BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome
BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome Technical Scheme
Vaega
● I'uga: 5 µM
● Vaitafe Va'ai: 2.5 µM
● Numera o togi: e tusa ma le 2 Miliona
● 3 vaega e mafai ona pu'eina: 6.8 mm * 6.8 mm, 11 mm * 11 mm po o le 15 mm * 20 mm
● O lo'o fa'ailoga ta'itasi e fa'atumuina i fa'amatamua e aofia ai vaega e 4:
poly(dT) si'usi'u mo mRNA priming ma cDNA synthesis
Unique Molecular Identifier (UMI) e fa'asa'o ai le fa'aituau fa'atele
Fa'ailoga fa'avanoa
Fa'asologa fa'asologa o le faitau vaega 1 fa'asologa fa'asologa
● H&E ma le felanulanua'i o vaega
● Avanoa e faʻaaogatekinolosi fa'avasegaina sela: tu'ufa'atasiga o le H&E staining, fluorescent staining, ma le RNA sequencing e fuafua ai tuaoi o sela ta'itasi ma sa'o le tu'u sa'o o fa'amatalaga o kenera i sela ta'itasi.
Tulaga lelei o le BMKMANU S1000
●I'uga ole la'ititi ole telefoni feavea'i: O vaega ta'itasi e pu'e ai e iai le>2 miliona Fa'ailoga Fa'akomepiuta fa'apitonu'u ma le lautele o le 2.5 µm ma le va o le 5 μm i le va o nofoaga tutotonu, e mafai ai ona su'esu'eina fa'a-spatial transcriptome fa'atasi ai ma iugafono laiti (5 μm).
●Su'esu'ega Fa'ai'uga Tulaga E tele:Su'esu'ega fa'afuainumera fetu'una'i e amata mai i le 100 μm i le 5 μm e fo'ia ai uiga 'ese'ese o le tino ile fa'aiuga sili.
● Avanoa e Fa'aaoga ai le “Three in one slide” Tekonolosi Fa'avasegaga Cell:O le tu'ufa'atasia o le staining fluorescence, staining H&E, ma le fa'asologa o le RNA i luga o se fa'ase'e tasi, o la tatou "tolu-in-one" au'ili'ili algorithm e fa'amalosia ai le fa'ailoaina o tua'oi sela mo transcriptomics e fa'atatau i sela mulimuli ane.
●E fetaui ma le tele o fa'asologa fa'asologa: O lo'o avanoa uma le NGS ma le fa'asologa umi-faitau.
●Fuafuaga Fesuia'i o le 1-8 Avanoa e Pu'e Gaoioiga: Ole tele ole vaega e pu'e e fetu'una'i, e mafai ona fa'aoga 3 fomu (6.8 mm * 6.8 mm., 11 mm * 11 mm ma le 15 mm * 20 mm)
●Auaunaga tutasi: E tu'ufa'atasia uma le poto masani ma laasaga fa'avae, e aofia ai le cryo-sectioning, staining, tissue optimization, spatial barcoding, sauniuniga faletusi, sequencing, ma bioinformatics.
●Bioinformatics Mauatele ma Fa'auiga-Fa'aoga Va'aiga o I'uga:afifi e aofia ai 29 auiliiliga ma 100 + maualuga-lelei fuainumera, tu'ufa'atasia ma le fa'aogaina o le inhouse atia'e software e va'ava'ai ma fa'avasegaina le vaeluaga o le cell ma va'aiga fa'apipi'i.
●Fa'avasegaina Fa'amatalaga Fa'amatalaga ma Va'aiga Va'aiga: avanoa mo talosaga su'esu'e eseese
●Vaega Fa'atekinisi maualuga: ma le poto masani i le silia ma le 250 ituaiga o mea'ai ma le 100+ ituaiga e aofia ai tagata, isumu, mamame, i'a ma laau.
●Fa'afouga taimi moni ile Poloketi Atoa: ma le pulea atoatoa o le alualu i luma faataitai.
●Filifiliga Su'esu'ega So'otaga fa'atasi ma le fa'asologa o le mRNA sela tasi
Fa'amatalaga Auaunaga
|
Fa'ata'ita'iga Manaoga
| Faletusi |
Fuafuaga fa'asologa
| Fa'amatalaga fautuaina | Puleaina lelei |
| Fa'ata'ita'iga cryo fa'apipi'i ile OCT, 3 poloka ile fa'ata'ita'iga | S1000 cDNA faletusi | Illumina PE150 (isi tulaga avanoa) | 100K PE faitau i le 100 uM ( 60-150 Gb ) | RIN>7 |
Mo nisi fa'amatalaga i fa'ata'ita'iga tapenaga ta'iala ma au'aunaga, fa'amolemole lagona le saoloto e talanoa i aBMKGENE tagata poto
Auala o Galuega Au'aunaga
I le fa'ata'ita'iga la'asaga o tapenaga, e faia se fa'ata'ita'iga muamua o le RNA fa'atosina ina ia mautinoa e mafai ona maua se RNA maualuga. I le tulaga o le su'esu'eina o le tino o lo'o pisipisia ma va'ava'ai ai vaega ma fa'amanino tulaga mo le fa'asa'olotoina o le mRNA mai le tino. O le fa'atonuga fa'apitoa e fa'aaogaina i le taimi o le fausiaina o faletusi, soso'o ai ma le fa'asologa ma le su'esu'eina o fa'amaumauga.
O le galuega atoa o auaunaga e aofia ai faʻafouga taimi moni ma faʻamaoniga a le tagata o tausia e faʻamautu ai se faʻaaliga tali tali, faʻamautinoaina le faʻatinoina o galuega.
O faʻamaumauga na gaosia e le BMKMANU S1000 e suʻeina e faʻaaoga ai le polokalama "BSTMatrix", lea e tutoʻatasi na fuafuaina e BMKGENE, faʻatupuina se Gene Expression Matrix. Mai iina, o se lipoti masani e gaosia e aofia ai le faʻatonutonuina o faʻamaumauga, faʻataʻitaʻiga i totonu-faʻataʻitaʻiga ma suʻesuʻega vaeluaga.
● Puleaina o Fa'amaumauga:
Fa'amatalaga fa'amatalaga ma le tufatufaina o togi lelei
Su'esu'eina o kenera ile nofoaga
Tisua ufiufi
● Su'esu'ega fa'ata'ita'i totonu:
O'oa o kenera
Fa'aputu fa'aputu, e aofia ai fa'aitiitiga au'ili'iliga
Su'esu'ega fa'aaliga eseese i le va o fuifui: fa'ailoaina o kenera fa'ailoga
Fa'amatalaga aoga ma le fa'atamaoaigaina o kenera fa'ailoga
● Su'esu'ega i le va o vaega:
Toe tu'ufa'atasiga o ila mai fa'ata'ita'iga uma e lua (fa'ata'ita'iga fa'ama'i ma fa'atonutonu) ma toe fa'aputu
Fa'ailoaina o kenera fa'ailoga mo fuifui ta'itasi
Fa'amatalaga aoga ma le fa'atamaoaigaina o kenera fa'ailoga
Fa'aaliga Eseese o le fuifui tutusa i le va o vaega
E le gata i lea, o le BMKGENE na fausia le "BSTViewer" o se meafaigaluega faʻaoga-faʻaoga e mafai ai e le tagata faʻaoga ona vaʻavaʻai i le faʻaaliga o le kenera ma le faʻapipiʻiina o vaʻaiga i iuga eseese.
BMKGene atiina ae polokalame mo tagata fa'aoga va'aiga
BSTViewer faʻapipiʻi faʻapipiʻi ile tele-tulaga iugafono
BSTellViewer: vaeluaga otometi ma tusi lesona
Iloiloga Fa'ata'ita'i totonu
Fa'apipi'i fa'ailoga:
Fa'ailoga genes fa'ailoga ma tufatufa fa'afanua:
Su'esu'ega va'aiga
Tu'ufa'atasiga fa'amaumauga mai vaega uma e lua ma toe fa'aputuga:
Fa'ailoga genes o fuifui fou:
Su'esu'e le aga'i i luma na fa'afaigofieina e le BMKGene spatial transcriptomic services ma le BMKManu S1000 technology i lenei lomiga fa'aalia:
Pese, X. et al. (2023) 'Spatial transcriptomics o loʻo faʻaalia ai sela o le chlorenchyma e aʻafia i le malamalama o loʻo aʻafia i le faʻalauiloaina o le toe faʻafouina o le fana i le tamato callus',Taualumaga a le National Academy of Sciences of the United States of America, 120(38), itulau. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
O oe, Y. et al. (2023) 'Fa'atusatusaga fa'atulagaina o fa'asologa fa'asologa fa'asologa fa'asologa fa'a-spatial transcriptomic',bioRxiv, i. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
