Exclusive Agency for Korea

BMKCLOUD Identifikohu

Produkte

16S/18S/Sekuencimi i saj Amplicon-Pacbio

Gjenet e 16S dhe 18S rRNA, së bashku me rajonin e brendshëm të transkriptuar të spacer (ITS), shërbejnë si shënues kryesor të shtypjes së gishtërinjve molekularë për shkak të kombinimit të tyre të rajoneve shumë të ruajtura dhe hiper-të ndryshueshme, duke i bërë ato mjete të paçmueshme për karakterizimin e organizmave prokariotikë dhe eukariote. Amplifikimi dhe renditja e këtyre rajoneve ofrojnë një qasje pa izolim për të hetuar përbërjen mikrobike dhe diversitetin në ekosistemet e ndryshme. Ndërsa sekuencat e Illumina zakonisht synojnë rajone të shkurtra hipervariable si V3-V4 të 16S dhe ITS1, është demonstruar se shënimi superior taksonomik është i arritshëm duke renditur gjatësinë e plotë të 16S, 18S, dhe ITS. Kjo qasje gjithëpërfshirëse rezulton në përqindje më të lartë të sekuencave të klasifikuara me saktësi, duke arritur një nivel rezolucioni që shtrihet në identifikimin e specieve. Platforma e sekuencave me një molekulë të vetme të PacBio-s (SMRT) platforma e sekuencave qëndron duke siguruar lexime shumë të sakta të gjata (HIFI) që mbulojnë amplikonet me gjatësi të plotë, duke rivalizuar saktësinë e sekuencave të Illumina. Kjo aftësi lejon studiuesit të arrijnë një avantazh të pakrahasueshëm - një pamje panoramike të peizazhit gjenetik. Mbulimi i zgjatur rrit ndjeshëm rezolucionin në shënimet e specieve, veçanërisht brenda komuniteteve bakteriale ose kërpudhore, duke bërë të mundur një kuptim më të thellë të ndërlikimeve të popullsive mikrobike.

Na kontaktoni

Detajet e shërbimit

Bioinformatikë

Rezultatet e Demos

Botime të paraqitura

Karakteristikat e shërbimit

Plat Platforma e Sekuencimit: Pacbio Revio

Mode Mënyra e sekuencave: CCS (HiFi lexon)

● Amplifikimi i rajonit të synuar i ndjekur nga lidhja tandem e amplicons para përgatitjes së bibliotekës Hifi SMRT Bell

Avantazhet e shërbimit

>Rezolucioni më i lartë taksonomik: TSekuencimi i ampliconit të shkurtër Han,Mundësimi i niveleve më të larta të klasifikimit OTU në nivelin e specieve.

>Thirrje bazë shumë e saktë: Sekuencimi i modalitetit PacBio CCS (HIFI lexon).

>Pa izolim: Identifikimi i shpejtë i përbërjes mikrobike në mostrat e mjedisit.

>E zbatueshme gjerësisht: Studime të ndryshme të komunitetit mikrobik.

>Analizë gjithëpërfshirëse bioinformatike: Paketa e fundit Qiime2 (pasqyrë sasiore në ekologjinë mikrobike) me analiza të ndryshme për sa i përket bazës së të dhënave, shënimit, OTU/ASV.

>Ekspertizë e gjerë: Me mijëra projekte të sekuencave të ampliconit të kryera çdo vit, BMKGene sjell mbi një përvojë dekade, një ekip analize shumë të aftë, përmbajtje gjithëpërfshirëse dhe mbështetje të shkëlqyeshme pas shitjes.

Specifikimet e shërbimit

Bibliotekë	Strategjia e sekuencave	Të dhënat e rekomanduara
Amplicon	Pacbio Revio	10/30/50 K Etiketa K (CCS)

Kërkesat e mostrës

Përqendrimi (ng/μl)	Shuma totale (μg)	Vëllimi (μl)
≥5	≥0.3	≥20

Dorëzimi i rekomanduar i mostrës

Ngrini mostrat në azot të lëngshëm për 3-4 orë dhe ruajeni në azot të lëngshëm ose -80 shkallë në rezervim afatgjatë. Kërkohet transporti i mostrës me akull të thatë.

Rrjedha e punës së shërbimit

Dorëzimi i mostrës

Ndërtim bibliotekash

Sekuencim

Analiza e të dhënave

Shërbime pas shitjes

I mëparshmi: 16S/18S/Sekuencimi i tij i ampliconit-NGS

Tjetra: Vlerësimi për kromatinë të arritshme nga transposaza me sekuencat e larta të xhiros (ATAC-seq)

Përfshinë analizën e mëposhtme:

Control Kontrolli i cilësisë së të dhënave të papërpunuara

● OTU Clustering/de-zhurmë (ASV)

● Annotimi OTU

Analysis Analiza e diversitetit alfa: indekse të shumta, përfshirë Shannon, Simpson dhe Ace.

Analysis Analiza e diversitetit beta

Analysis Analiza ndër-grupore

Analysis Analiza e korrelacionit: Midis faktorëve mjedisorë dhe përbërjes jashtë dhe diversitetit

Parashikimi i gjenit funksional 16S

Histogram i shpërndarjes taksonomike

Shpërndarja e komunitetit pemë filogjenetike

Analiza e Diversitetit Alpha: ACE

indeks

Analiza e diversitetit beta: PCOA

Analiza ndër -grupe: ANOVA

Eksploroni përparimet e lehtësuara nga shërbimet e sekuencave të ampliconit të BMKGene me PacBio përmes një koleksioni të kuruar të botimeve.

Gao, X. dhe Wang, H. (2023) 'Analizë krahasuese e profileve bakteriale të rumenit dhe funksioneve gjatë përshtatjes ndaj fenologjisë së ndryshme (Regreen vs Grassy) në delet alpine merino me dy faza në rritje në një livadh alpine', fermentimi, 9 (9 (9 (9 (9 (9 (9 (9 (9 (9 (9 (9 (9 (9 (9 (9 (9 (9 (9 (9 (9 (9 ( 1), f. 16. doi: 10.3390/fermentimi9010016/s1.

Li, S. et al. (2023) 'Kapja e lëndës së errët mikrobike në tokat e shkretëtirës duke përdorur metagjenomikë me bazë kulturore dhe analiza me rezolucion të lartë', biofilmat NPJ dhe mikrobiomet 2023 9: 1, 9 (1), f. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.

Mu, L. et al. (2022) 'Efektet e kripërave të acideve yndyrore në karakteristikat e fermentimit, diversitetin bakterial dhe qëndrueshmërinë aerobike të silazhit të përzier të përgatitur me jonxhë, kashtë orizi dhe krunde gruri', Journal of the Science of Ushqimi dhe Bujqësia, 102 (4), f. 1475– 1487. doi: 10.1002/jsfa.11482.

Yang, J. et al. (2023) 'Ndërveprimi midis biomarkuesve oksidues të stresit dhe mikrobiotës së zorrëve në efektet antioksiduese të ekstrakteve nga Sonchus brachyotus DC. Në stresin oksidativ të zorrëve të shkaktuara nga okazoloni në zebrafish të rritur ', antioksidantët 2023, vëll. 12, faqe 192, 12 (1), f. 192. doi: 10.3390/antiox12010192.