BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome
BMKMANU S1000 Nidaamka Farsamada ee Farsamada Qoraalka
Astaamaha
● Qaraarka: 5 µM
● Dhexroorka Goobta: 2.5 µM
● Tirada dhibcaha: ku dhawaad 2 Milyan
● 3 qaab oo suurtogal ah in la qabto: 6.8 mm * 6.8 mm, 11 mm * 11 mm or 15 mm * 20 mm
● Kuul kasta oo bakood leh waxa lagu raray asal-raacyo ka kooban 4 qaybood:
dabada poly(dT) ee mRNA priming iyo cDNA synthesis
Aqoonsiga Molecular Unique (UMI) si loo saxo eexda
Barcode meel bannaan ah
Isku-xigta isku-xiran ee akhrinta qayb ahaan 1 tix-raac ee aasaasiga ah
● H&E iyo midabaynta qaybaha
● Suurtagalnimada isticmaalkatignoolajiyada kala qaybinta unugyada: is dhexgalka H&E midabaynta, midabaynta fluorescent, iyo taxanaha RNA si loo go'aamiyo xudduudaha unug kasta oo si sax ah loogu qoondeeyo muujinta hiddaha unug kasta.
Faa'iidooyinka BMKMANU S1000
●Qaraarka gacanta-hoosaadkaAag kasta oo la qabto waxa uu ka kooban yahay>2 milyan oo Barcoded Barcoded ah oo leh dhexroor 2.5 µm iyo fogaan ah 5 µm inta u dhaxaysa xarumaha boosaska, taas oo awood u siinaysa falanqaynta qoraallada boosaska leh xallinta gacanta-hoosaadka (5 µm).
●Falanqaynta xallinta heerar badan:Falanqaynta heerar badan oo dabacsan oo u dhaxaysa 100 μm ilaa 5 μm si loo xalliyo sifooyinka unugyada kala duwan ee xallinta ugu fiican.
●Suurtagalnimada in la isticmaalo "Saddex sawir" Tignoolajiyada Kala Qaybinta Unugyada:Isku darka midabaynta fluorescence, midabaynta H&E, iyo isku xigxiga RNA ee hal sawir, falanqaynteena "saddex-in-mid" algorithmism waxay awood u siinaysaa aqoonsiga xuduudaha unugyada ee qoraalada unugyada ku salaysan ee xiga.
●La jaanqaadi kara Platforms Taxane Badan: Labada NGS iyo isku xigxiga akhris dheer labadaba waa la heli karaa.
●Naqshada dabacsan ee 1-8 Aagga Qabsashada Firfircoon: Baaxadda aagga qabashadu waa dabacsanaan, iyadoo ay suurtagal tahay in la isticmaalo 3 qaab (6.8 mm * 6.8 mm., 11 mm * 11 mm and 15 mm * 20 mm)
●Adeeg hal joogsi ah: Waxa ay midaysaa dhammaan waayo-aragnimada iyo tillaabooyinka ku salaysan xirfadda, oo ay ku jiraan qaybta cryo-sectioning, wasakhaynta, hagaajinta unugyada, barcodeing meel bannaan, diyaarinta maktabadda, taxane, iyo bioinformatics.
●Bioinformatics Dhameystiran iyo Aragtida Natiijooyinka Saaxiibtinimada Isticmaalaha:xirmada waxaa ku jira 29 falanqayn iyo 100+ tirooyin tayo sare leh, oo ay weheliso adeegsiga software-ka gudaha ee la sameeyay si loo sawiro oo loo habeeyo kala-goynta unugyada iyo boos ururinta.
●Falanqaynta Xogta La Habeeyay iyo Muuqaal: diyaar u ah codsiyada cilmi-baarista ee kala duwan
●Kooxda Farsamada ee Xirfadda sare leh: khibrad u leh in ka badan 250 nooc oo unug ah iyo 100+ nooc oo ay ku jiraan aadanaha, jiirka, naasleyda, kalluunka iyo dhirta.
●Cusbooneysiinta waqtiga-dhabta ah ee Mashruuca oo dhan: iyadoo si buuxda loo xakameynayo horumarka tijaabada ah.
●Falanqaynta Wadajirka Ikhtiyaarka leh ee Hal-unugyada mRNA isku xigxiga
Tilmaamaha Adeegga
|
Tusaale Shuruudaha
| Maktabadda |
Istaraatiijiyada isku xigxiga
| Xogta lagu taliyay | Xakamaynta tayada |
| Saamballada cryo-ku-xidhan ee OCT, 3 baloog muunadkiiba | S1000 cDNA maktabadda | Illumina PE150 (Meelaha kale ee la heli karo) | 100k PE ayaa akhriya 100 uM (60-150 Gb) | RIN>7 |
Faahfaahin dheeraad ah oo ku saabsan hagida diyaarinta muunada iyo socodka shaqada, fadlan xor u noqo inaad la hadasho aKhabiir BMKGENE
Socodka Shaqada Adeegga
Marxaladda diyaarinta muunada, tijaabada soo saarista RNA ee bilowga ah ayaa la sameeyaa si loo hubiyo in RNA tayo sare leh la heli karo. Marxaladda hagaajinta nudaha qaybuhu waa la wasakheeyey oo la arkay, waxaana la hagaajiyey xaaladaha ka-soo-baxa ee mRNA laga sii daayo nudaha. Hab-maamuuska la hagaajiyay ayaa markaa lagu dabaqaa inta lagu jiro dhismaha maktabadda, oo ay ku xigto taxane iyo falanqaynta xogta.
Socodka shaqada ee dhamaystiran waxa ku lug leh cusboonaysiinta wakhtiga-dhabta ah iyo xaqiijinta macmiilka si loo ilaaliyo wareegga jawaab celinta jawaab celinta, hubinta fulinta mashruuca.
Xogta ay soo saartay BMKMANU S1000 waxaa lagu falanqeeyay iyadoo la isticmaalayo software-ka "BSTMatrix", kaas oo ay si madax-banaan u nashqadeeyeen BMKGENE, soo saarista Gene Expression Matrix. Halkaa, warbixin caadi ah ayaa laga soo saaray oo ay ku jiraan ilaalinta tayada xogta, falanqaynta muunada gudaha iyo falanqaynta kooxaha dhexdooda.
● Xakamaynta tayada xogta:
Soo saarista xogta iyo qaybinta dhibcaha tayada
Helitaanka hidda-wadaha halkii goobba
Daboolista unugyada
● Falanqaynta muunada gudaha:
Qaninimada hidda
Meel ururinta, oo ay ku jirto falanqaynta cabbirka oo la dhimay
Falanqaynta muujinta kala gedisan ee u dhaxaysa rucubyada: aqoonsiga hiddo-wadaha calaamadeeyaha
Tilmaanta shaqaynaysa iyo kobcinta hiddo-wadaha calaamadeeyayaasha
● Falanqaynta kooxaha dhexdooda:
Dib-u-isku-darka dhibcaha labada shayba (tusaale buka iyo xakamaynta) iyo dib-u-ururinta
Aqoonsiga hidda-socodka calaamadeeyaha koox kasta
Tilmaanta shaqaynaysa iyo kobcinta hiddo-wadaha calaamadeeyayaasha
Muujinta kala duwanaanshaha koox isku mid ah oo u dhexeeya kooxaha
Intaa waxaa dheer, BMKGENE waxay horumarisay "BSTViewer" waa qalab saaxiibtinimo ku habboon isticmaalaha kaas oo awood u siinaya isticmaaluhu inuu sawiro muujinta hidda-wadaha iyo meelaynta meelaynta xalal kala duwan.
BMKGene waxay soo saartay software loogu talagalay isticmaalayaasha aragga saaxiibtinimo
BSTViewer boos ururinta ee xallinta heerar badan
BSTCellViewer: Unugyada tooska ah iyo kuwa gacanta
Falanqaynta muunada gudaha
Meel kooxeedka:
Aqoonsiga hiddo-wadaha calaamadeeyaha iyo qaybinta meelaha:
Falanqaynta kooxaha dhexdooda
Isku darka xogta labada kooxood iyo dib-u-kutlada:
Hidde-sideyaasha kooxaha cusub:
Ku baadh horumarka ay fududaysay BMKGene's transcriptomics spatial transcriptomics tignoolajiyada BMKManu S1000 ee daabacaadan sifaysan:
Hees, X. iyo al. (2023) 'Transcriptomics Spatial transcriptomics' waxay daaha ka qaadaysaa unugyada chlorenchyma-ka-iftiinka ee ku lug leh kor u qaadida dib-u-soo-nooleynta toogashada ee callus-ka yaanyada',Talaabada Akademiyada Qaranka ee Sayniska ee Maraykanka, 120 (38), b. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
Adiga, Y. et al. (2023) 'Isbarbardhigga habaysan ee hababka transcriptomic ee ku salaysan isku xigxiga',bioRxiv, p. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
