MRNA-SEQ (NGS) oo tixraacaya Genome

MRNA-SEQ (NGS) oo tixraacaya Genome

RNNA-SEQ waa aalad caadi ah oo ku saabsan nolosha iyo cilmiga dalaga, oo ay ku hayaan farqiga u dhexeeya hiddo-darada iyo taariiqda. Xooggeeda waxay ku jirtaa helitaanka qoraallo cusub oo lagu muujiyo muujinta ay ka mid tahay hal asey. Waxaa si weyn loogu isticmaalaa daraasadaha isbarbardhiga isbarbar dhigga, iftiinka iftiinka ee hidda-wadaha la xidhiidha astaamaha ama lo neceb, sida isbarbardhiga isbarbardhigayaasha noocyada duurjoogta ah ama muujinta muujinta hidda-wadaha. BMKCloud Mrna (tixraac) App wuxuu isku daraayo muujinta tirinta, falanqaynta qaabdhismeedka kala-sooca (deg), iyo qaab dhismeedka qaabdhismeedka Mrna-SEQ (NGS) Pipeformatics-ka (NGS) ee loo yaqaan 'Bnainformatics', oo hubiya awooda ku habboon iyo saaxiibtinimada-saaxiibtinimo. Isticmaalayaashu waxay u soo geli karaan xogtahooda RNA-seQ, halkaas oo appku bixiyo mid dhammaystiran, xalka falanqaynta hal-meel-joogga ah. Intaa waxaa sii dheer, waxay mudnaanta siineysaa waayo-aragnimada macaamiisha, oo bixiya hawlgallo shaqsiyeed oo loogu talagalay baahiyaha gaarka ah ee dadka isticmaala. Isticmaalayaashu waxay dejin karaan cabirrada waxayna soo gudbin karaan howlgalka tuubbada naftooda, hubi Warbixinta is-dhexgalka, Eegida Xogta / Macdanta Xogta oo dhameystiran, sida: XUQUUQDA GOLTLING, XUQUUQDA AADANKA, ITM, iwm.

Natiijooyinka Demo

Macdanta xogta

Shuruuda Soo dejinta

Falanqaynta ugu weyn

Qoraal ka warbixineya

Natiijooyinka Demo

Macdanta xogta

Shuruuda Soo dejinta

Malas:Iveritina, Mgi
Istaraatiijiyadda:Rna-seq
Khariidad: Lasiiyay, xogta nadiifka ah.
Nooca maktabadda:fr-aan la shaacin, fr-preststerand ama fr-sedexaad
Akhri dhererka:150 bp
Nooca faylka:*., * .fq, *.fq. Nidaamku wuu sameyn doonaaSi otomaatig ah u dhig faylasha kombiyuutarka.Tusaale * _1.)
Tirada saamballada:Ma jiraan wax xayiraad ah lambarkasamballada, laakiin waqtiga falanqaynta ayaa kor u kacaya tiradaMuunado ayaa koraya.
Xaddiga xogta lagu taliyay:6g muunad

Falanqaynta ugu weyn

Falanqaynta ugu weyn iyo aaladaha loo yaqaan 'blainffff' ee Mrna-Seq (tixraac)Pipeline waa sida soo socota:

1. Xakamaynta Tayada Rawdata:

• Ka saarida taxanaha tayada hooseeya, taxanaha adabtarada,iwm;

• Qalabka: Guriga Gudaha ee Guriga Gudaha;

2. Isugeynta xogta si loo tixraaco tixraaca Genome:

• Isku-darka Akhrinta Akhriska oo leh algorithm algorithm ka soo horjeedkaTixraac Genome.

• Qalabka:Uu, SamTools

3. Falanqaynta Tayada Tayada Maktabadda:

• Gali falanqaynta dhererka, isku xigxiga fadhiga, iwm;

• Qalabka:SamTools;

4. Falanqaynta Qaab-dhismeedka Qaabsocodka:

• falanqaynta kala-goynta kaladuwan, kobcinta qaab dhismeedka hidda-wadaha,saadaalinta wadaha ee sheekada, iwm;

• Qalabka:Stringtie, gffcopare, Gaanq,Dheemman, Faasicincin, iyoHaammir.

5. Falanqaynta Muujinta Kaladuwanaanshaha:

• Baadhitaanka DEG, Falanqaynta Xiriirka Xiriirka, Shaqadakobcinta;

•Natiijooyinka aragga oo kala duwan;

•RlaSegseq, Deseq2, gglot2, Dexseq

Qoraal ka warbixineya

1. Kim, Dahwan et al. "Isku-darka Graff-Sing-Singenment iyoGenotping oo ay la galeen Eebat2 iyo heisat-Genotepe. "DabiiciBayoolajiyad37 (2019): 907 - 915.

2. McKenna, Aaron et al. "Fannaaniinta Genome Toolkit: aQaab-dhismeedka Qaab-dhismeedka ee Falanqaynta DNA-daXogta taxanaha ah. "Daraasad Genome20 9 (2010): 1297-303.

3. Li, Heng et al. Nidaamka isku xigxiga / qaabayntaSamTools. "Bioinformatics25 (2009): 2078 - 2079.

4. Perea, Mihaeli et al. "Stringtie waxay awood u siineysaa hagaajintaDib-u-dhiska shahaadada transcritome ee ka soo baxa RNA-Seq akhriska. "DabiiciBayoolajiyad33 (2015): 290-295.

5. Jacaylka, Michael I. et al. Qiyaasida dhexdhexaadka ah ee isbedelka isku-darka iyoKala-soocidda RNA-SEQ xogta oo leh deseq2. "Miro dhadhaminCilmi barasho nafley15 (2014): n. pag.

6. Eddy, Sean rSaxarid Bayoolaji xisaabinta7 (2011): n. pag.

MRNA-SEQ (NGS) oo tixraacaya Genome

MRNA-SEQ (NGS) oo tixraacaya Genome

hel xigasho

Farriintaada noo soo dir: