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Faatusatusa Genomics
Fa'atusatusa genomics e aofia ai le su'esu'ega ma le fa'atusatusaga o fa'asologa atoa o le genome ma fausaga i ituaiga eseese. O lenei matā'upu e taumafai e fa'ailoa le fa'atuputeleina o ituaiga, fa'avasega galuega fa'atupu, ma fa'amalamalama le fa'atonuga fa'atulafonoina e ala i le fa'ailoaina o fa'asologa fa'asologa ma elemene e fa'asaoina pe 'ese'ese i meaola eseese. O se su'esu'ega fa'atusatusaga fa'atusatusaga fa'atusa e aofia ai su'esu'ega e pei o aiga gafa, atina'e fa'afuafua, fa'asologa atoa-genome fa'alua, ma le a'afiaga o a'afiaga filifilia.
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Evolutionary Genetics
O le faitau aofa'i ma le fa'atupuina o su'esu'ega fa'avae o lo'o fa'avaeina i luga o fa'avae o le tele o poto masani fa'aputuina i totonu o le BMK R&D team mo le tele o tausaga. Ose meafaigaluega fa'aoga fa'aoga aemaise lava mo tagata su'esu'e e le'o fa'amuamua i bioinformatics. O lenei faʻavae e mafai ai ona suʻesuʻeina faʻavae faʻavae evolutionary genetics e aofia ai le fausiaina o laʻau phylogenetic, suʻesuʻega o le tuʻufaʻatasiga, suʻesuʻega o kenera eseese, suʻesuʻega filifilia, suʻesuʻega o aiga, PCA, suʻesuʻega o le faitau aofaʻi, ma isi.
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Hi-C Fa'avae Genome Assembly
O le Hi-C o se metotia ua mamanuina e pu'eina ai le chromosome configuration e ala i le tu'ufa'atasia o le su'esu'eina o feso'ota'iga vavalalata ma le fa'asologa maualuga. O le malosi o nei fegalegaleaiga e talitonuina e le lelei le fesoʻotaʻiga ma le mamao faaletino i chromosomes. O le mea lea, o faʻamatalaga Hi-C e faʻaaogaina e taʻitaʻia ai le faʻapipiʻiina, faʻatonu, ma le faʻatulagaina o faʻasologa faʻapipiʻi i se ata faʻataʻitaʻiga ma faʻapipiʻiina i luga o se numera o chromosomes. O lenei tekonolosi e fa'amalosia ai se fa'apotopotoga o le genome-level chromosome i le leai o se fa'afanua fa'avae fa'atatau i tagata. O genome ta'itasi uma e mana'omia se Hi-C.
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La'au/Manu De Novo Genome Sequencing
De Novofa'asologa o lo'o fa'atatau i le fausiaina o se ituaiga 'genome atoa e fa'aaoga ai tekinolosi fa'asologa i le leai o se genome fa'asino. O le folasaga ma le lautele o le faʻaaogaina o le faʻasologa o augatupulaga lona tolu, e faʻaalia ai le umi o faitauga, ua matua faʻaleleia atili ai le genome faʻapotopotoga e ala i le faʻateleina o le faʻaogaina i le va o faitauga. O lenei faʻaleleia e sili ona taua pe a feagai ma genomes luʻitau, e pei oi latou o loʻo faʻaalia le maualuga o le heterozygosity, maualuga maualuga o itulagi toe fai, polyploids, ma itulagi o loʻo i ai elemene faifaipea, mea e le masani ai GC, poʻo le lavelave maualuga e masani ona le lelei le faʻapipiʻiina e faʻaaoga ai le faʻasologa o faitauga pupuu. toatasi.
O la matou fofo e tasi e tu'uina atu auaunaga tu'ufa'atasiga fa'asologa ma su'esu'ega o le bioinformatic lea e tu'uina atu ai se genome tu'ufa'atasia maualuga de novo. O se suʻesuʻega muamua o le genome ma Illumina e maua ai faʻatusatusaga o le genome tele ma le lavelave, ma o lenei faʻamatalaga e faʻaaogaina e taʻitaʻia ai le isi laasaga o le umi-faitau faʻasologa ma PacBio HiFi, sosoo ai ma leo le foupotopotoga o contigs. O le fa'aogaina mulimuli ane o le fa'apotopotoga o le HiC e mafai ai ona fa'amauina fa'atasiga i le genome, ma maua ai se fa'apotopotoga maualuga o le chromosome. Ma le mea mulimuli, o le genome e faʻamatalaina e ala i le vaʻaiga o kenera ma e ala i le faʻasologaina o kenera faʻaalia, faʻaoga i tusitusiga faʻatasi ma faitau pupuu ma umi.
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Fa'asologa o Exome Atoa a le Tagata
O le Human Whole exome sequencing (hWES) ua lauiloa lautele o se faiga fa'asologa e taugofie ma malosi mo le fa'ailoaina o suiga e mafua ai fa'ama'i. E ui lava ina na'o le 1.7% o le genome atoa, e taua tele le sao o le exons e ala i le atagia sa'o o le talaaga o galuega uma o porotini. Aemaise lava, i le genome o le tagata, e sili atu i le 85% o suiga e fesoʻotaʻi ma faʻamaʻi o loʻo faʻaalia i totonu ole vaega ole polotini. BMKGENE ofo atu se auaunaga atoatoa ma fetuutuuna'i tagata fa'asologa fa'asologa fa'atasi ma ni auala eseese e lua e pu'eina ai avanoa e fa'afetaui ai sini su'esu'e eseese.
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Fa'asologa o Vaega Fa'aopoopo Fa'apitoa-Locus (SLAF-Seq)
Ole genotyping maualuga, aemaise ile faitau aofa'i o tagata, o se la'asaga taua lea i su'esu'ega fa'a-fa'atasiga ma maua ai se fa'avae fa'avae mo le su'esu'eina o ga'o galue, su'esu'ega evolusione, ma isi.Fa'aitiitiga Fa'atusa Genome Sequencing (RRGS)e masani ona fa'afaigaluegaina i nei su'esu'ega e fa'aiti'itia ai le fa'asologa o tau i fa'ata'ita'iga a'o fa'atumauina le talafeagai lelei ile su'esu'eina o fa'ailoga fa'atusa. E ausia e le RRGS lenei mea e ala i le faʻaogaina o DNA faʻatasi ai ma enzymes faʻatapulaʻaina ma taulaʻi i se vaega faʻapitoa o le vaega, ma faʻasolosolo ai naʻo se vaega o le genome. Faatasi ai ma auala eseese RRGS, Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF) o se auala faʻapitoa ma maualuga. O lenei metotia, na atiaʻe tutoʻatasi e BMKGene, faʻamalieina le faʻatapulaʻaina enzyme seti mo galuega uma. O lenei mea e faʻamautinoa ai le faʻatupuina o se numera tele o faʻailoga SLAF (400-500 bps itulagi o le genome o loʻo faʻasolosolo) o loʻo tufatufaina tutusa i le genome aʻo aloese mai le faʻaogaina o itulagi toe fai, ma faʻamautinoa ai le mauaina o faʻailoga sili ona lelei.
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Illumina faletusi na faia muamua
Illumina sequencing technology, fa'avae i le Sequencing by Synthesis (SBS), o se fa'afouga a le NGS i le lalolagi atoa, e nafa ma le fa'atupuina o le 90% o fa'amaumauga fa'asologa o le lalolagi. O le mataupu faavae o le SBS e aofia ai ata fa'ailoga fa'aigoa fa'alelei toe fa'afo'i a'o fa'aopoopo i ai le dNTP ta'itasi, ma soso'o ai loa ona fa'ataga e fa'ataga ai le tu'ufa'atasia o le isi fa'avae. Faatasi ai ma dNTPs uma e fa e mafai ona toe fa'afo'isia fa'amaufa'atasi o lo'o iai i ta'amilosaga fa'asologa ta'itasi, o tauvaga fa'anatura e fa'aitiitia ai le fa'aituau fa'atasi. O lenei tekinolosi fa'apitoa e lagolagoina uma faletusi e tasi-faitau ma fa'alua-i'uga, fa'amalieina le tele o fa'aoga genomic. Ole fa'asologa o le Illumina e mafai ona fa'aogaina ma le sa'o o lo'o fa'atulagaina e fai ma maatulimanu ile su'esu'ega genomics, fa'amalosia le au saienitisi e fa'ailoa le lavelave o genomes ma fa'amatalaga e le mafaatusalia ma le lelei.
O la matou 'au'aunaga fa'asologa o faletusi e mafai ai e tagata fa'atau ona saunia le fa'asologa o faletusi mai fa'apogai eseese (mRNA, genome atoa, amplicon, 10x faletusi, ma isi). Mulimuli ane, o nei faletusi e mafai ona lafo i o tatou nofoaga autu mo le pulea lelei ma le faʻasologa i Illumina platforms.
