Celotno bisulsko zaporedje genom (WGB)
Celotno sekvenciranje bisulfita genoma (WGBS) je kot zlata standardna metodologija za poglobljeno raziskovanje metilacije DNA, zlasti petega položaja v citozinu (5-MC), ključni regulator izražanja genov in celične aktivnosti. Načelo, na katerem temelji WGB, vključuje zdravljenje z bisulfitom, kar povzroča pretvorbo nemetiliranih citozin v uracil (C v U), medtem ko metilirane citozine ostanejo nespremenjene. Ta tehnika ponuja ločljivost z enim bazom, kar omogoča raziskovalcem, da celovito raziskujejo metiloma in odkrijejo nenormalne vzorce metilacije, povezane z različnimi stanji, zlasti rakom. Z uporabo WGB-jev lahko znanstveniki pridobijo neprimerljive vpoglede v metilacijske pokrajine na celotnem genomu, kar zagotavlja niansirano razumevanje epigenetskih mehanizmov, ki temeljijo na raznolikih bioloških procesih in bolezni.
Servisne funkcije
● Zahteva referenčni genom.
● DNK Lambda se doda za spremljanje učinkovitosti pretvorbe bisulfita.
● Zaporedje na Illumina Novaseq.
Prednosti storitev
●Zlati standard za raziskave metilacije DNA: Ta tehnologija obdelave pretvorbe metilacije ima visoko natančnost in dobro obnovljivost.
●Široka pokritost in ločljivost z eno osnovo:odkrivanje metilacijskih mest na ravni genoma.
●Popolna platforma:Zagotovite odlično storitev na enem mestu od obdelave vzorcev, gradnje knjižnice, zaporedja do analize bioinformatike.
●Obsežno strokovno znanje: Z uspešno zaključenimi projekti WGBS sekvenciranja v različnih vrstah vrst, BMKGENE prinaša več kot desetletje izkušenj, visoko usposobljeno analizo, celovito vsebino in odlično podporo po prodaji.
●Možnost, da se pridružite analizi transkriptomike: Omogočanje integrirane analize WGB z drugimi podatki o OMICS, kot je RNA-seq.
Vzorčne specifikacije
| Knjižnica | Strategija zaporedja | Priporočeni izhod podatkov | Nadzor kakovosti |
| Obdelani z bisulfitom | Illumina PE150 | 30 -kratna globina | Q30 ≥ 85% Pretvorba bisulfita> 99% |
Vzorčne zahteve
| Koncentracija (ng/µl) | Skupna količina (µg) | Dodatne zahteve | |
| Genomska DNK | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Omejena degradacija ali kontaminacija |
Servisni delovni tok
Dostava vzorca
Ekstrakcija DNK
Konstrukcija knjižnice
Zaporedje
Analiza podatkov
Dostava podatkov
Vključuje naslednjo analizo:
● nadzor kakovosti surovega zaporedja;
● preslikava na referenčni genom;
● odkrivanje 5MC metiliranih baz;
● analiza porazdelitve metilacije in pripombe;
● analiza različno metiliranih regij (DMR);
● Funkcionalna opomba genov, povezanih z DMR.
5MC odkrivanje metilacije: vrste metiliranih mest
Zemljevid metilacije. 5MC porazdelitev metilacije genoma
Opomba visoko metiliranih regij
Diferenčno metilirane regije: pripadajoči geni
Diferencialno metilirane regije: pripisovanje povezanih genov (genska ontologija)
Raziščite napredek raziskav, ki so jih olajšale BMKGenejeve storitve celotnega sekvenciranja bisulfitnih genomov s pomočjo kurirane zbirke publikacij.
Fan, Y. et al. (2020) „Analiza profilov metilacije DNA med razvojem skeletnih mišic ovc z uporabo zaporedja bisulfita v celotnem genomu“,BMC genomika, 21 (1), str. 1–15. doi: 10.1186/s12864-020-6751-5.
Zhao, X. et al. (2022) „Nova deoksiribonukleinska kislina metilacija pri delavcih, ki so bili izpostavljeni vinil kloridu ',,",Toksikologija in industrijsko zdravje, 38 (7), str. 377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. et al. (2020) „Odnosi med metilacijo genoma, stopnjami nekodirajočih RNK, mRNA in presnovkov pri dozorevanju paradižnikovega sadja“,Časopis za rastline, 103 (3), str. 980–994. doi: 10.1111/tpj.14778.
