-
Metagenomsko sekvenciranje -NGS
Metagenom je zbirka celotnega genetskega materiala mešane skupnosti organizmov, kot sta okoljski in človeški metagenom. Vsebuje genome mikroorganizmov, ki jih je mogoče gojiti in jih ni mogoče gojiti. Puško metagenomsko sekvenciranje z NGS omogoča preučevanje teh zapletenih genomskih pokrajin, vgrajenih v okoljske vzorce, tako da zagotavlja več kot samo taksonomsko profiliranje, daje tudi natančen vpogled v raznolikost vrst, dinamiko številčnosti in kompleksne strukture populacije. Poleg taksonomskih študij metagenomika puške ponuja tudi funkcionalno genomsko perspektivo, ki omogoča raziskovanje kodiranih genov in njihove domnevne vloge v ekoloških procesih. Nazadnje, vzpostavitev korelacijskih mrež med genetskimi elementi in okoljskimi dejavniki prispeva k celostnemu razumevanju zapletenega medsebojnega delovanja med mikrobnimi skupnostmi in njihovim ekološkim ozadjem. Skratka, metagenomsko sekvenciranje je ključni instrument za razkrivanje genomske zapletenosti različnih mikrobnih skupnosti, ki osvetljuje večplastne odnose med genetiko in ekologijo znotraj teh kompleksnih ekosistemov.
Platforme: Illumina NovaSeq in DNBSEQ-T7
-
Metagenomsko sekvenciranje-TGS
Metagenom je zbirka genetskega materiala mešane skupnosti organizmov, kot sta okoljski in človeški metagenom. Vsebuje genome mikroorganizmov, ki jih je mogoče gojiti in jih ni mogoče gojiti. Metagenomsko sekvenciranje omogoča preučevanje teh zapletenih genomskih pokrajin, vgrajenih v ekološke vzorce, tako da zagotavlja več kot samo taksonomsko profiliranje. Ponuja tudi perspektivo funkcionalne genomike z raziskovanjem kodiranih genov in njihovih domnevnih vlog v okoljskih procesih. Medtem ko so bili tradicionalni pristopi puške s sekvenciranjem Illumina široko uporabljeni v metagenomskih študijah, je pojav Nanopore in PacBio sekvenciranja z dolgim branjem spremenil področje. Tehnologija Nanopore in PacBio izboljšujeta nadaljnje bioinformacijske analize, predvsem sestavljanje metagenoma, kar zagotavlja bolj neprekinjeno sestavljanje. Poročila kažejo, da je metagenomika na osnovi Nanopore in PacBio uspešno ustvarila popolne in zaprte bakterijske genome iz kompleksnih mikrobiomov (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Integracija odčitkov Nanopore z odčitki Illumina zagotavlja strateški pristop za odpravo napak, s čimer se zmanjša inherentna nizka natančnost Nanopore. Ta sinergistična kombinacija izkorišča prednosti vsake platforme za sekvenciranje in ponuja robustno rešitev za premagovanje morebitnih omejitev ter izboljšanje natančnosti in zanesljivosti metagenomskih analiz.
Platforma: Nanopore PromethION 48, Illumia in PacBio Revio
-
Celotno genomsko bisulfitno sekvenciranje (WGBS)
Celotno genomsko bisulfitno zaporedje (WGBS) je zlati standard metodologije za poglobljeno raziskovanje metilacije DNA, natančneje petega položaja v citozinu (5-mC), ključnem regulatorju izražanja genov in celične aktivnosti. Načelo, na katerem temelji WGBS, vključuje obdelavo z bisulfitom, ki povzroči pretvorbo nemetiliranih citozinov v uracil (C v U), medtem ko metilirani citozini ostanejo nespremenjeni. Ta tehnika ponuja ločljivost z eno bazo, kar raziskovalcem omogoča, da celovito raziščejo metilom in odkrijejo nenormalne vzorce metilacije, povezane z različnimi stanji, zlasti rakom. Z uporabo WGBS lahko znanstveniki pridobijo neprimerljiv vpogled v krajine metilacije celotnega genoma, kar zagotavlja niansirano razumevanje epigenetskih mehanizmov, ki so osnova različnih bioloških procesov in bolezni.
-
Test za transpozazno dostopen kromatin z visoko zmogljivim sekvenciranjem (ATAC-seq)
ATAC-seq je visoko zmogljiva tehnika sekvenciranja, ki se uporablja za analizo dostopnosti kromatina v celotnem genomu. Njegova uporaba omogoča globlje razumevanje kompleksnih mehanizmov globalnega epigenetskega nadzora nad izražanjem genov. Metoda uporablja hiperaktivno transpozazo Tn5 za istočasno fragmentiranje in označevanje odprtih regij kromatina z vstavitvijo adapterjev za sekvenciranje. Naknadno PCR pomnoževanje povzroči ustvarjanje knjižnice sekvenciranja, ki omogoča celovito identifikacijo odprtih kromatinskih regij pod specifičnimi prostorsko-časovnimi pogoji. ATAC-seq zagotavlja celovit pogled na dostopne krajine kromatina, za razliko od metod, ki se osredotočajo izključno na vezavna mesta transkripcijskih faktorjev ali specifične histonsko spremenjene regije. S sekvenciranjem teh odprtih regij kromatina ATAC-seq razkrije regije, za katere je večja verjetnost aktivnih regulatornih sekvenc in potencialnih vezavnih mest transkripcijskih faktorjev, kar ponuja dragocen vpogled v dinamično modulacijo izražanja genov v genomu.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Geni 16S in 18S rRNA, skupaj z regijo ITS (Internal Transcribed Spacer), služijo kot osrednji molekularni označevalci prstnih odtisov zaradi njihove kombinacije visoko ohranjenih in hiper-variabilnih regij, zaradi česar so neprecenljivo orodje za karakterizacijo prokariontskih in evkariontskih organizmov. Pomnoževanje in sekvenciranje teh regij nudita pristop brez izolacije za raziskovanje mikrobne sestave in raznolikosti v različnih ekosistemih. Medtem ko sekvenciranje Illumina običajno cilja na kratke hipervariabilne regije, kot so V3-V4 16S in ITS1, je bilo dokazano, da je vrhunsko taksonomsko opombo mogoče doseči s sekvenciranjem celotne dolžine 16S, 18S in ITS. Rezultat tega celovitega pristopa so višji odstotki natančno razvrščenih zaporedij, s čimer se doseže raven ločljivosti, ki zajema identifikacijo vrst. Platforma za sekvenciranje ene molekule v realnem času (SMRT) PacBio izstopa z zagotavljanjem zelo natančnih dolgih odčitkov (HiFi), ki pokrivajo amplikone polne dolžine in se po natančnosti kosajo s sekvenciranjem Illumina. Ta zmožnost omogoča raziskovalcem, da dosežejo neprimerljivo prednost – panoramski pogled na genetsko pokrajino. Razširjena pokritost znatno poveča ločljivost pri označevanju vrst, zlasti znotraj bakterijskih ali glivičnih skupnosti, kar omogoča globlje razumevanje zapletenosti mikrobnih populacij.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Sekvenciranje amplikonov s tehnologijo Illumina, posebej usmerjeno na genetske markerje 16S, 18S in ITS, je močna metoda za razkrivanje filogenije, taksonomije in številčnosti vrst znotraj mikrobnih skupnosti. Ta pristop vključuje določanje zaporedja hipervariabilnih regij gospodinjskih genetskih markerjev. Prvotno predstavljen kot molekularni prstni odtisWoeses et alleta 1977 je ta tehnika revolucionirala profiliranje mikrobioma z omogočanjem analiz brez izolacije. S sekvenciranjem 16S (bakterije), 18S (glive) in internega transkribiranega presledka (ITS, glive) lahko raziskovalci identificirajo ne samo številne vrste, ampak tudi redke in neidentificirane. Sekvenciranje amplikonov, ki je bilo široko sprejeto kot ključno orodje, je postalo ključnega pomena pri razločevanju diferencialnih mikrobnih sestav v različnih okoljih, vključno s človeškimi usti, črevesjem, blatom in drugod.
-
Ponovno sekvenciranje celotnega genoma bakterij in gliv
Projekti ponovnega sekvenciranja celotnega genoma bakterij in gliv so ključni za napredek mikrobne genomike, saj omogočajo dokončanje in primerjavo mikrobnih genomov. To olajša inženiring fermentacije, optimizacijo industrijskih procesov in raziskovanje sekundarnih presnovnih poti. Poleg tega je ponovno zaporedje gliv in bakterij ključno za razumevanje prilagajanja okolju, optimizacijo sevov in razkrivanje dinamike genetske evolucije s širokimi posledicami v medicini, kmetijstvu in znanosti o okolju.
-
PacBio-sekvenciranje amplikonov polne dolžine 16S/18S/ITS
Platforma Amplicon (16S/18S/ITS) je razvita z dolgoletnimi izkušnjami pri projektni analizi mikrobne raznovrstnosti, ki vsebuje standardizirano osnovno analizo in personalizirano analizo: osnovna analiza pokriva glavno vsebino analize trenutnih mikrobnih raziskav, vsebina analize je bogata in celovita, rezultati analiz pa so predstavljeni v obliki projektnih poročil; Vsebina personalizirane analize je raznolika. Vzorce je mogoče izbrati in parametre prilagodljivo nastaviti v skladu z osnovnim poročilom o analizi in raziskovalnim namenom, da se uresničijo prilagojene zahteve. Operacijski sistem Windows, enostaven in hiter.
-
PacBio-transkriptom celotne dolžine (brez reference)
Če kot vhod vzame podatke o zaporedju izoform Pacific Biosciences (PacBio), lahko ta aplikacija identificira zaporedja transkriptov polne dolžine (brez sestavljanja). S preslikavo sekvenc polne dolžine glede na referenčni genom je mogoče transkripte optimizirati z znanimi geni, transkripti, kodirnimi regijami itd. V tem primeru je mogoče doseči natančnejšo identifikacijo struktur mRNA, kot je alternativno spajanje itd. Skupna analiza s podatki o sekvenciranju transkriptoma NGS omogoča celovitejšo opombo in natančnejšo kvantifikacijo v izražanju na ravni transkripta, kar v veliki meri koristi diferencialnemu izražanju in funkcionalni analizi.
-
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS) se je izkazalo kot stroškovno učinkovita in učinkovita alternativa Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) v raziskavah metilacije DNA. Medtem ko WGBS zagotavlja izčrpne vpoglede s preučevanjem celotnega genoma z eno osnovno ločljivostjo, je njegova visoka cena lahko omejevalni dejavnik. RRBS strateško ublaži ta izziv s selektivno analizo reprezentativnega dela genoma. Ta metodologija temelji na obogatitvi regij, bogatih z otoki CpG, s cepitvijo MspI, ki ji sledi izbira velikosti fragmentov 200-500/600 bps. Posledično so sekvencirane le regije, ki so proksimalne do otokov CpG, medtem ko so tiste z oddaljenimi otoki CpG izključene iz analize. Ta postopek v kombinaciji z bisulfitnim sekvenciranjem omogoča zaznavanje metilacije DNK z visoko ločljivostjo, pristop sekvenciranja, PE150, pa se osredotoča posebej na konce vstavkov in ne na sredino, kar povečuje učinkovitost profiliranja metilacije. RRBS je neprecenljivo orodje, ki omogoča stroškovno učinkovito raziskovanje metilacije DNA in izboljšuje znanje o epigenetskih mehanizmih.
-
Sekvenciranje prokariontske RNA
Sekvenciranje RNA omogoča celovito profiliranje vseh transkriptov RNA v celicah pod posebnimi pogoji. Ta vrhunska tehnologija služi kot močno orodje, ki razkriva zapletene profile izražanja genov, genske strukture in molekularne mehanizme, povezane z različnimi biološkimi procesi. Sekvenciranje RNA, ki je splošno sprejeto v temeljnih raziskavah, klinični diagnostiki in razvoju zdravil, ponuja vpogled v zapletenost celične dinamike in genetske regulacije. Naša obdelava vzorcev prokariontske RNA je prilagojena za prokariontske transkriptome, vključuje izčrpavanje rRNA in pripravo usmerjene knjižnice.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
Sekvenciranje metatranskriptoma
S pomočjo tehnologije sekvenciranja Illumina storitev sekvenciranja metatranskriptoma BMKGENE razkriva dinamično gensko izražanje raznolikega nabora mikrobov, ki zajema evkarionte do prokariontov in virusov, v naravnih okoljih, kot so prst, voda, morje, blato in črevesje. Naša celovita storitev omogoča raziskovalcem, da se poglobijo v popolne profile izražanja genov kompleksnih mikrobnih skupnosti. Poleg taksonomske analize naša storitev sekvenciranja metatranskriptoma olajša raziskovanje funkcionalne obogatitve, osvetljuje različno izražene gene in njihove vloge. Odkrijte bogastvo bioloških vpogledov, ko krmarite po zapletenih krajinah izražanja genov, taksonomske raznolikosti in funkcionalne dinamike znotraj teh raznolikih okoljskih niš.
-
De novo sestavljanje genoma gliv
BMKGENE ponuja vsestranske rešitve za glivične genome, ki skrbijo za različne raziskovalne potrebe in želeno popolnost genoma. Samo uporaba sekvenciranja Illumina s kratkim branjem omogoča ustvarjanje osnutka genoma. Kratko branje in dolgo branje sekvenciranja z uporabo Nanopore ali Pacbio sta združena za bolj izpopolnjen genom gliv z daljšimi kontigi. Poleg tega integracija sekvenciranja Hi-C dodatno izboljša zmogljivosti in omogoča doseganje celotnega genoma na ravni kromosoma.
