GENOME EVOLUTION, PANGENOME
O le a le Pan-genome?
O fa'amaumauga fa'aputu'e ua fa'aalia ai o le eseesega i le va o ituaiga eseese o se ituaiga e mafai ona tele. E tasi le genome tasi e le lava e maua ai le ata atoa o faʻamatalaga faʻasologa o se ituaiga e tasi. O le fa'amoemoe o le su'esu'ega a le Pan-genome o le maua lea o se kalafi sili atu ona malamalama o se ituaiga ma fa'avasegaina sootaga i le va o uiga ma fa'asologa o kenera e ala i le fa'atautaia o le genome de novo fa'apotopotoga o le tele o galu, lea e mafai ai ona fa'aogaina le loloto ma le lautele o suiga.
Tulaga o su'esu'ega Pan-genome
Ata 1 Fa'asologa o pepa su'esu'e lomia o Pan-genome.
Manatua: O le ata o loʻo faʻaalia ai le iʻuga o le faʻaaogaina o le "pan-genome" e fai ma upu autu e suʻe ai ulutala o tala faʻasalalau i le Nature, Cell and Science series journals
a. Faitau mai le tele o faʻataʻitaʻiga e faʻaoga i se faʻamatalaga ma o mea e le faʻaogaina o loʻo tuʻufaʻatasia i tala fou. E ala i le fa'aopoopoina o nei tala fou i le fa'asologa o fa'asologa muamua, e mafai ai ona fausia se fa'asinomaga pangenome. O itulagi fa'asa'o e fa'atatau ile fa'afanua o faitau uma i tua ile pangenome.
e. De novo fa'apotopotoga o genomes o le tele o fa'atasiga e fa'atagaina ai le fa'aogaina o le genome atoa e fa'ailoa ai vaega fa'atosina e mafai ona tu'uina atu.
i. E mafai ona fausia se kalafi pan-genome mai fa'asologa atoa o le genome po'o le de novo graph assembly, lea e teu lelei ai fa'amatalaga eseese o itulagi tu'ufa'atasia o ni auala tulaga ese i le kalafi.
E faʻapefea ona fausia se Pan-genome?
Ata 2 Fa'atusatusaga o auala pan-genome1
a. Faitau mai le tele o faʻataʻitaʻiga e faʻaoga i se faʻamatalaga ma o mea e le faʻaogaina o loʻo tuʻufaʻatasia i tala fou. E ala i le fa'aopoopoina o nei tala fou i le fa'asologa o fa'asologa muamua, e mafai ai ona fausia se fa'asinomaga pangenome. O itulagi fa'asa'o e fa'atatau ile fa'afanua o faitau uma i tua ile pangenome.
e. De novo fa'apotopotoga o genomes o le tele o fa'atasiga e fa'atagaina ai le fa'aogaina o le genome atoa e fa'ailoa ai vaega fa'atosina e mafai ona tu'uina atu.
i. E mafai ona fausia se kalafi pan-genome mai fa'asologa atoa o le genome po'o le de novo graph assembly, lea e teu lelei ai fa'amatalaga eseese o itulagi tu'ufa'atasia o ni auala tulaga ese i le kalafi.
Fa'asalalau talu ai nei Pan-genomes
● Toso teine pan-genomes2
● Tomato pan-genomes 3
● Alaisa Pan -genome4
● Sunflower Pan-genome5
● Soya Pan-genome 6
● Rice Pan-genome7
● Barley Pan-genome8
● Wheat Pan-genome9
● Sorghum Pan-genome10
● Phytoplankton Pan-genome11
Fa'asinomaga
1. Bayer PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edwards D. Plant pan-genomes o le faʻamatalaga fou. La'au Nat. 2020;6(8):914-920. doi:10.1038/s41477-020-0733-0
2. Pese JM, Guan Z, Hu J, et al. E valu genomes maualuga o lo'o fa'aalia ai le fausaga o le pan-genome ma le fa'avasegaina o le si'osi'omaga o Brassica napus. La'au Nat. 2020;6(1):34-45. doi:10.1038/s41477-019-0577-7
3. Gao L, Gonda I, Sun H, et al. O le tamato pan-genome e fa'aalia ai kenera fou ma se allele e seasea fa'atonutonuina le tofo o fualaau'aina. Nat Genet. 2019;51(6):1044-1051. doi:10.1038/s41588-019-0410-2
4. Zhao Q, Feng Q, Lu H, et al. Pan-genome su'esu'ega o lo'o fa'ailoa mai ai le tele o suiga o le genomic i fa'ato'aga ma araisa vao [fa'asa'oga fa'asalalau o lo'o fa'aalia i le Nat Genet. 2018 Aukuso;50(8):1196]. Nat Genet. 2018;50(2):278-284. doi:10.1038/s41588-018-0041-z
5. Hübner S, Bercovich N, Todesco M, et al. Sunflower pan-genome su'esu'ega o lo'o fa'aalia ai o le tu'ufa'atasiga na suia ai le anotusi o kene ma le fa'ama'i. La'au Nat. 2019;5(1):54-62. doi:10.1038/s41477-018-0329-0
6. Liu Y, Du H, Li P, et al. Pan-Genome o Soya Vao ma Fa'ato'a. sela. 2020;182(1):162-176.e13. doi:10.1016/j.cell.2020.05.023
7. Qin P, Lu H, Du H, et al. Pan-genome su'esu'ega o le 33 fa'asologa o araisa fa'atupuina e fa'aalia ai suiga natia o le genomic [fa'asalalau i luga ole laiga a'o le'i lolomi, 2021 Me 25]. sela. 2021;S0092-8674(21)00581-X. doi:10.1016/j.cell.2021.04.046
8. Jayakodi M, Padmarasu S, Haberer G, et al. O le karite pan-genome e fa'aalia ai le talatuu natia o le fa'atupuina o suiga. natura. 2020;588(7837):284-289. doi:10.1038/s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S, Gao L, Monat C, et al. Ole tele o genom saito e fa'aalia ai suiga ole lalolagi ile fa'atupuina fa'aonaponei. natura. 2020;588(7837):277-283. doi:10.1038/s41586-020-2961-x
10. Tao Y, Luo H, Xu J, et al. Tele suiga i totonu o le pan-genome o sorghum totō ma vao [fa'asalalau i luga ole laiga a'o le'i lolomi, 2021 Me 20]. La'au Nat. 2021;10.1038 / s41477-021-00925-x. doi:10.1038/s41477-021-00925-x
11. Fan X, Qiu H, Han W, et al. O le Phytoplankton pangenome o lo'o fa'aalia ai le tele o ga'o fa'ata'atiaga fa'ata'atiaga fa'ata'atiaga o galuega eseese. Sci Adv. 2020;6(18):eaba0111. Lolomiina 2020 Aperila 29. doi:10.1126/sciadv.aba0111
Taimi meli: Ian-04-2022