Prokariontska sekvenciranje RNA
Lastnosti
● Obdelava vzorcev RNA je vključevala izčrpavanje rRNA, ki ji sledi pripravljanje usmerjene knjižnice RNA.
● Bioinformatska analiza, ki temelji na poravnavi referenčnemu genomu
● Analiza vključuje izražanje genov in DEG, pa tudi transkriptno strukturo in analizo srna
Prednosti storitev
●Strog nadzor kakovosti: V vseh fazah izvajamo jedrne kontrolne točke, od vzorčnih in knjižničnih priprave do zaporedja in bioinformatike. To natančno spremljanje zagotavlja dosledno kakovostne rezultate.
●Strand specifični podatki o zaporedju: Ker je priprava knjižnice RNA usmerjena, kar omogoča identifikacijo transkriptov protiulesa.
●Popolna analiza, prilagojena prokariontskim transkriptom: Bioinformatski cevovod ne vključuje samo analize genske ekspresije, ampak tudi analizo strukture transkriptov, vključno z identifikacijo operonov, UTR in promotorjev. Vključuje tudi analizo sRNA, in sicer pripisovanje in napovedovanje sekundarne strukture in ciljev.
●Podpora po prodaji: Naša zaveza se presega zaključek projekta s trimesečnim poprodajnim servisnim obdobjem. V tem času ponujamo nadaljnje spremljanje projektov, odpravljanje pomoči in vprašanj in vprašanj za reševanje vseh poizvedb, povezanih z rezultati.
Vzorčne zahteve in dostava
| Knjižnica | Strategija zaporedja | Priporočeni podatki | Nadzor kakovosti |
| RRNA izčrpana usmerjena knjižnica | Illumina PE150 | 1-2 GB | Q30≥85% |
Vzorčne zahteve:
| Conc. (Ng/μl) | Količina (μg) | Čistost | Integriteta |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280 = 1,8-2,0 OD260/230 = 1,0-2,5 Omejena ali brez kontaminacije beljakovin ali DNK, prikazana na gelu. | Rin≥6,5 |
Priporočena dostava vzorca
Posoda: 2 ml centrifuge cev (kositrna folija ni priporočljiva)
Označevanje vzorca: skupina+ponovitev, npr. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Pošiljka:
1. suho-led: Vzorce je treba pakirati v vrečke in pokopati v suhem ledu.
2. Rnastabilne cevi: Vzorce RNA lahko posušimo v cevi za stabilizacijo RNA (npr. RNASTABLE®) in odposlane v sobni temperaturi.
Servisni delovni tok
Dostava vzorca
Konstrukcija knjižnice
Zaporedje
Analiza podatkov
Po prodajnih storitvah
Bioinformatična analiza delovnega toka
Vključuje naslednjo analizo:
● Nadzor kakovosti surovih podatkov
● poravnava referenčnega genoma
● Ocena kakovosti knjižnice: RNA fragmentacija naključnost, velikost vstavljanja in nasičenost zaporedja
● Funkcionalno pripisovanje predvidenih kodirnih genov
● Analiza izražanja: korelacijska in glavna analiza komponent (PCA)
● Diferencialna ekspresija genov (DEG)
● Funkcionalna opomba in obogatitev DEG -jev
● Analiza sRNA: napoved, opomba, ciljna in sekundarna struktura napoved
● Analiza strukture transkriptov: operoni, začetni in končni položaji, nepreverjena regija (UTS), promotor in analiza SNP/Indel
Zaporedje nasičenosti
Funkcionalna pripisa kodiranja genov
Povezava med vzorci
Analiza diferencialno izraženih genov (DEGS)
Analiza funkcionalne obogatitve
Opomba srna
Raziščite napredek, ki so ga v tej objavljeni publikaciji omogočile BMKGenejeve celotne storitve zaporedja mRNA.
Guan, CP et al. (2018) „Globalne transkriptome spremembe biofilma, ki tvori biofilokok epidermidis, ki se odzivajo na skupne alkaloide Sophorea alopecuroides ',Poljski časopis za mikrobiologijo, 67 (2), str. 223. DOI: 10.21307/PJM-2018-024.
