, ndihmë për zgjidhjen e problemeve dhe sesione pyetjesh dhe përgjigjesh për të adresuar çdo pyetje në lidhje me rezultatet.
●Strategjitë e shumëfishta të renditjes në dispozicion:Për qëllime të ndryshme kërkimore dhe kërkesa të plotësisë së gjenomit.
Specifikimet e Shërbimit
| Shërbimi | Strategjia e renditjes |
| Draft gjenomi | Ndriçues PE150 100x |
| 0 Gjenomi i hendekut | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (opsionale) |
Kërkesat e mostrës:
| Përqendrimi (ng/µL) | Sasia totale (μg) | Vëllimi (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1.2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.0 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1,0-3,0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
· Bakteret: ≥3.5x1010 qelizat
Rrjedha e punës së shërbimit
Dorëzimi i mostrës
Ndërtimi i bibliotekës
Sekuenca
Analiza e të dhënave
Shërbimet pas shitjes
Përfshin analizën e mëposhtme:
● Kontrolli i cilësisë së të dhënave të renditjes
● Asambleja e gjenomit
● Analiza e Komponentit të Gjenomit: Parashikimi i CDS dhe elementeve të shumta gjenomike
● Shënim funksional me baza të të dhënave të shumta të përgjithshme (GO, KEGG, etj) dhe baza të të dhënave të avancuara (CARD, VFDB, etj.)
● Vizualizimi i gjenomit
Ne ofrojmë gjenomin në një format fasta lehtësisht të arritshëm dhe skedarin e shënimeve të gjenomit (gff).
Shënimi i gjenit - GO
Shënimi i gjeneve - karbohidratet CAZY
Vizualizimi i gjenomit – Komploti i Circos
Eksploroni përparimet e lehtësuara nga shërbimet e montimit të gjenomit bakterial të BMKGene përmes një koleksioni të kuruar botimesh.
Dai, W. et al. (2023) "Zbulimi i Bacteroides uniformis F18-22 si një bakter probiotik i sigurt dhe i ri për trajtimin e kolitit ulceroz nga zorra e trashë e njeriut të shëndetshëm",Revista Ndërkombëtare e Shkencave Molekulare, 24 (19), f. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. et al. (2021) 'Izolat Proteus mirabilis rezistente ndaj shumë ilaçeve që mbartin blaOXA-1 dhe blaNDM-1 nga jeta e egër në Kinë: rritje e rrezikut për shëndetin publik',Zoologji integruese, 16 (6), f. 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT et al. (2017) 'Sekuenca e plotë e gjenomit të endofitit Bacillus flexus KLBMP 4941 zbulon mekanizmin e tij të nxitjes së rritjes së bimëve dhe bazën gjenetike për tolerancën ndaj kripës',Gazeta e Bioteknologjisë, 260, f. 38–41. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. et al. (2021) 'Plazmidet e rezistencës me shumë replikon të Klebsiella ndërmjetësojnë përhapjen e gjerë të gjeneve antimikrobiale',Kufijtë në Mikrobiologji, 12, f. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
