Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF-Seq)
Potek dela
Tehnična shema
Funkcije storitve
● Sekvenciranje na NovaSeq s PE150.
● Priprava knjižnice z dvojnim črtnim kodiranjem, ki omogoča združevanje več kot 1000 vzorcev.
● To tehniko je mogoče uporabiti z ali brez referenčnega genoma, z različnimi bioinformacijskimi cevovodi za vsak primer:
Z referenčnim genomom: odkritje SNP in InDel
Brez referenčnega genoma: združevanje vzorcev in odkrivanje SNP
● Vin silicoVečkratne kombinacije restrikcijskih encimov v fazi pred zasnovo se pregledajo, da se najdejo tiste, ki ustvarjajo enotno porazdelitev oznak SLAF vzdolž genoma.
● Med predhodnim poskusom se testirajo tri kombinacije encimov v 3 vzorcih, da se ustvari 9 knjižnic SLAF, te informacije pa se uporabijo za izbiro optimalne kombinacije restrikcijskih encimov za projekt.
Prednosti storitve
●Odkritje visokega genetskega markerja: Integracija visoko zmogljivega sistema dvojne črtne kode omogoča hkratno določanje zaporedja velikih populacij, pomnoževanje, specifično za lokus, pa povečuje učinkovitost in zagotavlja, da številke oznak izpolnjujejo različne zahteve različnih raziskovalnih vprašanj.
● Nizka odvisnost od genoma: Uporablja se lahko za vrste z ali brez referenčnega genoma.
●Prilagodljiva zasnova sheme: Prebavo z enim encimom, dvema encimoma, prebavo z več encimi in različne vrste encimov je mogoče izbrati za različne raziskovalne cilje ali vrste. Thein silicose izvede prednačrtovanje, da se zagotovi optimalna zasnova encimov.
● Visoka učinkovitost encimske prebave: Vodenje anin silicopredzasnova in predposkus sta zagotovila optimalno zasnovo z enakomerno porazdelitvijo oznak SLAF na kromosomu (1 oznaka SLAF/4Kb) in zmanjšanim ponavljajočim se zaporedjem (<5 %).
●Obsežno strokovno znanje: Naša ekipa prinaša bogastvo izkušenj v vsak projekt, z zgodovino zaključevanja več kot 5000 projektov SLAF-Seq na stotine vrst, vključno z rastlinami, sesalci, pticami, žuželkami in vodnimi organizmi.
● Samorazvit bioinformatični potek dela: BMKGENE je razvil integriran bioinformatični potek dela za SLAF-Seq, da zagotovi zanesljivost in natančnost končnega rezultata.
Specifikacije storitve
| Vrsta analize | Priporočena populacijska lestvica | Strategija zaporedja | |
| Globina zaporedja oznak | Številka oznake | ||
| Genetski zemljevidi | 2 starša in >150 potomcev | Starši: 20x WGS Podmladek: 10x | Velikost genoma: <400 Mb: priporočamo WGS <1Gb: 100K oznak 1-2Gb:: 200K oznak >2Gb: 300K oznak Največ 500k oznak |
| Študije povezav celotnega genoma (GWAS) | ≥200 vzorcev | 10x | |
| Genetska evolucija | ≥30 vzorcev, z >10 vzorci iz vsake podskupine | 10x | |
Zahteve za storitve
Koncentracija ≥ 5 ng/µL
Skupna količina ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1,6-2,5
Agarozni gel: ni ali je omejena razgradnja ali kontaminacija
Priporočena dostava vzorcev
Vsebnik: 2 ml centrifugalna epruveta
(Za večino vzorcev priporočamo, da se ne konzervirajo v etanolu)
Označevanje vzorcev: Vzorci morajo biti jasno označeni in enaki predloženemu obrazcu z informacijami o vzorcu.
Pošiljka: suhi led: vzorce je treba najprej zapakirati v vreče in jih zakopati v suhi led.
Potek dela storitve
Vzorec QC
Pilotni poskus
SLAF-eksperiment
Priprava knjižnice
Zaporedje
Analiza podatkov
Poprodajne storitve
Vključuje naslednjo analizo:
- QC podatkov o zaporedju
- Razvoj oznake SLAF
Preslikava v referenčni genom
Brez referenčnega genoma: grozdenje
- Analiza oznak SLAF.: statistika, porazdelitev po genomu
- Odkrivanje markerjev: SNP, InDel, SNV, klic življenjepisa in opombe
Porazdelitev oznak SLAF na kromosomih:
Porazdelitev SNP na kromosomih:
Opomba SNP
| leto | Dnevnik | IF | Naslov | Aplikacije |
| 2022 | Komunikacije narave | 17.694 | Genomska osnova giga-kromosomov in giga-genoma drevesne potonike Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Novi fitolog | 7,433 | Odtisi udomačitve zasidrajo genomske regije agronomskega pomena v soja | SLAF-GWAS |
| 2022 | Journal of Advanced Research | 12.822 | Umetne introgresije Gossypium barbadense v celotnem genomu v G. hirsutum razkriva vrhunske lokuse za hkratno izboljšanje kakovosti bombažnih vlaken in donosa lastnosti | SLAF-Evolucijska genetika |
| 2019 | Molekularna rastlina | 10.81 | Populacijska genomska analiza in skupščina De Novo razkrivata izvor Weedyja Riž kot evolucijska igra | SLAF-Evolucijska genetika |
| 2019 | Naravna genetika | 31.616 | Sekvenca genoma in genetska raznolikost navadnega krapa, Cyprinus carpio | Zemljevid povezave SLAF |
| 2014 | Naravna genetika | 25.455 | Genom gojenega arašida omogoča vpogled v kariotipe stročnic, poliploide evolucija in udomačitev rastlin. | Zemljevid povezave SLAF |
| 2022 | Plant Biotechnology Journal | 9,803 | Identifikacija ST1 razkriva selekcijo, ki vključuje štopanje morfologije semena in vsebnostjo olja med udomačitvijo soje | Razvoj SLAF-markerja |
| 2022 | Mednarodni časopis za molekularne znanosti | 6.208 | Identifikacija in razvoj markerjev DNA za pšenico-Leymus mollis 2Ns (2D) Disomična kromosomska substitucija | Razvoj SLAF-markerja |
| leto | Dnevnik | IF | Naslov | Aplikacije |
| 2023 | Meje v znanosti o rastlinah | 6,735 | Kartiranje QTL in analiza transkriptoma vsebnosti sladkorja med zorenjem plodov Pyrus pyrifolia | Genetski zemljevid |
| 2022 | Plant Biotechnology Journal | 8.154 | Identifikacija ST1 razkriva selekcijo, ki vključuje štopanje morfologije semena in vsebnosti olja med udomačitvijo soje
| SNP kliče |
| 2022 | Meje v znanosti o rastlinah | 6,623 | Kartiranje fenotipov hulless Barely v celotnem genomu v sušnem okolju.
| GWAS |
