Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS) se je izkazalo kot stroškovno učinkovita in učinkovita alternativa Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) v raziskavah metilacije DNA. Medtem ko WGBS zagotavlja izčrpne vpoglede s preučevanjem celotnega genoma z eno osnovno ločljivostjo, je njegova visoka cena lahko omejevalni dejavnik. RRBS strateško ublaži ta izziv s selektivno analizo reprezentativnega dela genoma. Ta metodologija temelji na obogatitvi regij, bogatih z otoki CpG, s cepitvijo MspI, ki ji sledi izbira velikosti fragmentov 200-500/600 bps. Posledično so sekvencirane le regije, ki so proksimalne do otokov CpG, medtem ko so tiste z oddaljenimi otoki CpG izključene iz analize. Ta postopek v kombinaciji z bisulfitnim sekvenciranjem omogoča zaznavanje metilacije DNK z visoko ločljivostjo, pristop sekvenciranja, PE150, pa se osredotoča posebej na konce vstavkov in ne na sredino, kar povečuje učinkovitost profiliranja metilacije. RRBS je neprecenljivo orodje, ki omogoča stroškovno učinkovito raziskovanje metilacije DNA in izboljšuje znanje o epigenetskih mehanizmih.
Funkcije storitve
● Zahteva referenčni genom.
● Lambda DNA se uporablja za spremljanje učinkovitosti pretvorbe bisulfita.
● Spremlja se tudi učinkovitost prebave MspI.
● Dvojna encimska razgradnja za rastlinske vzorce.
● Sekvenciranje na Illumina NovaSeq.
Prednosti storitve
●Stroškovno učinkovita alternativa WGBS: omogoča izvedbo analize po nižji ceni in z nižjimi zahtevami po vzorcu.
●Celotna platforma:zagotavljanje odlične storitve na enem mestu od obdelave vzorcev, gradnje knjižnice in določanja zaporedja do bioinformatske analize.
●Obsežno strokovno znanje: s projekti sekvenciranja RRBS, ki so bili uspešno zaključeni za raznolik nabor vrst, BMKGENE prinaša več kot desetletje izkušenj, visoko usposobljeno ekipo za analizo, celovito vsebino in odlično poprodajno podporo.
Specifikacije storitve
| Knjižnica | Strategija zaporedja | Priporočeni izhod podatkov | Kontrola kakovosti |
| Knjižnica, prebavljena z MspI in obdelana z bisulfitom | Ilumina PE150 | 8 Gb | Q30 ≥ 85 % Pretvorba bisulfita > 99 % Učinkovitost rezanja MspI > 95 % |
Vzorčne zahteve
| Koncentracija (ng/µL) | Skupna količina (µg) |
| |
| Genomska DNK | ≥ 30 | ≥ 1 | Omejena razgradnja ali kontaminacija |
Potek storitvenega dela
Dostava vzorcev
Gradnja knjižnice
Zaporedje
Analiza podatkov
Poprodajne storitve
Vključuje naslednjo analizo:
● Nadzor kakovosti surovega zaporedja;
● Preslikava v referenčni genom;
● Detekcija 5mC metiliranih baz in identifikacija motiva;
● Analiza porazdelitve metilacije in primerjava vzorcev;
● Analiza diferencialno metiliranih regij (DMR);
● Funkcionalna označba genov, povezanih z DMR.
Nadzor kakovosti: učinkovitost prebave (pri kartiranju genoma)
Nadzor kakovosti: pretvorba bisulfita (pri ekstrakciji informacij o metilaciji)
Zemljevid metilacije: porazdelitev 5 mC metilacije po celotnem genomu
Primerjava vzorcev: Analiza glavnih komponent
Analiza diferencialno metiliranih regij (DMR): toplotni zemljevid
Raziščite raziskovalni napredek, ki ga omogočajo storitve bisulfitnega sekvenciranja celotnega genoma BMKGene prek izbrane zbirke publikacij.
Li, Z. et al. (2022) 'Reprogramiranje visoke ločljivosti v celice, podobne Leydigu, z aktivacijo CRISPR in parakrinimi dejavniki',PNAS Nexus, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. et al. (2023) "Analiza metilacije DNA celotnega genoma telesne sestave pri kitajskih monozigotnih dvojčkih",European Journal of Clinical Investigation, 53(11), str. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. et al. (2022) 'Metilacija DNA in razmerje med pasom in boki: študija asociacije na celotnem epigenomu pri kitajskih monozigotnih dvojčkih',Journal of Endocrinological Investigation, 45(12), str. 2365–2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
