10x Genomics Visium Transkriptome hapësinore
Skemë teknike
Tiparet
● Rezolucioni: 100 μm
● Diametri i pikës: 55 μm
● Numri i pikave: 4992
● Zona e kapjes: 6.5 x 6.5 mm
● Secili vend i barkodit është i ngarkuar me abetare të përbërë nga 4 seksione:
- Bishti Poly (DT) për Primetimin e MRNA dhe Sintezën e CDNA
- Identifikuesi unik molekular (UMI) për të korrigjuar paragjykimin e amplifikimit
- Barkod hapësinor
- Sekuenca detyruese e abetareve të sekuencave të lexuara të pjesshme 1
● Ngjyrosja e seksioneve H&E
Avantazhe
>Shërbim me një ndalesë: Integron të gjitha përvojën dhe hapat e bazuar në aftësi, duke përfshirë seksionin e krio, ngjyrosjen, optimizimin e indeve, barkodimin hapësinor, përgatitjen e bibliotekës, sekuencat dhe bioinformatikën.
Team Team Teknik me shumë aftësi: Me përvojë në mbi 250 lloje indesh dhe 100+ specie përfshirë njeriun, miun, gjitarin, peshqit dhe bimët.
>Përditësim në kohë reale për të gjithë projektin: me kontroll të plotë të përparimit eksperimental.
>Bioinformatika standarde gjithëpërfshirëse:Paketa përfshin 29 analiza dhe 100+ figura me cilësi të lartë.
>Analiza dhe vizualizimi i të dhënave të personalizuara dhe vizualizimi: Në dispozicion për kërkesa të ndryshme kërkimore.
>Analizë opsionale e përbashkët me sekuencat e mRNA me një qelizë
Specifikime
| Kërkesat e mostrës | Bibliotekë | Strategjia e sekuencave | Të dhënat e rekomanduara | Kontroll i cilësisë |
| Mostra të kristuara të ngulitura me tetor (Diametri optimal: përafërsisht 6x6x6 mm³) 2 blloqe për mostër | 10x Biblioteka CDNA Vizium | Illumina PE150 | 50k PE lexon për vend (60 GB) | Rin> 7 |
Për më shumë detaje mbi udhëzimet për përgatitjen e mostrës dhe rrjedhën e punës të shërbimit, ju lutem mos ngurroni të bisedoni me njëEkspert bmkgene
Rrjedhë pune e shërbimit
Në fazën e përgatitjes së mostrës, një provë fillestare e nxjerrjes së ARN-së me shumicë është kryer për të siguruar një ARN me cilësi të lartë mund të merret. Në fazën e optimizmit të indeve seksionet janë njollosur dhe vizualizuar dhe kushtet e permeabilizimit për lëshimin e mRNA nga indet janë optimizuar. Protokolli i optimizuar aplikohet më pas gjatë ndërtimit të bibliotekës, i ndjekur nga sekuencat dhe analiza e të dhënave.
Rrjedha e plotë e punës e shërbimit përfshin azhurnime në kohë reale dhe konfirmime të klientit për të mbajtur një lak reagimi të përgjegjshëm, duke siguruar ekzekutimin e qetë të projektit.
Përfshinë analizën e mëposhtme:
Kontrolli i cilësisë së të dhënave:
o Prodhimi i të dhënave dhe shpërndarja e rezultatit të cilësisë
o Zbulimi i gjenit për vend
o Mbulimi i indeve
Analiza e mostrës së brendshme:
o Pasuri e gjenit
o Grupimi i vendeve, përfshirë analizën e zvogëluar të dimensionit
o Analiza e shprehjes diferenciale midis grupimeve: Identifikimi i gjeneve të shënuesve
o Annotimi funksional dhe pasurimi i gjeneve të shënuesve
Analizë ndër-grupore
o Rilindja e pikave nga të dy mostrat (p.sh. të sëmura dhe kontrolli) dhe ri-grupimi
o Identifikimi i gjeneve të shënuesve për secilën grupim
o Annotimi funksional dhe pasurimi i gjeneve të shënuesve
o Shprehje diferenciale e të njëjtit grup midis grupeve
Analiza e mostrës së brendshme
Grupim i pikës
Identifikimi i gjeneve të shënuesve dhe shpërndarja hapësinore
Analizë ndër-grupore
Kombinimi i të dhënave nga të dy grupet dhe ri-grupimi
Gjenet e shënuesve të grupimeve të reja
Eksploroni përparimet e lehtësuara nga shërbimi i transkriptomikës hapësinore të BMKGene nga 10x Visium në këto botime të paraqitura:
Chen, D. et al. (2023) 'MTHL1, një homolog i mundshëm Drosophila i GPCR të ngjitjes së gjitarëve, është i përfshirë në reaksionet antitumor ndaj qelizave onkogjenike të injektuara në mizat',Procedimet e Akademisë Kombëtare të Shkencave të Shteteve të Bashkuara të Amerikës, 120 (30), f. E2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al. (2023) 'Steeleliku mundëson përcaktimin me rezolucion të lartë të të dhënave transkriptomike spatiotemporale',Brifings në Bioinformatics, 24 (2), fq 1-10. doi: 10.1093/bib/bbad068.
Liu, C. et al. (2022) 'Një atlas spatiotemporal i organogjenezës në zhvillimin e luleve të orkideve',Hulumtimi i acideve nukleike, 50 (17), faqe 9724–9737. doi: 10.1093/nar/gkac773.
Wang, J. et al. (2023) 'Integrimi i transkriptomikës hapësinore dhe sekuencave të ARN-së me një bërthamë zbulon strategjitë e mundshme terapeutike për leiomyoma të mitrës',Revista Ndërkombëtare e Shkencave Biologjike, 19 (8), faqe 2515-2530. doi: 10.7150/ijbs.83510.
