Faatusatusa Genomics
Tulaga Auaunaga
●Tomai Tele ma fa'amaumauga fa'asalalau: faʻatasi ai ma faʻaputuga, BMKGene ua maeʻa le sili atu i le 90 faʻatusatusaga faʻataʻitaʻiga genomics, faʻatasi ai ma le faʻaputuina o aʻafiaga o aʻafiaga na oʻo atu i le 900.
●Au'ili'iliga o bioinformatics: o le au'ili'ili afifi o lo'o i ai su'esu'ega e valu e masani ona mana'omia, e tu'uina atu ai fa'amaumauga ua saunia lelei e fa'asalalau ma fa'ataga ai se fa'amatalaga faigofie o taunu'uga.
●Au'au bioinformatics maualuga ma fa'ata'amiloga pu'upu'u: fa'atasi ai ma le poto masani i su'esu'ega genomics fa'atusatusa, o le 'au a le BMKGene e fa'ataunu'uina mana'oga su'esu'ega fa'apitoa i se taimi pu'upu'u.
●Lagolago ina ua uma ona faatau atu:O la matou tautinoga e faʻalautele atu i tua atu o le faʻamaeʻaina o galuega faʻatasi ma le 3-masina pe a maeʻa le faʻatau atu vaitaimi auaunaga. I le taimi lea, matou te ofoina atu le tulitatao o poloketi, fesoasoani faʻafitauli, ma Q&A sauniga e faʻafeiloaʻi ai soʻo se fesili e fesoʻotaʻi ma iʻuga.
Fa'amatalaga Auaunaga
| Fa'atatau le taimi e liliu ai | Numera o ituaiga | Iloiloga |
| 30 aso faigaluega | 6 - 12 | Fa'aputuga aiga o kene Fa'ateleina ma fa'aiti'itia le aiga o kene Fausia o laau Phylogenetic Fuafuaga ole taimi ole eseesega LTR taimi fa'aofi (Mo la'au) Fa'aluaina atoa le genome (Mo la'au) Omiga filifilia Su'esu'ega o le Synteny |
Bioinformatics su'esu'ega
● Aiga o Gene
● Phylogenetics
● Taimi eseese
● Omiga filifilia
● Su'esu'ega o le Synteny
Fa'ata'ita'iga Mana'oga ma le Tu'uina atu
Fa'ata'ita'iga Mana'oga:
Tisu po'o le DNA mo le fa'asologa o le genome ma le fa'apotopotoga
Mo Tisu
| Ituaiga | Tisi | Su'esu'ega | PacBio CCS |
| Manu | Ti'au visceral | 0.5 ~ 1 g | ≥ 3.5 g |
| O maso maso | |||
| ≥ 5.0 g | |||
| ≥ 5.0 mL | |||
| toto manumanu | |||
| ≥ 0.5 mL | |||
| Toto moa/I'a | |||
| Totō | Laulaau fou | 1 ~ 2 g | ≥ 5.0 g |
| Petala/A'au | 1 ~ 2 g | ≥ 10.0 g | |
| A'a/Fua | 1 ~ 2 g | ≥ 20.0 g | |
| sela | sela fa'aleaganu'u | - | ≥ 1 x 108 |
Fa'amaumauga
Genome sequence files(.fasta) ma faʻamatalaga faʻamatalaga (.gff3) o ituaiga vavalalata vavalalata
Auala o Galuega Au'aunaga
Fa'ata'ita'iga mamanu
Fa'ata'ita'iga tu'uina atu
Fausia faletusi
Fa'asologa
Iloiloga fa'amaumauga
Au'aunaga pe a uma ona fa'atau
*O fa'ai'uga fa'ata'ita'i o lo'o fa'aalia i'i e mai genomes na lomia fa'atasi ma Biomarker Technologies
1.LTR fa'aofi taimi fa'atatau: O le fa'atusa na fa'aalia ai se tufatufa tu'ufa'atasi bimodal i taimi fa'aofi LTR-RTs i Weining rye genome, fa'atusatusa i isi ituaiga. O le pito sili ona lata mai na aliali mai ile 0.5 miliona tausaga talu ai.
Li Guang et al.,Natura Genetics, 2021
2. Phylogeny and gene family analysis on chayote (Sechium edule): E ala i le suʻesuʻeina o chayote ma isi ituaiga e 13 e fesoʻotaʻi i totonu o le aiga gene, na maua ai le Chayote e sili ona vavalalata ma le gourd (Trichosanthes anguina). Chayote na maua mai le gata gata ile 27-45 Mya ma le genome duplication (WGD) atoa na matauina ile chayote ile 25±4 Mya, o le lona tolu WGD mea na tupu i cucuibitaceae.
Fu A et al.,Su'esu'ega Fa'ato'aga, 2021
3. Su'esu'ega Synteny: O nisi genes e feso'ota'i ma phytohormones i le atina'eina o fuala'au 'aina na maua i le chayote, gata gourd ma le maukeni. O le fa'amaopoopo i le va o le chayote ma le squash e maualuga teisi nai lo le va o le chayote ma le gata.
Fu A et al.,Su'esu'ega Fa'ato'aga, 2021
4.Gene su'esu'ega o aiga: KEGG fa'atamaoaigaina i luga o le fa'alauteleina o le aiga ma le fa'aitiitiga i G.thurberi ma G.davidsonii genomes na fa'aalia ai le fa'alauteleina o kenera e feso'ota'i ai le biosynthesis steroid ma le brassinosteroid biosynthesis.
Yang Z et al.,BMC Biology, 2021
5.A'ili'iliga fa'aluaina o le genome atoa: 4DTV ma Ks fa'asoasoaina su'esu'ega fa'aalia le fa'asologa atoa o le fa'asologa o le genome. O tumutumu o intraspecies o lo'o fa'aalia mea fa'alua. O tumutumu o interspecies ua fa'aalia mea fa'apitoa. O le au'ili'iliga na fa'ailoa mai ai o le fa'atusatusaina ma isi ituaiga e tolu e feso'ota'i vavalalata, o le O. europaea na uia se fa'asologa tele o kenera talu ai nei.
Rao G et al.,Su'esu'ega Fa'ato'aga, 2021
BMK mataupu
Rose e aunoa ma se tui: faʻamatalaga genomic e fesoʻotaʻi ma fetuunaiga susu
Lolomiina: Iloiloga Faasaienisi a le Atunuu, 2021
Fuafuaga fa'asologa:
'Basye'sLe matuitui' (R.Wichurainan) genome:
Pe tusa. 93 X PacBio + pe tusa. 90 X Nanopore + 267 X Illumina
I'uga autu
1. High quality R.wichuraiana genome na fausia e fa'aaoga ai metotia fa'asologa umi-faitau, lea e maua ai se fa'apotopotoga o le 530.07 Mb (Fa'atatau le tele o le genome e tusa ma le 525.9 Mb i le cytometry tafe ma le 525.5 i le su'esu'ega genome; Heterozygosity e tusa ma le 1.03%). E 93.9% le togi fa'atatau a le BUSCO. Faʻatusatusa i le "Old blush" (haploOB), o le lelei ma le atoatoa o lenei genome na faʻamaonia e ala i le saʻo faʻavae tasi ma le LTR faʻapotopotoga faʻapotopotoga (LAI = 20.03). R.wichuraiana genome o lo'o iai le 32,674 protein coding genes.
2. Multi-omics suʻesuʻega faʻatasi, e aofia ai faʻatusatusa genomics, transcriptomics, QTL suʻesuʻega o le faitau aofaʻi o tagata, na faʻaalia ai le taua tele i le va o R. wichuraiana ma Rosa chinensis. E le gata i lea, o le fesuiaiga o faʻamatalaga o kenera e fesoʻotaʻi i le QTL e foliga mai e fesoʻotaʻi ma le faʻataʻitaʻiina o meaʻai.
Fa'atusatusaga su'esu'ega genomics i le va o Basye;s Thornless ma Rosa chinensis e aofia ai su'esu'ega synteny, fuifui gafa o le aiga, fa'alauteleina ma su'esu'ega fa'aitiitia, fa'aalia ai le tele o fesuiaiga, e feso'ota'i ma uiga taua i rosa. O le faʻalauteleina tulaga ese i le NAC ma le FAR1 / FRS gene family e foliga mai e fesoʻotaʻi ma le tetee i le lanu uliuli.
Fa'atusatusaga su'esu'ega genomics i le va o genoms BT ma haploOB.
Zhong, M. , et al. "Rose e aunoa ma se tui: faʻamatalaga genomic e fesoʻotaʻi ma le susū fetuunaiga"Iloiloga Faasaienisi a le Atunuu, 2021;, nwab092.
