-
Isbarbardhigga Genomics
Genomics isbarbardhigga waxay ku lug leedahay baaritaanka iyo isbarbardhigga dhammaan taxanaha genome-ga iyo qaab-dhismeedka noocyada kala duwan. Goobtani waxay doonaysaa inay daaha ka qaaddo horumarka noocyada, kala saarto hawlaha hidda-wadaha, oo ay caddayso hababka nidaaminta hidde-sidaha iyada oo la aqoonsanayo qaab-dhismeedyada isku xigxiga ee la dhawray ama kala duwan iyo xubno ka mid ah noolayaasha kala duwan. Daraasada genomics isbarbardhigga oo dhammaystiran waxay koobaysaa falanqaynta sida qoysaska hidda-wadaha, korriinka korriinka, dhacdooyinka nuqul ka mid ah-genome-ga, iyo saamaynta cadaadiska xulashada.
-
Hiddaha Kobcinta
Dadweynaha iyo madal falanqaynta hidde-sidee-evolutionary waxa lagu aasaasay saldhigga waayo-aragnimada baaxadda leh ee lagu ururiyay kooxda BMK R&D muddo sannado ah. Waa aalad saaxiibtinimo u leh isticmaale gaar ahaan cilmi-baarayaasha aan ku weynayn bioinformatics. Madal Tani waxay awood u siinaysaa aasaasiga ah hidde-evolutionary falanqaynta aasaasiga ah oo ay ku jiraan dhismaha dhirta phylogenetic, falanqaynta isku xirnaanta, qiimaynta kala duwanaanshiyaha hidde, falanqaynta xaaqid, falanqaynta qaraabo, PCA, falanqaynta qaab-dhismeedka dadweynaha, iwm.
-
Hi-C Ku Salaysan Golaha Genome
Hi-C waa hab loogu talagalay in lagu qabto qaabeynta koromosoomyada iyadoo la isku darayo isdhexgalka ku saleysan dhowaanshaha iyo isku xigxiga sareynta. Xoojinta isdhexgalkaan ayaa la rumeysan yahay inay si xun ula xiriirto fogaanta jirka ee koromosoomyada. Sidaa darteed, xogta Hi-C waxa loo isticmaalaa in lagu hago ururinta, dalbashada, iyo jihaynta taxanaha la isku keenay ee hiddo-wadaha qabyada ah iyo ku xidhidhiyeyaasha tiro cayiman oo koromosoomyo ah. Farsamadani waxay awood siinaysaa isu imaatinka heerka koromosoomyada marka ay maqan tahay khariidad hidde-wadaaga ku salaysan. Genom kasta wuxuu u baahan yahay Hi-C.
-
Dhirta/Xayawaanka De Novo Genome Sequencing
De Novoisku xigxiga waxaa loola jeedaa dhismaha noocyada 'genome' oo dhan iyadoo la adeegsanayo tignoolajiyada isku xigxiga ah maqnaanshaha genome tixraaceed. Soo bandhigida iyo qaadashada baahsanaanta ee jiilka saddexaad, oo leh wax akhrin dheer, ayaa si weyn u xoojiyey isu-ururinta genome-ka iyada oo kordhinaysa isku dhafka u dhexeeya akhrinta. Kobcintani waxay si gaar ah u khusaysaa marka lala tacaalayo genome-yada adag, sida kuwa muujinaya heterozygosity sare, saamiga sare ee gobollada soo noqnoqda, polyploids, iyo gobollada leh walxo soo noqnoqda, waxyaabaha GC-da aan caadiga ahayn, ama kakanaanta sare ee sida caadiga ah si liidata la isugu keeno iyadoo la isticmaalayo taxane akhris gaaban keligiis.
Xalkayaga halka joogsiga ah wuxuu bixiyaa adeegyo isku xigxig ah oo isku xiga iyo falanqaynta bioinformatic taasoo keenaysa genome-ga urursan ee de novo oo tayo sare leh. Sahanka genome-ga bilowga ah ee Illumina wuxuu bixiyaa qiyaasaha cabbirka genome-ga iyo kakanaanta, macluumaadkan waxaa loo isticmaalaa in lagu hago tillaabada xigta ee isku xigxiga muddada dheer ee akhriska ee PacBio HiFi, oo ay ku xigtode novoshirka contigs. Isticmaalka xiga ee isu-ururinta HiC waxa ay awood u siinaysaa ku xidhidhiyaha xididdada genome-ga, helitaanka isu-ururinta heerka koromosoomyada. Ugu dambayntii, genome-ka waxa lagu qeexaa saadaalinta hidda-wadaha iyo iyada oo la isku xig-xiro hiddo-wadaha la muujiyey, iyada oo la adeegsanayo qoraallo qoraallo ah oo akhrin gaaban iyo kuwo dheer leh.
-
Isku xigxiga guud ee bini'aadamka
Human Whole exome sequencing (hWES) waxaa si weyn loogu aqoonsaday habka isku xigxiga ee kharash-ku-ool ah oo awood leh oo tilmaamaya isbeddellada cudur-sidaha. Inkasta oo ay ka kooban yihiin kaliya 1.7% genome-ga oo dhan, exons waxay ciyaaraan door muhiim ah iyagoo si toos ah u muujinaya astaanta guud ee shaqooyinka borotiinka. Gaar ahaan, genome-ka aadanaha, in ka badan 85% isbeddellada la xiriira cudurrada ayaa ka muuqda gobollada codeing borotiinka. BMKGENE waxay bixisaa adeeg dhamaystiran oo dabacsanaan ah oo isku xigxiga bini'aadamka oo dhan oo leh laba xeelado soo jiidasho oo kala duwan oo la heli karo si loo gaaro yoolalka cilmi-baarista ee kala duwan.
-
Taxanaha Jajabka La Weyneeyay ee Gaarka ah-Locus (SLAF-Seq)
Genotyping-sare-soo-saarka, gaar ahaan dadka baaxadda weyn, waa tallaabo aasaasiga ah ee daraasaadka ururka hidde iyo waxay bixisaa aasaas hidde-helidda functional, falanqaynta evolutionary, iwm.Taxanaha hiddo-wadaha oo la dhimay (RRGS)waxaa inta badan lagu shaqeeyaa daraasaddan si loo yareeyo qiimaha isku xigxiga ee muunad kasta iyadoo la ilaalinayo waxtarka macquulka ah ee helitaanka calaamadaynta hidde-sidaha. RRGS waxa ay tani ku gaadhaysaa iyada oo lagu dheefshiido DNA-da oo leh enzymes xaddidan oo diiradda saaraya kala duwanaanta cabbirka jajabka ee gaarka ah, taas oo isku xigxigta kaliya qayb ka mid ah genome-ga. Hababka kala duwan ee RRGS, Taxanaha Jajabka Gaarka ah ee Locus-Locus (SLAF) waa hab la beddeli karo oo tayo sare leh. Habkan, oo ay si madax banaan u soo saartay BMKGene, ayaa wanaajisa xaddidaadda enzyme-ka loo dejiyay mashruuc kasta. Tani waxay hubinaysaa jiilka tiro badan oo calaamado SLAF ah (400-500 bps gobollada genome ee la isku xigxigay) kuwaas oo si isku mid ah loogu qaybiyay genome-ga iyadoo si wax ku ool ah looga fogaado gobollada soo noqnoqda, taas oo hubinaysa helitaanka calaamadaha hidde-socodka ugu fiican.
-
Illumina horay loo sameeyay maktabadaha
Tignoolajiyada isku xigxiga ee Illumina, oo ku salaysan Taxane by Synthesis (SBS), waa hal-abuur caalami ah oo la aqbalay NGS, oo mas'uul ka ah soo saarista in ka badan 90% xogta isku xigxiga ee adduunka. Mabda'a SBS waxa ay ku lug leedahay sawirida shucaaca leh ee lagu calaamadiyay joojinta dib loo rogi karo marka dNTP kasta lagu daro, ka dibna la kala qaado si loogu ogolaado ku darida saldhiga xiga. Iyada oo dhammaan afarta dNTP-yada ku xidhan ee dib loo rogi karo ay ku jiraan meerto kasta oo taxane ah, tartanka dabiiciga ahi waxa uu yareeyaa eexda ku darista. Tiknoolajiyadan wax-ku-oolka ah waxay taageertaa maktabadaha hal-akhriska ah iyo kuwa-dhamaadka-dhamaadka ah, iyadoo u adeegaysa noocyo badan oo codsiyo genomic ah. Awoodaha wax soo saarka sare ee Illumina iyo sida saxda ah waxay u dhigayaan inay tahay tiir udub dhexaadka cilmi baarista genomics, taasoo awood siinaysa saynisyahanada inay daaha ka rogaan qalafsanaanta genome-yada oo leh tafatir iyo hufnaan aan isbarbar dhigin.
Adeegeena isku xigxiga maktabadda ee horay loo sameeyay ayaa u suurtageliya macaamiisha inay diyaariyaan maktabado isku xigxiga oo laga keenay ilo kala duwan (mRNA, genenom dhan, amplicon, maktabadaha 10x, iyo kuwo kale). Ka dib, maktabadahaan waxaa loo rari karaa xarumahayada isku xigxiga ee ilaalinta tayada iyo isku xigxiga ee goobaha Illumina.
