-
BMKMANU S3000_Prostorski transkriptom
Prostorska transkriptomika je v ospredju znanstvenih inovacij in omogoča raziskovalcem, da se poglobijo v zapletene vzorce izražanja genov v tkivih, hkrati pa ohranjajo njihov prostorski kontekst. Sredi različnih platform je BMKGene razvil prostorski transkriptomski čip BMKManu S3000, ki se ponaša z izboljšano ločljivostjo 3,5 µm, dosega subcelični obseg in omogoča nastavitve ločljivosti na več ravneh. Čip S3000, ki ima približno 4 milijone točk, uporablja mikrovdolbinice, prekrite s kroglicami, naloženimi s sondami za zajemanje s prostorsko črtno kodo. Knjižnica cDNA, obogatena s prostorskimi črtnimi kodami, je pripravljena iz čipa S3000 in nato sekvencirana na platformi Illumina NovaSeq. Kombinacija prostorsko kodiranih vzorcev in UMI zagotavlja točnost in specifičnost generiranih podatkov. Čip BMKManu S3000 je izjemno vsestranski in ponuja nastavitve ločljivosti na več ravneh, ki jih je mogoče natančno prilagoditi različnim tkivom in želenim nivojem podrobnosti. Ta prilagodljivost postavlja čip kot izjemno izbiro za raznolike študije prostorske transkriptomike, kar zagotavlja natančno prostorsko združevanje v gruče z minimalnim šumom. Uporaba tehnologije segmentacije celic z BMKManu S3000 omogoča razmejitev transkripcijskih podatkov do meja celic, kar ima za posledico analizo, ki ima neposreden biološki pomen. Poleg tega izboljšana ločljivost S3000 povzroči večje število odkritih genov in UMI na celico, kar omogoča veliko natančnejšo analizo vzorcev prostorske transkripcije in združevanja celic.
-
Sekvenciranje enojedrne RNA
Razvoj tehnik za zajemanje ene celice in gradnje knjižnic po meri, skupaj z visoko zmogljivim sekvenciranjem, je revolucioniral študije izražanja genov na celični ravni. Ta preboj omogoča globljo in celovitejšo analizo kompleksnih celičnih populacij, premagovanje omejitev, povezanih s povprečenjem izražanja genov v vseh celicah, in ohranjanje prave heterogenosti znotraj teh populacij. Medtem ko ima sekvenciranje enocelične RNA (scRNA-seq) nedvomne prednosti, se srečuje z izzivi v določenih tkivih, kjer je ustvarjanje enocelične suspenzije težko in zahteva sveže vzorce. Pri BMKGene to oviro rešujemo tako, da ponujamo sekvenciranje RNK z enim jedrom (snRNA-seq) z uporabo najsodobnejše tehnologije 10X Genomics Chromium. Ta pristop širi spekter vzorcev, primernih za analizo transkriptoma na ravni ene celice.
Izolacija jeder je dosežena z inovativnim čipom 10X Genomics Chromium, ki vsebuje osemkanalni mikrofluidni sistem z dvojnimi križišči. Znotraj tega sistema so gelne kroglice, ki vsebujejo črtne kode, primerje, encime in eno samo jedro, inkapsulirane v kapljicah olja v velikosti nanolitra in tvorijo gelske kroglice v emulziji (GEM). Po nastanku GEM pride do lize celic in sprostitve črtne kode znotraj vsakega GEM. Nato se molekule mRNA podvržejo reverzni transkripciji v cDNA, ki vključuje črtne kode 10X in edinstvene molekularne identifikatorje (UMI). Te cDNA so nato podvržene standardni konstrukciji knjižnice sekvenciranja, kar olajša robustno in celovito raziskovanje profilov izražanja genov na ravni ene celice.
Platforma: 10× platforma Genomics Chromium in Illumina NovaSeq
-
10x prostorski transkriptom Genomics Visium
Prostorska transkriptomika je vrhunska tehnologija, ki raziskovalcem omogoča raziskovanje vzorcev izražanja genov v tkivih, hkrati pa ohranja njihov prostorski kontekst. Ena zmogljiva platforma na tem področju je 10x Genomics Visium skupaj s sekvenciranjem Illumina. Načelo 10X Visium temelji na specializiranem čipu z določenim območjem za zajemanje, kjer so nameščeni deli tkiva. To območje zajemanja vsebuje točke s črtno kodo, od katerih vsaka ustreza edinstveni prostorski lokaciji v tkivu. Zajete molekule RNA iz tkiva so nato med procesom reverzne transkripcije označene z edinstvenimi molekulskimi identifikatorji (UMI). Te točke s črtno kodo in UMI omogočajo natančno prostorsko kartiranje in kvantifikacijo izražanja genov pri ločljivosti ene celice. Kombinacija prostorsko kodiranih vzorcev in UMI zagotavlja točnost in specifičnost generiranih podatkov. Z uporabo te tehnologije Spatial Transcriptomics lahko raziskovalci pridobijo globlje razumevanje prostorske organizacije celic in zapletenih molekularnih interakcij, ki se pojavljajo v tkivih, kar ponuja neprecenljiv vpogled v mehanizme, na katerih temeljijo biološki procesi na več področjih, vključno z onkologijo, nevroznanostjo, razvojno biologijo, imunologijo , in botanične študije.
Platforma: 10X Genomics Visium in Illumina NovaSeq
