GENOMIS TAGATA
natura genetics
Fa'asologa umi-faitau e iloa ai le GGC toe fa'alauteleina i le NOTCH2NLC e feso'ota'i ma fa'ama'i fa'ama'i fa'ama'i fa'ama'i.
ONT resequencing | Ilumina | Fa'asologa o le exome atoa | CRISPR-Cas9 ONT fa'atulagaina fa'asologa | RNA-seq | ONT 5mC methylation valaau
Fa'ailoga
1.E ala i Su'esu'ega So'oga i luga o se aiga tele NIID, e lua vaega feso'ota'i na iloa.
2. ONT-fa'avae umi-faitau fa'asologa ma Cas-9 fa'atamaoaigaina fa'atamaoaigaina ONT sequencing na maua ai se mafua'aga fa'atupu o le NIID, GGC toe fa'alautele fa'alautele i le 5′ UTR o le NOTCH2NLC. O lenei suʻesuʻega na lipotia ai le toe faʻalauteleina o kenera faʻapitoa a tagata mo le taimi muamua na faʻaalia e ala i faʻasologa o vaega.
3.RNA fa'asologa na fa'aalia ai fa'amatalaga fa'aletonu i le amataga po'o totonu ole GGC toe fa'alautele vaega ile NOTCH2NLC.
Talaaga
NEuronal intranuclear inclusion disease (NIID) o se faʻamaʻi faʻasolosolo ma mataʻutia neurodegenerative, lea e faʻaalia i le i ai o le eosinophilic hyaline intranuclear inclusions i totonugalemu ma le peripheral nervous system. O ana fa'aaliga fa'apitoa e fesuisuia'i e fa'atupula'ia ai le tele o faigata i su'esu'ega se'ia o'o i le fa'aofiina o le biopsy pa'u. Ae ui i lea, o metotia faʻavae faʻataʻitaʻi o loʻo mafatia pea i le faʻamaʻi sese, lea e manaʻomia ai se malamalamaaga faʻavae ole NIID.
Ausia
Su'esu'ega So'oga
Sfa'asologa fa'asolosolo fa'avae atoa genome sequencing (WGS) ma exome sequencing atoa (WES) na faia i luga o se aiga tele NIID (13 a'afia ma 7 tagata le afaina). O suʻesuʻega fesoʻotaʻiga i luga o SNPs na maua mai i nei faʻamatalaga na faʻaalia ai naʻo le lua itulagi fesoʻotaʻi: o le 3.5 Mb region i le 1p36.31-p36.22 (maximum LOD = 2.32) ma le 58.1 Mb region i le 1p22.1-q21.3 (maximum LOD: 4.21). ). Ae ui i lea, e leai ni SNP faʻamaʻi poʻo CNV na faʻaalia i nei itulagi fesoʻotaʻi.
GGC toe fai fa'alautelega ile NOTCH2NLC
Nanopore-based sequencing na faʻatautaia i luga o le 13 na aafia ma 4 tagata le aʻafia mai le 8 aiga (o le isi tagata na afaina na faʻasolosolo e Pacbio long read sequencing platform.). O faʻamaumauga umi-faitau na faʻaalia ai faʻamaʻi e fesoʻotaʻi ma le GGC toe faʻalauteleina i le 5' UTR o le NOTCH2NLC faʻafanua faʻafanua i le 58.1 Mb fesoʻotaʻi itulagi (Ata 1). O nei fa'aopoopoga fa'aopoopo na fa'ailoaina fo'i i mataupu uma e 40 NIID na fa'ata'ita'iina e le RP-PCR.
Cas-9 fa'asalalau fa'asologa fa'asologa i luga o le nanopore platform na fa'afaigaluegaina e ausia le maualuga o le faitau fa'asalalau ile NOTCH2NLC toe fai (100 X-1,795 X). O nei maliega autasi na ioe lelei ma suʻesuʻega muamua ile GGC toe faʻalauteleina. E le gata i lea, o le {(GGA)n (GGC)n}n toe fai na faailoaina o se faailoga o le kenera mo le vaivai-pulea phenotype (Ata 2).
Ata 1. Fa'ama'i fa'atupu fa'atupu fa'aopoopo fa'ailoa ile exon 1 ole NOTCH2NLC isoforms.
Ata 2. Fa'asologa o maliega o le NPTCH2NLC toe fai i tagata gasegase NIID ma (*) po'o le leai o se vaivaiga-pulea phenotype
NO kenera OTCH2NL o kenera e patino i tagata, lea e talitonuina e taua tele i le tuputupu aʻe o le faiʻai o le tagata ma faʻamaʻi neura. Ae ui i lea, e tolu ni kenera feso'ota'i NOTCH2 (NOTCH2NLA, NOTCH2NLB ma NOTCH2NLC) fa'atasi ai ma le 99.1% fa'asologa fa'asinomaga e le'i fo'ia se'ia o'o i le fa'apotopotoga fou o le genome tagata. O le fa'asologa e leai se fa'asologa ma le umi-faitau fa'asologa i luga o le nanopore platform ua fa'aalia ai tulaga lelei i le fo'ia o vaega e maualuga le tutusa ma (GGC)n toe fai i le 100% GC-oa'oa.
GGC toe fai fa'alautelega ile NOTCH2NLC
Transcriptome sequencing na faʻatautaia i luga o le 2 na aʻafia ma le 2 e leʻi aʻafia. O le loloto o le faitau masani na fa'atatauina i luga o manoa ma le antisense strands o lo'o i luga a'e o fa'auluuluga muamua ole NOTCH2NL paralogs. O tusitusiga e le masani ai e le masani ai na maua naʻo mataupu na aʻafia, lea e nofo i le amataga poʻo totonu o le faʻalauteleina o le itulagi (Purple peaks i F1-14 ma F1-16 i le Ata 3.). E le gata i lea, 54 DEGs na faʻamaonia ma na faʻatamaoaigaina uma i GO ma MPO faaupuga e fesoʻotaʻi ma galuega faʻaoga.
Ata 3. Fa'ata'atia le loloto o le faitau ile pito i luga ole fa'auluuluga muamua ole NOTCH2NLC ile tulaga e le'i a'afia (luga) ma a'afia (lalo).
Tekinolosi
Oxford Nanopore Teghnologies (ONT)
Nanopore sequencing e ese mai i isi tulaga fa'asologa, ona o nucleotides e faitau sa'o e aunoa ma le fa'asologa o DNA. A'o ui atu se manoa e tasi DNA i totonu o se pore porotini (nanopore), o nucleotides eseese e fa'atupuina ai ala fa'aioni eseese, lea e mafai ona pu'eina ma fa'aliliu atu i le fa'asologa o fa'avae. O le fa'asologa fa'asologa o le ONT lava ia e le fa'aalia le tapula'a fa'apitoa i le umi ole faitau DNA. O le mea lea, o le Ultra-long reads (ULRs) o loʻo avanoa mo faʻapotopotoga genome e maualuga le tulaga. E le gata i lea, o nei faitauga e matua umi lava, e lava le umi e sopoia ai foliga lavelave faʻasologa poʻo suiga faʻavae, e fesoasoani e foia tapulaʻa o le faʻasologa o faitauga pupuu iinei.
Nanopore sequencing
Fa'avasegaga o le fa'avasegaga (SV).
Sfa'asologa e leai se fa'asologa e fa'asaoina tele fa'amatalaga DNA methylation ile fa'ata'ita'iga. O le methylated A, T, C ma le G e fa'atupuina ai le ionic au mai le le-methylated, lea e mafai ona faitau sa'o e le tulaga. O le fa'asologa o Nanopore e fa'amalosia ai le fa'avasegaina o le genome atoa o le 5mC ma le 6mA ile fa'ai'uga tasi-nucleotide.
Fa'asinomaga
Jun Sone, ma. al. O le fa'asologa umi-faitau e iloa ai le GGC toe fa'alauteleina i le NOTCH2NLC e feso'ota'i ma fa'ama'i fa'ama'i fa'ama'i. Natura Genetics (2019)
Tekinolosi ma Fa'ailoga e fa'atatau i le fa'asoaina o fa'aoga manuia lata mai o fa'atekonolosi fa'asologa fa'asolosolo maualuga i malae su'esu'e 'ese'ese fa'apea fo'i manatu mananaia ile fa'ata'ita'iga fa'ata'ita'iga ma fa'amatalaga fa'amatalaga.
Taimi meli: Ian-06-2022