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Metagenomic Sequencing -NGS
O le metagenome o se fa'aputuga o le aofa'i o mea fa'atupu o se fa'alapotopotoga fefiloi o meaola, e pei o metagenomes o le si'osi'omaga ma tagata. O lo'o iai genomes o meaola ninii e mafai ona fa'ato'aina ma mea e le mafai ona fa'ato'aina. Shotgun metagenomic sequencing ma NGS e mafai ai ona suʻesuʻeina nei laufanua faʻatupu faʻamaʻi faʻapipiʻi i totonu o faʻataʻitaʻiga o le siʻosiʻomaga e ala i le tuʻuina atu o le sili atu nai lo le faʻavasegaina o lafoga, e tuʻuina atu ai foʻi faʻamatalaga manino i ituaiga eseese, faʻateleina dynamics, ma fausaga faʻalavelave faitau aofaʻi. I tua atu o su'esu'ega fa'aletupe, fa'apena metagenomics o lo'o ofoina mai ai fo'i se va'aiga genomics fa'atino, e mafai ai ona su'esu'eina genes ua fa'asalaina ma a latou matafaioi fa'atatau i faiga fa'alesiosiomaga. Mulimuli ane, o le fa'avaeina o feso'ota'iga feso'ota'iga i le va o elemene kenera ma mea tau si'osi'omaga e saofagā i se malamalama'aga atoa o le feso'ota'iga lavelave i le va o nu'u microbial ma o latou si'osi'omaga. I le faaiuga, o le metagenomic sequencing e tu o se meafaigaluega taua mo le tatalaina o le genomic intricacies o microbial community eseese, faʻamalamalamaina le tele o fesoʻotaʻiga i le va o genetics ma le siʻosiʻomaga i totonu o nei faʻalavelave faʻanatura.
Tulaga: Illumina NovaSeq ma DNBSEQ-T7
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Metagenomic Sequencing-TGS
O le metagenome o se fa'aputuga o mea fa'atupu o se fa'alapotopotoga fefiloi o meaola, e pei o metagenomes o le si'osi'omaga ma tagata. O lo'o iai genomes o meaola ninii e mafai ona fa'ato'aina ma mea e le mafai ona fa'ato'aina. Metagenomic sequencing e mafai ai ona suʻesuʻeina nei laufanua faʻatupu faʻamaʻi faʻapipiʻi i totonu o faʻataʻitaʻiga o le siʻosiʻomaga e ala i le tuʻuina atu e sili atu nai lo le faʻavasegaina o lafoga. O lo'o tu'uina atu ai fo'i se va'aiga genomics fa'atino e ala i le su'esu'eina o kenele fa'ailoga ma a latou matafaioi fa'atatau i faiga fa'alesiosiomaga. A'o fa'aoga lautele fana fana fa'atasi ma le fa'asologa o Illumina i su'esu'ega metagenomic, o le o'o mai o Nanopore ma PacBio ua leva ona faitau fa'asologa ua suia ai le fanua. Nanopore ma PacBio tekinolosi faʻaleleia atili suʻesuʻega bioinformatic i lalo, aemaise lava metagenome faʻapotopotoga, faʻamautinoa le tele o faʻapotopotoga faʻaauau. O lipoti o loʻo faʻaalia ai o le Nanopore-based ma PacBio-based metagenomics ua faʻataunuʻuina ma le manuia genomes siama atoatoa ma tapunia mai microbiomes lavelave (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). O le tuʻufaʻatasia o le Nanopore faitau ma le Illumina faitau e maua ai se auala faʻapitoa mo le faʻasaʻoina o mea sese, faʻaitiitia le saʻo maualalo a Nanopore. O lenei tu'ufa'atasiga tu'ufa'atasiga e fa'aogaina ai le malosi o fa'asologa fa'asologa ta'itasi, e ofoina atu ai se fofo malosi e fa'ato'ilalo ai tapula'a fa'aletonu ma fa'alauteleina le sa'o ma le fa'amaoni o su'esu'ega metagenomic.
Platform: Nanopore PromethION 48, Illumia ma PacBio Revio
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Fa'asologa atoa o le genome bisulfite (WGBS)
O le Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) o loʻo tu e pei o le faʻataʻitaʻiga auro mo suʻesuʻega loloto o le DNA methylation, aemaise o le tulaga lona lima i le cytosine (5-mC), o se faʻatonuga taua o le faʻaaliga o kene ma gaioiga feaveaʻi. O le mataupu faavae o le WGBS e aofia ai togafitiga bisulfite, faʻaosofia le liua o cytosines unmethylated i le uracil (C i U), ae tuʻu le methylated cytosines e le suia. O lenei metotia e ofoina atu ai le iugafono e tasi, e mafai ai e tagata suʻesuʻe ona suʻesuʻe atoatoa le methylome ma faʻaalia ai faʻasologa o le methylation e le masani ai e fesoʻotaʻi ma tulaga eseese, aemaise lava le kanesa. E ala i le fa'aaogaina o le WGBS, e mafai ai e saienitisi ona maua ni fa'amatalaga e le mafaatusalia i le genome-wide methylation landscapes, ma maua ai se malamalamaga fa'apitoa i le epigenetic mechanisms e fa'avaeina ai le tele o gaioiga fa'aletino ma fa'ama'i.
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Su'esu'ega mo le Transposase-Accessible Chromatin fa'atasi ai ma le fa'asologa maualuga (ATAC-seq)
ATAC-seq ose metotia fa'asologa maualuga e fa'aaogaina mo su'esu'ega fa'aogaina o le chromatin lautele. O loʻo faʻaaogaina e maua ai le malamalama loloto i le faʻalavelave faʻalavelave o le pulea epigenetic lalolagi i luga o faʻamatalaga o kenera. O le auala e fa'aogaina ai le Tn5 transposase e fa'atosina e fa'amavae ma fa'ailoga vaega o chromatin tatala e ala i le fa'aofiina o mea fa'asologa fa'asologa. O le fa'alauteleina o le PCR mulimuli ane e i'u ai i le fausiaina o se faletusi fa'asologa, lea e mafai ai ona fa'amaonia atoatoa vaega o le chromatin tatala i lalo o tulaga fa'apitoa avanoa-taimi. ATAC-seq e maua ai se vaaiga atoa o laufanua chromatin e mafai ona maua, e le pei o metotia e naʻo le taulaʻi i luga o nofoaga faʻapipiʻi faʻamaufaʻailoga poʻo ni vaega faʻapitoa faʻasologa o talafaasolopito. E ala i le fa'avasegaina o nei vaega chromatin tatala, ATAC-seq e fa'aalia ai itulagi e sili atu ona fa'agaoioia fa'atonuga fa'atonu ma nofoaga e mafai ona fa'amauina ai mea e mafai ona fa'aliliuina, e ofoina atu ai fa'amatalaga taua i le fa'aogaina o le fa'aaliga o gene i luga o le genome.
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16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
O kenera 16S ma le 18S rRNA, fa'atasi ai ma le Internal Transcribed Spacer (ITS), e fai ma fa'ailoga mole mole mole mole fa'amau ona o lo latou tu'ufa'atasiga o itulagi e sili ona fa'asao ma hyper-suia, ma avea ai i latou ma meafaigaluega taua mo le fa'avasegaina o meaola prokaryotic ma eukaryotic. O le fa'alauteleina ma le fa'asologa o nei itulagi e ofoina atu ai se auala e leai se tu'ufua mo le su'esu'eina o le tu'ufa'atasiga o meaola ninii ma le 'ese'ese i fa'alapotopotoga fa'anatura eseese. E ui o le fa'asologa o le Illumina e masani lava ona fa'atatau i vaega pu'upu'u va'aia e pei o le V3-V4 o le 16S ma le ITS1, ua fa'aalia e mafai ona maua fa'amatalaga sili atu i lafoga e ala i le fa'asologa o le umi atoa o le 16S, 18S, ma le ITS. O lenei faiga fa'apitoa e maua ai le maualuga o pasene o fa'asologa sa'o fa'avasegaina, ausia ai se tulaga o fa'ai'uga e fa'alautele atu i le fa'ailoaina o ituaiga. O lo'o tu'u ese le fa'asologa o fa'asologa mo le Taimi Tu'atasi (SMRT) a PacBio e ala i le tu'uina atu o fa'amatalaga umi umi (HiFi) e fa'apipi'i ai fa'aupuga umi-umi, fa'atusa i le sa'o o le fa'asologa o le Illumina. O lenei gafatia e mafai ai e tagata suʻesuʻe ona maua se avanoa e le mafaatusalia - o se vaʻaiga mataʻutia o le faʻafanua. O le fa'alauteleina o fa'asalalauga e matua fa'asilisiliina ai le fa'ai'uga i fa'amatalaga o ituaiga, aemaise i totonu o nu'u fa'ama'i po'o fa'ama'i, e mafai ai ona malamalama atili i le lavelave o le faitau aofa'i o microbial.
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16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Amplicon sequencing ma le tekinolosi Illumina, faʻapitoa faʻatatau i le 16S, 18S, ma le ITS faʻailoga, o se auala mamana mo le faʻamalamalamaina o le filogeny, taxonomy, ma le tele o ituaiga i totonu o microbial community. O lenei faiga e a'afia ai le fa'avasegaina o vaega e mafai ona fesuia'i o fa'ailoga fa'a kenera. Muamua na fa'aofiina ose molecular fingerprint eWoeses et ali le 1977, o lenei metotia ua suia ai le microbiome profiling e ala i le faʻatagaina o suʻesuʻega e leai se totogi. E ala i le fa'asologa o le 16S (bacteria), 18S (fungi), ma le Internal Transcribed Spacer (ITS, fungi), e mafai e tagata su'esu'e ona iloa e le gata i le tele o ituaiga ae o ni mea e seasea ma le iloa. Fa'aaoga lautele e avea o se meafaigaluega taua, amplicon sequencing ua avea ma meafaigaluega e iloatino ai eseesega microbial fatuga i siosiomaga eseese, e aofia ai le gutu o le tagata, inumaga, nofoa, ma tua atu.
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Fa'asologa o Genome Atoa Fa'ama'i ma Fungal
Poloketi toe fa'asolosolo fa'asologa o siama ma fungal e taua tele mo le fa'alauteleina o genomics microbial e ala i le mafai ona fa'amae'aina ma fa'atusatusaga o genom microbial. Ole mea lea e fa'afaigofieina ai le fa'ainisinia fa'apa'u, le fa'asilisiliina ole faiga ole alamanuia, ma le su'esu'eina ole auala lona lua ole metabolism. E le gata i lea, e taua tele le toe faʻasologa o siama ma siama mo le malamalama i fetuunaiga o le siʻosiʻomaga, faʻamalieina o faʻalavelave, ma faʻaalia le malosi o le evolusione, faʻatasi ai ma le lautele o aʻafiaga i vailaʻau, faʻatoʻaga, ma le siosiomaga faasaienisi.
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PacBio-Umi atoa 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing
Amplicon (16S / 18S / ITS) faʻavae ua atiaʻe ma tausaga o le poto masani i suʻesuʻega faʻavae microbial diversity, lea e aofia ai suʻesuʻega faʻapitoa ma auʻiliʻiliga faʻapitoa: auʻiliʻiliga faʻavae e aofia ai le auʻiliʻiliga autu o suʻesuʻega microbial o loʻo i ai nei, o le auʻiliʻiliga o mea e tamaoaiga ma atoatoa, ma fa'ai'uga au'ili'ili o lo'o tu'uina atu ile tulaga o lipoti o poloketi; O le anotusi o au'ili'iliga fa'apitoa e 'ese'ese. E mafai ona filifilia faʻataʻitaʻiga ma faʻamaufaʻailoga e mafai ona faʻatulagaina fetuutuunai e tusa ai ma le lipoti o suʻesuʻega autu ma le faʻamoemoega o suʻesuʻega, e iloa ai manaʻoga faʻapitoa. Windows operating system, faigofie ma vave.
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PacBio-Full-length Transcriptome (Leai Fa'asinoga)
Avea fa'amaumauga ole fa'asologa o le Pacific Biosciences (PacBio) Isoform e fai ma fa'aoga, e mafai e lenei App ona fa'ailoa fa'asologa fa'asologa atoa (e aunoa ma se fa'apotopotoga). E ala i le fa'avasegaina o fa'asologa atoa e fa'asaga i le genome fa'asinomaga, e mafai ona fa'amaninoina tusitusiga e genes ua iloa, transcripts, coding regions, ma isi. I lenei tulaga, e sili atu le fa'amaoniaina o fausaga mRNA, e pei o isi splicing, ma isi, e mafai ona ausia. O su'esu'ega fa'atasi ma fa'amaumauga fa'asologa fa'asologa o le NGS e mafai ai ona sili atu fa'amatalaga fa'amatalaga ma sili atu le sa'o fa'atatau i fa'amatalaga i le tulaga fa'amaumauga, lea e tele fa'amanuiaga fa'aaliga fa'a-va'e ma su'esu'ega fa'atino.
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Fa'aitiitiga Fa'atusa o le Bisulfite Sequencing (RRBS)
Fa'aititia le Fa'asologa o le Bisulfite Sequencing (RRBS) ua tula'i mai e avea o se fa'aoga taugofie ma le lelei i le Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) i su'esu'ega DNA methylation. Aʻo tuʻuina atu e le WGBS faʻamatalaga manino e ala i le suʻesuʻeina o le genome atoa i le faʻavae e tasi, o lona tau maualuga e mafai ona avea ma mea faʻatapulaʻa. O le RRBS e faʻaitiitia ai lenei luʻitau e ala i le faʻavasegaina o se vaega sui o le genome. O lenei metotia e fa'alagolago i le fa'atamaoaigaina o le CpG i le motu-oa'oa e ala i le MspI cleavage soso'o ai ma le lapopo'a filifilia o vaega 200-500/600 bps. O le mea la lea, e na'o itulagi e lata ane i motu CpG e fa'asologa, a'o i latou e mamao atu motu CpG e le o aofia i le su'esu'ega. O lenei faagasologa, faʻatasi ma le bisulfite sequencing, e mafai ai ona maua le maualuga o le suʻesuʻeina o le DNA methylation, ma le faʻasologa o le auala, PE150, e taulaʻi faʻapitoa i pito o faʻapipiʻi nai lo le ogatotonu, faʻateleina le lelei o le methylation profiling. O le RRBS o se meafaigaluega taua tele e mafai ai ona taugofie suʻesuʻega DNA methylation ma faʻalauteleina le malamalama o masini epigenetic.
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Prokaryotic RNA Sequencing
O le fa'asologa o le RNA e fa'amalosia ai le fa'avasegaina atoatoa o fa'amaumauga uma a le RNA i totonu o sela i lalo o tulaga fa'apitoa. O lenei tekonolosi fa'aonaponei e avea o se meafaigaluega malosi, fa'aalia fa'amatalaga lavelave fa'aaliga o kenera, fausaga o kenera, ma masini mole mole e feso'ota'i ma faiga fa'aola eseese. Fa'aaoga lautele i su'esu'ega fa'avae, su'esu'ega fa'afoma'i, ma le atina'eina o vaila'au, fa'asologa o le RNA e maua ai fa'amatalaga i le lavelave o le fa'aogaina o le telefoni feavea'i ma le fa'atonutonuina o kenera. O la matou fa'ata'ita'iga fa'ata'ita'iga o le prokaryotic RNA ua fa'atulagaina mo transcriptomes prokaryotic, e aofia ai le fa'aitiitiga o le rRNA ma le sauniaina o le faletusi.
Fa'avae: Illumina NovaSeq
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Metatranscriptome Sequencing
O le fa'aogaina o tekinolosi fa'asologa o le Illumina, o le metatranscriptome sequencing service a le BMKGENE ua fa'aalia ai le fa'aaliaina o kenera malosi o le tele o microbes, e fa'asolo atu eukaryotes i prokaryotes ma siama, i totonu o si'osi'omaga fa'anatura e pei o le palapala, vai, sami, nofoa, ma le gutu. O la matou 'au'aunaga atoatoa e fa'amalosia ai le au su'esu'e e su'esu'e i fa'amatalaga fa'amatalaga fa'amatalaga o kenera lavelave lavelave a nu'u. I tua atu o su'esu'ega fa'aletupe, o la matou 'au'aunaga fa'asologa metatranscriptome e fa'afaigofie ai le su'esu'eina i le fa'atamaoaigaina o galuega, fa'amalamalamaina o kenera fa'aalia eseese ma a latou matafaioi. Su'esu'e le tele o fa'amatalaga fa'ale-ola a'o e fa'atautaia laufanua lavelave o fa'amatalaga o kenera, eseesega o lafoga, ma fa'agaioiga fa'agaioiga i totonu o nei fa'ailoga eseese o le si'osi'omaga.
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De novo Fungal Genome Assembly
BMKGENE ofo atu fofo eseese mo genomes fungal, fa'amalieina mana'oga su'esu'e eseese ma mana'omia genome atoatoa. O le fa'aaogaina na'o le fa'asologa o le Illumina e mafai ai ona fa'atupuina se fa'ata'ita'iga o le genome. Faitau pupuu ma umi-faitau fa'asologa e fa'aaoga ai Nanopore po'o Pacbio e tu'ufa'atasia mo se fa'ama'i fa'ama'i fa'ama'i fa'ama'i fa'atasi ma fa'aputuga umi. E le gata i lea, o le tuʻufaʻatasia o le faʻasologa o le Hi-C e faʻaleleia atili ai le gafatia, e mafai ai ona maua le genome atoa o le chromosome-level.
