-
Falanqaynta Ururka Genom-ballaaran
Ujeedada Daraasaadka Ururka Genome-Wide Association (GWAS) waa in la aqoonsado kala duwanaanshaha hidde-sideyaasha (genotypes) ee ku xidhan sifooyin gaar ah (phenotypes). Iyada oo lagu baadho calaamadaha hidda-socodka ee guud ahaan genome-ka tiro badan oo shakhsiyaad ah, GWAS waxay ka saartaa ururrada genotype-phenotype iyada oo loo marayo falanqaynta tirakoobka heerka dadweynaha. Habkani wuxuu helayaa codsiyo ballaadhan oo ku saabsan cilmi-baarista cudurrada bini'aadamka iyo sahaminta hidda-socodka shaqeynta ee la xidhiidha sifooyinka adag ee xayawaanka ama dhirta.
Markay tahay BMKGENE, waxaanu bixinaa laba dariiqo oo lagu sameeyo GWAS dad badan: shaqaaleysiinta Taxanaha Guud ee Genome (WGS) ama dooranaya habka isku xigxiga genome-ka matalaada oo la dhimay, guriga-guriga-guulaha lagu horumariyay ee Gaarka ah-Locus Amplified Fragment (SLAF). Iyadoo WGS ay ku habboon tahay genomes yaryar, SLAF waxay u soo baxdaa sidii beddelka kharash-ool ah oo lagu baranayo dad badan oo leh genome dheer, si wax ku ool ah loo yareeyo kharashyada isku xigxiga, iyada oo la damaanad qaadayo hufnaanta daahfurka hiddaha sare.
-
Hal-nuklei RNA Taxane
Horumarinta qabsashada hal unug iyo farsamooyinka dhismaha maktabadda caadiga ah, oo ay weheliso isku xigxiga-sare, ayaa wax ka beddelay daraasadaha muujinta hidda-wadaha ee heerka unugga. Horumarkaani wuxuu ogolaanayaa in si qoto dheer oo qoto dheer loo falanqeeyo tirada unugyada adag, ka gudubka xaddidaadyada la xidhiidha celceliska muujinta hidda-wadaha ee dhammaan unugyada iyo ilaalinta kala duwanaanshaha dhabta ah ee dadkan. Iyadoo isku xigxiga hal unug ee RNA (scRNA-seq) uu leeyahay faa'iidooyin aan la dafiri karin, waxay la kulmeysaa caqabado unugyo gaar ah halkaas oo abuurista hal unug ka-joojin ay caddeyso mid adag oo u baahan muunado cusub. Markay tahay BMKGene, waxaanu wax ka qabanaynaa caqabadan annagoo bixinayna isku xigxiga hal-nucleus RNA (snRNA-seq) anagoo adeegsanayna tignoolajiyada casriga ah ee 10X Genomics Chromium. Habkani waxa uu balaadhinayaa shaybaarrada kala duwan ee lagu heli karo falanqaynta qoraalka ee heerka hal unug.
Go'doominta nuclei-yada waxaa lagu dhammeeyaa hal-abuurka 10X Genomics Chromium chip, oo leh nidaam siddeed kanaal ah oo microfluidics ah oo leh laba isgoys. Nidaamkan dhexdiisa, kuullaha jeelka ah ee ku jira barcodes, primers, enzymes, iyo hal nukleus ayaa ku jira dhibcaha saliidda ee nanoliter-ka, samaynta Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Samaynta GEM ka dib, lysis unug iyo siidaynta barcode waxay ku dhacdaa GEM kasta. Ka dib, molecules mRNA waxay maraan qoraal kale oo cDNAs ah, oo lagu daro 10X barcodes iyo Aqoonsiyada Molecular Unique (UMIs). CDNA-yadan ayaa markaa la marsiiyaa dhismo isku xigxig oo caadi ah, taasoo sahlaysa sahamin adag oo dhamaystiran oo ah astaanta muujinta hidda-wadaha ee heerka unug-kaliya.
Platform: 10× Genomics Chromium iyo Illumina NovaSeq Platform
-
Isku-xiridda Hiddo-sidaha Dhan ee Dhirta/Xayawaanka
Isku xigxiga Genome oo dhan (WGS), oo sidoo kale loo yaqaanno dib-u-eegis, waxaa loola jeedaa dhammaan taxanaha genome-ka ee shakhsiyaadka kala duwan ee noocyada leh genome- tixraac la yaqaan. Taas oo ku saleysan, kala duwanaanshaha genomic ee shakhsiyaadka ama dadweynaha ayaa la sii ogaan karaa. WGS waxay awood u siinaysaa aqoonsiga Hal Nucleotide Polymorphism (SNP), Tirtirka Gelida (InDel), Kala duwanaanshaha Qaabdhismeedka (SV), iyo Numbarka Nuqulka Kala duwanaanshaha (CNV). SV-yadu waxay ka kooban yihiin qayb weyn oo ka mid ah saldhigga kala duwanaanshiyaha marka loo eego SNP-yada waxayna saameyn weyn ku leeyihiin genome-ka, oo si weyn u saameeya noolaha. Iyadoo isku xigxiga akhris-gaaban ay waxtar u leedahay aqoonsiga SNPs iyo InDels, isku xigxiga-dheer-akhriska ayaa u oggolaanaya in si sax ah loo aqoonsado jajabyo waaweyn iyo kala duwanaansho adag.
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
transcriptomics Spatial transcriptomics waa tignoolajiyada gees-goynta ah oo u oggolaanaysa cilmi-baarayaasha inay baaraan qaababka muujinta hidda-wadaha ee unugyada dhexdooda iyagoo ilaalinaya xaaladdooda bannaan. Mid ka mid ah madal awood leh oo ku taal boggan waa 10x Genomics Visium oo ay weheliso isku xigxiga Illumina. Mabda'a 10X Visium wuxuu ku dul yaal jajab gaar ah oo leh meel laqabsado oo loo qoondeeyay halkaasoo qaybaha unugyada la dhigo. Goobtan la qabsashada waxa ay ka kooban tahay baro kood leh, oo mid walba u dhiganta meel bannaan oo gaar ah oo ku dhex jirta unugyada. Unugyada RNA ee la qabtay ee unugga ayaa markaas lagu calaamadeeyay tilmaameyaal unugyo gaar ah (UMIs) inta lagu guda jiro habka qoraalka qoraalka. Barcodeedkan iyo UMI-yada waxay awood u siinayaan khariidad sax ah oo sax ah iyo qiyaasida muujinta hidda-wadaha ee xallinta hal unug. Isku darka shaybaarrada barcodeed ee meel bannaan iyo UMI-yada waxay hubinayaan saxnaanta iyo gaarnimada xogta la sameeyay. Isticmaalka tignoolajiyadan Spatial Transcriptomics, cilmi-baarayaashu waxay heli karaan faham qoto dheer oo ku saabsan abaabulka ballaaran ee unugyada iyo isdhexgalka unugyada kakan ee ka dhex dhaca unugyada, iyagoo siinaya aragtiyo qiimo leh oo ku saabsan hababka asaasiga ah ee hababka bayoolojiga ee dhinacyo badan, oo ay ku jiraan oncology, neuroscience, bayoolaji korriinka, immunology. , iyo cilmiga dhirta.
Platform: 10X Genomics Visium iyo Illumina NovaSeq
-
Dherer buuxa mRNA Taxane-Nanopore
Iyadoo isku xigxiga mRNA-ku salaysan ee NGS ay tahay qalab wax ku ool ah oo lagu qiyaaso muujinta hidda-wadaha, ku tiirsanaanta akhrinta gaagaaban ayaa xaddidaysa waxtarkeeda falanqaynta qoraalka qoraalka ee adag. Dhanka kale, isku xigxiga nanopore waxay shaqaaleysiisaa tignoolajiyada akhriska dheer, taasoo awood u siinaya isku xigxiga qoraalada mRNA-ga oo buuxa. Habkani wuxuu fududeeyaa sahaminta dhamaystiran ee kala-baxa beddelka ah, isku-dhafka hidda-wadaha, poly-adenylation, iyo qiyaasidda soofoofyada mRNA.
Isku xigxiga Nanopore, habka ku tiirsan nanopore hal-molecule-waqtiga-dhabta ah ee korantada, wuxuu bixiyaa natiijooyinka waqtiga-dhabta ah. Waxaa haga borotiinada mootada, DNA-da laba-jibbaaran waxay ku xidhan tahay borotiinnada nanopore ee ku dhex jira biofilm, oo furfuraya marka ay dhex marto kanaalka nanopore ee hoos yimaada farqiga danabka. Calaamadaha korantada ee gaarka ah ee ay abuuraan saldhigyo kala duwan oo ku yaal xargaha DNA-da ayaa la ogaadaa waxaana lagu kala saaraa waqtiga dhabta ah, fududaynta isku xigxiga nucleotide saxda ah oo joogto ah. Habkan hal-abuurka leh ayaa ka gudbaya xaddidaadyada akhrinta-gaaban wuxuuna bixiyaa madal firfircoon oo loogu talagalay falanqaynta genomic-ga adag, oo ay ku jiraan daraasado qoraal ah oo adag, oo leh natiijooyin degdeg ah.
Platform: Nanopore PromethION 48
-
Taxanaha mRNA dhererka buuxa -PacBio
In kasta oo isku xigxiga mRNA-ku-salaysan ee NGS uu yahay aalad wax-ku-ool ah oo lagu qiyaaso muujinta hidda-wadaha, ku-tiirsanaanta ay u leedahay akhrinta gaagaaban waxay xaddidaysaa isticmaalkeeda falanqaynta qoraalka qoraalka ee adag. Dhanka kale, PacBio sequencing (Iso-Seq) waxay shaqaaleysiisaa tignoolajiyada akhriska dheer, taasoo awood u siinaya isku xigxiga qoraallada mRNA-ga oo buuxa. Habkani wuxuu fududeynayaa sahaminta dhamaystiran ee kala-baxa beddelka ah, isku-dhafka hidde-sideyaasha, iyo-adenylation-ka. Si kastaba ha ahaatee, waxaa jira doorashooyin kale oo lagu qiyaaso muujinta hidda-socodka sababtoo ah tirada badan ee xogta loo baahan yahay. Tiknoolajiyada isku xigxiga ee PacBio waxay ku tiirsan tahay isku xigxiga hal-molecule, waqtiga-dhabta ah (SMRT), taasoo bixisa faa'iido gaar ah qabashada qoraallada mRNA ee dhererka buuxa. Habkan cusubi waxa uu ku lug leeyahay isticmaalka mawjadaha eber-mode (ZMWs) iyo ceelasha yaryar ee awood u siinaya fiirsashada wakhtiga dhabta ah ee waxqabadka DNA polymerase inta lagu jiro taxanaha. Gudaha ZMW-yadan, PacBio's DNA-ga polymerase waxa uu ku abuuraa xadhig dhammaystiran oo DNA ah, isaga oo soo saaraya akhrin dheer oo ka kooban dhammaan qoraallada mRNA. Hawlgalka PacBio ee qaabka isku xigxiga Consensus Wareega (CCS) waxa ay wanaajisaa saxnaanta iyadoo si isdaba joog ah isku xigxigta isla molecule. Akhrinta HiFi ee la soo saaray waxay leedahay saxsanaan la barbardhigi karo NGS, taasoo sii kordhinaysa wax ku biirinta falanqaynta dhamaystiran oo la isku halayn karo ee sifooyinka qoraalka qoraalka adag.
Platform: PacBio Sequel II; PacBio Revio
-
Eukaryotic mRNA Sequencing-NGS
isku xigxiga mRNA, tignoolajiyada wax ku oolka ah, waxay awood siinaysaa sifada dhamaystiran ee dhamaan qoraalada mRNA-ga ee unugyada ku jira xaalado gaar ah. Iyada oo la adeegsanayo codsiyadeeda kala duwan, qalabkan goynta ah ayaa daaha ka qaadaya muuqaalada muujinta hidda-wadaha, qaab-dhismeedka hidda-wadaha, iyo hababka molecular ee la xidhiidha hababka noole ee kala duwan. Si ballaaran loogu ansixiyay cilmi-baarista aasaasiga ah, baarista caafimaad, iyo horumarinta daroogada, taxanaha mRNA wuxuu bixiyaa aragtiyo ku saabsan qallafsanaanta dhaqdhaqaaqa gacanta iyo habaynta hidde-sideyaasha, taasoo dhalinaysa xiisaha ku saabsan awooddeeda dhinacyo kala duwan.
Platform: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Tixraaca aan ku salaysnayn mRNA Sequencing-NGS
Taxanaha mRNA waxa uu awood siinayaa sifada dhamaystiran ee dhamaan qoraalada mRNA-ga ee unugyada ku jira xaalado gaar ah. Tiknoolajiyadan casriga ah waxay u adeegtaa sidii qalab awood leh, oo daaha ka qaadaysa muuqaalada muujinta hidda-wadaha, qaab-dhismeedka hidda-wadaha, iyo hababka molecular ee la xidhiidha hababka noole ee kala duwan. Si ballaaran loo qaatay cilmi baarista aasaasiga ah, baarista caafimaadka, iyo horumarinta daroogada, isku xigxiga mRNA waxa uu bixiyaa aragtiyo ku saabsan qalafsanaanta dhaqdhaqaaqa gacanta iyo habaynta hidda-socodka.
Platform: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Taxane dheer oo aan codeeyn-Illumina
RNA-yada dheer ee aan codeeyn (lncRNAs) waxay ka dheer yihiin 200 nucleotide kuwaas oo leh awood kood u yar oo ah xubno muhiim u ah gudaha RNA aan codeeyn. Laga helay xudunta iyo cytoplasm, RNA-yadani waxay door muhiim ah ka ciyaaraan epigenetic, transcriptional, iyo qawaaniinta ka dambeeya, iyagoo hoosta ka xariiqaya muhiimada ay u leeyihiin qaabaynta hababka gacanta iyo unugyada. Isku xigxiga LncRNA waa aalad awood badan oo kala soocida Unugyada, Ontogenesis, iyo cudurada Aadanaha.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Taxanaha RNA-yar-Illumina
Unugyada RNA (sRNA) yaryar, waxaa ka mid ah microRNAs (miRNAs), RNA-yada yaryar ee farageliya (siRNAs), iyo RNA-yada piwi-ga ah (piRNAs). Kuwaas waxaa ka mid ah, miRNAs, oo ku dhow 18-25 nucleotides dheer, ayaa si gaar ah loogu xusi karaa doorkooda sharciyeynta ee hababka kala duwan ee gacanta. Qaababka muujinta unugyada gaarka ah iyo heerka-gaarka ah, miRNA-yadu waxay soo bandhigaan ilaalin sare oo noocyada kala duwan ah.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Taxanaha CircRNA-Illumina
Isku xigxiga RNA wareegtada ah (circRNA-seq) waa in la soo bandhigo oo la falanqeeyo RNA-yada wareegsan, koox ka mid ah molecules RNA kuwaas oo sameeya wareegyo xiran oo ay ugu wacan tahay dhacdooyinka kala-baxa ee aan kanoniga ahayn, taasoo siinaysa RNA-gan xasillooni korodhay. Iyadoo qaar ka mid ah circRNA-yada la muujiyay inay u dhaqmaan sida isbuunyada microRNA, kala soocida microRNA-yada iyo ka hortagga iyaga inay nidaamiyaan mRNA-yada bartilmaameedka ah, circRNA-yada kale ayaa laga yaabaa inay la falgalaan borotiinnada, beddelaan muujinta hidda-wadaha, ama waxay door ku leeyihiin hababka gacanta. Falanqaynta muujinta circRNA waxay bixisaa aragtiyo ku saabsan doorarka nidaaminta unugyadan iyo muhiimada ay ku leeyihiin hababka kala duwan ee unugyada, heerarka korriinka, iyo xaaladaha cudurada, taasoo gacan ka geysaneysa faham qoto dheer oo ku saabsan kakanaanta nidaamka RNA ee macnaha guud ee muujinta hidda-wadaha.
-
Taxanaha Qoraalka oo Dhan – Illumina
Isku xigxiga qoraalka oo dhan wuxuu bixiyaa hab dhammaystiran oo lagu soo bandhigo unugyo RNA oo kala duwan, ka kooban koodh (mRNA) iyo RNA-yada aan codeeyn (lncRNA, circRNA, iyo miRNA). Farsamadan waxay qabsata dhammaan qoraallada unugyada gaarka ah waqti la siiyay, taasoo u oggolaanaysa faham dhammaystiran oo ku saabsan hababka gacanta. Sidoo kale loo yaqaan "wadarta isku xigxiga RNA," waxay ujeedadeedu tahay inay daaha ka qaaddo shabakadaha sharciyeynta adag ee heerka transcriptome, taasoo awood u siinaysa falanqayn qotodheer sida RNA endogenous RNA (ceRNA) iyo falanqaynta wadajirka ah ee RNA. Tani waxay calaamad u tahay tillaabada bilawga ah ee ku wajahan sifada shaqaynaysa, gaar ahaan furitaanka shabakadaha sharciyaynta ee ku lug leh isdhexgalka ceRNA-miRNA-mRNA ku salaysan.
-
Chromatin Taxanaha Tallaalka Tallaalka (ChiP-seq)
Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) waa farsamo ka faa'iidaysata unugyada difaaca si ay si xushmad leh u xoojiso borotiinnada DNA-da ku xidha iyo bartilmaameedyada genomics ee u dhigma. Ku biirinteeda NGS waxay awood u siinaysaa sifaynta genome-ballaaran ee bartilmaameedyada DNA-da ee la xidhiidha wax ka beddelka histone, qodobbada qoraalka, iyo borotiinnada kale ee DNA-ku xidha. Habkan firfircoon ayaa awood u siinaya isbarbardhigga goobaha xidhitaanka ee noocyada unugyada kala duwan, unugyada, ama xaaladaha. Codsiyada ChIP-Seq waxay ka soo bilowdaan barashada hab-dhaqanka qoraalka iyo dariiqooyinka korriinka ilaa ay soo bandhigaan hababka cudurka, taasoo ka dhigaysa aalad lama huraan u ah fahamka hab-dhaqanka hab-nololeedka iyo horumarinta aragtiyada daaweynta.
Platform: Illumina NovaSeq
