Sekuencimi i Amplicon (16S/18S/ITS)

Sekuencimi i Amplicon (16S/18S/ITS) me Illumina është një metodë për të analizuar diversitetin mikrobik duke identifikuar profilet mikrobike sipas sekuencave të tyre dhe më pas duke u përpjekur të deshifrojë pasurinë dhe diversitetin e komunitetit brenda secilit mostër dhe midis mostrave. Tubacioni BMKCLOUD AMPLICON (NGS) lejon analizën e gjeneve 16S, 18S, ITS dhe të shumta funksionale. Fillon me zvogëlimin e leximit, asamblenë e leximit të çiftuar dhe vlerësimin e cilësisë, e ndjekur nga grumbullimi i leximeve të ngjashme për të gjeneruar njësi operacionale taksonomike (OTU) të përdorura në gjashtë seksione të ndryshme të analizave. Annotimi taksonomik siguron informacione mbi bollëkun dhe përbërjen relative të secilit mostër, ndërsa analizat e diversitetit alfa dhe beta përqendrohen në diversitetin mikrobik brenda dhe ndërmjet mostrave, përkatësisht. Analiza diferenciale midis grupeve gjen OTU që ndryshojnë duke përdorur si teste parametrike ashtu edhe ato jo-parametrike, ndërsa analiza e korrelacionit i lidh këto ndryshime me faktorët mjedisorë. Më në fund, bollëku funksional i gjenit parashikohet bazuar në bollëkun e gjenit të shënuesit, duke siguruar një pasqyrë të funksionit dhe ekologjisë në secilin mostër ..