Exclusive Agency for Korea

条形banner-03

Izdelki

Sekvenciranje enojedrne RNA

Razvoj tehnik za zajemanje ene celice in gradnje knjižnic po meri, skupaj z visoko zmogljivim sekvenciranjem, je revolucioniral študije izražanja genov na celični ravni. Ta preboj omogoča globljo in celovitejšo analizo kompleksnih celičnih populacij, premagovanje omejitev, povezanih s povprečenjem izražanja genov v vseh celicah, in ohranjanje prave heterogenosti znotraj teh populacij. Medtem ko ima sekvenciranje enocelične RNA (scRNA-seq) nedvomne prednosti, se srečuje z izzivi v določenih tkivih, kjer je ustvarjanje enocelične suspenzije težko in zahteva sveže vzorce. Pri BMKGene to oviro rešujemo tako, da ponujamo sekvenciranje RNK z enim jedrom (snRNA-seq) z uporabo najsodobnejše tehnologije 10X Genomics Chromium. Ta pristop širi spekter vzorcev, primernih za analizo transkriptoma na ravni ene celice.

Izolacija jeder je dosežena z inovativnim čipom 10X Genomics Chromium, ki vsebuje osemkanalni mikrofluidni sistem z dvojnimi križišči. Znotraj tega sistema so gelne kroglice, ki vsebujejo črtne kode, primerje, encime in eno samo jedro, inkapsulirane v kapljicah olja v velikosti nanolitra in tvorijo gelske kroglice v emulziji (GEM). Po nastanku GEM pride do lize celic in sprostitve črtne kode znotraj vsakega GEM. Nato se molekule mRNA podvržejo reverzni transkripciji v cDNA, ki vključuje črtne kode 10X in edinstvene molekularne identifikatorje (UMI). Te cDNA so nato podvržene standardni konstrukciji knjižnice sekvenciranja, kar olajša robustno in celovito raziskovanje profilov izražanja genov na ravni ene celice.

Platforma: 10× platforma Genomics Chromium in Illumina NovaSeq


Podrobnosti storitve

Bioinformatika

Demo rezultati

Predstavljene publikacije

Tehnična shema

Izolacijo jeder doseže 10× Genomics Chromium™, ki je sestavljen iz osemkanalnega mikrofluidnega sistema z dvojnimi križišči. V tem sistemu so kroglice gela s črtnimi kodami in temeljnim premazom, encimi in eno samo jedro vkapsulirane v kapljico olja v velikosti nanolitra, kar ustvarja gelsko kroglico v emulziji (GEM). Ko se GEM oblikuje, se v vsakem GEM izvede celična liza in sprostitev črtnih kod. mRNA se reverzno prepiše v molekule cDNA z 10 × črtnimi kodami in UMI, ki so nadalje predmet standardne konstrukcije knjižnice sekvenciranja.

企业微信截图_1737445364188

Lastnosti

● Priprava enojedrne suspenzije iz zamrznjenih tkiv

● Tvorba gelskih kroglic v emulziji (GEM), ki ji sledi sinteza cDNA

● Vsaka kroglica v GEM je napolnjena s primerji, sestavljenimi iz 4 delov:

poli(dT) rep za pripravo mRNA in sintezo cDNA,

Edinstveni molekularni identifikator (UMI) za popravljanje pristranskosti pomnoževanja

10x črtna koda

Vezavno zaporedje začetnika sekvenciranja delnega branja 1

Prednosti

Sekvenciranje enojedrne RNA zaobide omejitve sekvenciranja enocelične RNA in omogoča:

● Uporaba zamrznjenih vzorcev in ne le omejena na sveže vzorce

● Nizek stres zamrznjenih celic v primerjavi z encimsko obdelavo svežih celic, kar se odraža v podatkih transkriptoma v obliki manj stresno povzročenih genov

● Predhodna odstranitev rdečih krvničk ni potrebna

● Neomejen premer celice

● Velik nabor vzorcev, ki so primerni za analizo, vključno s kompleksnimi in krhkimi vrstami tkiv, ki so nagnjena k združevanju ali uničenju celic med disociacijo tkiva

Vzorci, ki jih ni mogoče analizirati s sekvenciranjem enocelične RNA in so primerni za sekvenciranje enojedrne RNA:

Celica / tkivo

Razlog

Nesveže zamrznjeno tkivo

Ni mogoče pridobiti svežih ali dolgo shranjenih organizacij

Mišična celica, megakariocit, maščoba…

Premer celice je prevelik za vstop v instrument

Jetra…

Preveč krhka, da bi se zlomila, ne more razlikovati posameznih celic

Nevronska celica, možgani…

Bolj občutljiv, enostaven za stres, bo spremenil rezultate zaporedja

Trebušna slinavka, ščitnica…

Bogat z endogenimi encimi, ki vplivajo na proizvodnjo suspenzije posameznih celic

Enojedren vs enocelični

Enojedren

Enocelični

Neomejen premer celice

Premer celice: 10-40 μm

Material je lahko zamrznjeno tkivo

Material mora biti sveže tkivo

Nizek stres zamrznjenih celic

Zdravljenje z encimi lahko povzroči celično stresno reakcijo

Rdečih krvničk ni treba odstraniti

Rdeče krvničke je treba odstraniti

Jedro izraža bioinformacijo

Celotna celica izraža bioinformacijo

Specifikacije

Vzorčne zahteve

Knjižnica

Strategija zaporedja

Priporočeni podatki

Kontrola kakovosti

Živalsko tkivo ≥ 200 mg

Rastlinsko tkivo ≥ 400 mg

10x Genomics sn cDNA knjižnica

Ilumina PE150

100K PE branj na celico

(100-200 Gb)

700-1200 jeder/μl in celovitost jeder opazovana pod mikroskopom

Za več podrobnosti o navodilih za pripravo vzorcev in poteku storitev se obrnite na a

Potek storitvenega dela

Slika 117

  • Prejšnja:
  • Naprej:

  • wps_doc_9

     

    Vključuje naslednjo analizo:

     

    ● Nadzor kakovosti: število celic, odkrivanje genov, natančna identifikacija celic, molekul RNA in kvantifikacija izražanja

    ● Notranja analiza vzorca:

    Gručenje celic in označevanje gruč

    Diferencialna ekspresijska analiza: identifikacija DEG v grozdih

    Funkcionalna anotacija in obogatitev DEG grozdov

    ● Analiza med skupinami:

    Kombinacija podatkov

    Diferencialna ekspresijska analiza: identifikacija DEG v skupinah

    Funkcionalna anotacija in obogatitev skupinskih DEG

    ● Napredna analiza:

    Analiza celičnega cikla

    Analiza psevdočasa

    Analiza celične komunikacije (CellPhoneDB)

    Analiza obogatitve genskega nabora (GSEA)

    Analiza notranjega vzorca

    Združevanje celic:

    wps_doc_10

     

    Diferencialna ekspresijska analiza: grozdni DEG

    图片9

     

    Analiza med skupinami

    Diferencialna ekspresijska analiza: skupinski DEG

    图片10 

    Napredna analiza:

    Analiza psevdočasa:

    图片11

     

     

    Analiza celičnega cikla:

    图片12

     

    Raziščite napredek, ki ga omogoča BMKGene s storitvami sekvenciranja enojedrne RNA s strani 10X Chromium v ​​teh predstavljenih publikacijah:

     

    Wang, L. et al. (2021) 'Enocelična transkriptomska analiza razkriva imunsko pokrajino pljuč pri poslabšanju astme, odporne na steroide',Zbornik Nacionalne akademije znanosti Združenih držav Amerike, 118(2), str. e2005590118. doi: 10.1073/pnas.2005590118

    Zheng, H. et al. (2022) 'Globalno regulativno omrežje za disregulirano izražanje genov in nenormalno presnovno signalizacijo v imunskih celicah v mikrookolju Gravesove bolezni in Hashimotovega tiroiditisa',Meje v imunologiji, 13, str. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.

    Tian, ​​H. et al. (2023) 'Enocelični transkriptom razkrije heterogenost in imunske odzive levkocitov po cepljenju z inaktivirano Edwardsiella tarda pri iverki (Paralichthys olivaceus)',ribogojstvo, 566, str. 739238. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739238.

    Yu, Y. et al. (2023) "Fotodinamična terapija izboljša izid zaviralcev imunskih kontrolnih točk s preoblikovanjem protitumorske imunosti pri bolnikih z rakom želodca",Rak želodca, 26(5), str. 798–813. doi: 10.1007/S10120-023-01409-X/METRIKE.

     

    pridobite ponudbo

    Tukaj napišite svoje sporočilo in nam ga pošljite

    Pošljite nam svoje sporočilo: