Taxanaha RNA Prokaryotic
Astaamaha
● Samaynta muunada RNA waxay ku lug lahayd dhimista rRNA oo ay la socoto diyaarinta maktabadda RNA jihada.
● Falanqaynta bioinformatic ee ku salaysan toosinta genome tixraaceed
● Falanqaynta waxaa ku jira muujinta hidde-sideyaasha iyo DEG-yada laakiin sidoo kale qaab-dhismeedka qoraalka iyo falanqaynta sRNA
Faa'iidooyinka Adeegga
●Xakamaynta tayada adag: Waxaan hirgelineynaa qodobbada kontoroolka asaasiga ah ee dhammaan heerarka, laga bilaabo muunad iyo diyaarinta maktabadda ilaa isku xigxiga iyo bioinformatics. Kormeerkan taxaddar leh wuxuu xaqiijinayaa gaarsiinta natiijooyin tayo sare leh oo joogto ah.
●Xogta Taxanaha Gaarka ah ee Strand: sababtoo ah diyaarinta maktabadda RNA oo jihayn ah, oo awood u siinaysa aqoonsiga qoraallada dareenka lidka ku ah.
●Falanqaynta Dhamaystiran ee Ku Habboon Prokaryotic Transcriptomes: dhuumaha bioinformatic waxaa ku jira ma aha oo kaliya falanqaynta muujinta hidda-wadaha laakiin sidoo kale falanqaynta qaab dhismeedka qoraalka, oo ay ku jiraan aqoonsiga operons, UTRs iyo dhiirrigeliyeyaasha. Waxa kale oo ka mid ah falanqaynta sRNA-yada, kuwaas oo ah sharraxaad iyo saadaalin qaabdhismeedka sare iyo bartilmaameedyada.
●Taageerada Iibka KadibBallanqaadkayaga waxa uu dhaafsiisan yahay dhamaystirka mashruuca oo leh 3 bilood oo adeega iibka kadib. Inta lagu jiro wakhtigan, waxaanu bixinaa dabagalka mashruuca, caawinta cilad-raadinta, iyo fadhiyada Q&A si wax looga qabto wixii su'aalo ah ee la xidhiidha natiijooyinka.
Tusaalaha Shuruudaha iyo Bixinta
| Maktabadda | Istaraatiijiyada isku xigxiga | Xogta lagu taliyay | Xakamaynta tayada |
| Maktabaddii jihada ee rRNA dhammaatay | Illumina PE150 | 1-2 Gb | Q30≥85% |
Tusaalaha Shuruudaha:
| Conc.(ng/μl) | Qadarka (μg) | daahirnimo | Daacadnimo |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280=1.8-2.0 OD260/230=1.0-2.5 Xadidan ama aan lahayn borotiin ama wasakh DNA oo lagu muujiyey jel. | RIN≥6.5 |
Tusaalaha keenista lagu taliyay
Weel: 2 ml oo tuubo sentrifuge ah (Faylada qasacadaysan laguma talinayo)
Tusaalaha calaamadaynta: Kooxda+ku celcelinta tusaale A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Raritaanka:
1. Barafka qallalan: Muunadodu waxay u baahan yihiin in lagu xidho bac oo lagu aaso baraf qallalan.
2. Tuubooyinka RNAstable: Muunada RNA waxaa lagu qallajin karaa tuubada xasilinta RNA (tusaale RNAstable®) waxaana lagu rari karaa heerkulka qolka.
Socodka Shaqada Adeegga
Tusaalaha keenista
Dhismaha maktabadda
Isku xigxiga
Falanqaynta xogta
Adeegyada iibka kadib
Socodka Shaqada Falanqaynta Biyoinformatic
Waxa ku jira Falanqaynta soo socota:
● Xakamaynta tayada xogta ceeriin
● Ku toosinta genome tixraaceedka
● Qiimaynta Tayada Maktabadda: Kala-jajabinta RNA ee kala-soocida, cabbirka gelida iyo isku-xiridda isku xigxiga
● Sharaxaada hawleed ee hidda-sidaha codaynta ee la saadaaliyay
● Falanqaynta Muujinta: Isku-xidhka iyo Falanqaynta Qaybaha Maamulaha (PCA)
● Muujinta Hiddaha Kala Duwan (DEGs)
● Sharaxaada shaqada iyo tayeynta DEG-yada
● Falanqaynta sRNA: saadaalinta, sharraxaadda, bartilmaameedka, iyo saadaalinta qaabdhismeedka sare
● Falanqaynta Qaab-dhismeedka Qoraal-koobeedka: operons, bilowga iyo dhammaadka jagooyinka, gobolka aan la turjumay (UTS), dhiirrigeliye, iyo falanqaynta SNP/InDel
Dheefta isku xigxiga
Tilmaanta shaqaynaysa ee hidde-sidaha codaynta
Isku xirka shaybaarada
Falanqaynta hidde-sidaha la soo bandhigay ee kala duwan (DEGs).
Falanqaynta kobcinta shaqada
sharraxaadda sRNA
Ku baadh horumarka ay fududaysay BMKGene's Nanopore adeegyada isku xigxiga ee dhererka buuxa ee mRNA ee daabacaadan muuqda.
Guan, CP iyo al. (2018) 'Isbeddelada Qoraalka Caalamiga ah ee Biofilm- Samaynta Staphylococcus epidermidis Ka jawaabista Wadarta Alkaloids ee Sophorea alopecuroids',Joornaalka Polish ee Microbiology, 67(2), b. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
