Exclusive Agency for Korea

条形banner-03

Izdelki

  • Asociacijska analiza celotnega genoma

    Asociacijska analiza celotnega genoma

    Cilj genomskih asociacijskih študij (GWAS) je identificirati genetske različice (genotipe), povezane s posebnimi lastnostmi (fenotipi). S preučevanjem genetskih markerjev v celotnem genomu pri velikem številu posameznikov GWAS ekstrapolira povezave genotipa in fenotipa s statističnimi analizami na ravni populacije. Ta metodologija najde obsežno uporabo pri raziskovanju človeških bolezni in raziskovanju funkcionalnih genov, povezanih s kompleksnimi lastnostmi pri živalih ali rastlinah.

    Pri BMKGENE ponujamo dve poti za izvajanje GWAS na velikih populacijah: uporabo sekvenciranja celotnega genoma (WGS) ali izbiro metode sekvenciranja genoma z zmanjšano zastopanostjo, interno razvitega specifičnega lokusa amplificiranega fragmenta (SLAF). Medtem ko WGS ustreza manjšim genomom, se SLAF pojavlja kot stroškovno učinkovita alternativa za preučevanje večjih populacij z daljšimi genomi, kar učinkovito zmanjšuje stroške sekvenciranja, hkrati pa zagotavlja visoko učinkovitost odkrivanja genetskih markerjev.

  • Sekvenciranje enojedrne RNA

    Sekvenciranje enojedrne RNA

    Razvoj tehnik za zajemanje ene celice in gradnje knjižnic po meri, skupaj z visoko zmogljivim sekvenciranjem, je revolucioniral študije izražanja genov na celični ravni. Ta preboj omogoča globljo in celovitejšo analizo kompleksnih celičnih populacij, premagovanje omejitev, povezanih s povprečenjem izražanja genov v vseh celicah, in ohranjanje prave heterogenosti znotraj teh populacij. Medtem ko ima sekvenciranje enocelične RNA (scRNA-seq) nedvomne prednosti, se srečuje z izzivi v določenih tkivih, kjer je ustvarjanje enocelične suspenzije težko in zahteva sveže vzorce. Pri BMKGene to oviro rešujemo tako, da ponujamo sekvenciranje RNK z enim jedrom (snRNA-seq) z uporabo najsodobnejše tehnologije 10X Genomics Chromium. Ta pristop širi spekter vzorcev, primernih za analizo transkriptoma na ravni ene celice.

    Izolacija jeder je dosežena z inovativnim čipom 10X Genomics Chromium, ki vsebuje osemkanalni mikrofluidni sistem z dvojnimi križišči. Znotraj tega sistema so gelne kroglice, ki vsebujejo črtne kode, primerje, encime in eno samo jedro, inkapsulirane v kapljicah olja v velikosti nanolitra in tvorijo gelske kroglice v emulziji (GEM). Po nastanku GEM pride do lize celic in sprostitve črtne kode znotraj vsakega GEM. Nato se molekule mRNA podvržejo reverzni transkripciji v cDNA, ki vključuje črtne kode 10X in edinstvene molekularne identifikatorje (UMI). Te cDNA so nato podvržene standardni konstrukciji knjižnice sekvenciranja, kar olajša robustno in celovito raziskovanje profilov izražanja genov na ravni ene celice.

    Platforma: 10× platforma Genomics Chromium in Illumina NovaSeq

  • Sekvenciranje celotnega genoma rastline/živali

    Sekvenciranje celotnega genoma rastline/živali

    Sekvenciranje celotnega genoma (WGS), znano tudi kot ponovno sekvenciranje, se nanaša na sekvenciranje celotnega genoma različnih posameznikov vrst z znanimi referenčnimi genomi. Na tej podlagi je mogoče nadalje identificirati genomske razlike posameznikov ali populacij. WGS omogoča identifikacijo polimorfizma enega nukleotida (SNP), vstavitvene delecije (InDel), variacije strukture (SV) in variacije števila kopij (CNV). SV obsegajo večji del variacijske baze kot SNP in imajo večji vpliv na genom, kar bistveno vpliva na žive organizme. Medtem ko je ponovno zaporedje kratkega branja učinkovito pri prepoznavanju SNP-jev in InDelov, ponovno zaporedje dolgega branja omogoča natančnejšo identifikacijo velikih fragmentov in zapletenih variacij.

  • 10x prostorski transkriptom Genomics Visium

    10x prostorski transkriptom Genomics Visium

    Prostorska transkriptomika je vrhunska tehnologija, ki raziskovalcem omogoča raziskovanje vzorcev izražanja genov v tkivih, hkrati pa ohranja njihov prostorski kontekst. Ena zmogljiva platforma na tem področju je 10x Genomics Visium skupaj s sekvenciranjem Illumina. Načelo 10X Visium temelji na specializiranem čipu z določenim območjem za zajemanje, kjer so nameščeni deli tkiva. To območje zajemanja vsebuje točke s črtno kodo, od katerih vsaka ustreza edinstveni prostorski lokaciji v tkivu. Zajete molekule RNA iz tkiva so nato med procesom reverzne transkripcije označene z edinstvenimi molekulskimi identifikatorji (UMI). Te točke s črtno kodo in UMI omogočajo natančno prostorsko kartiranje in kvantifikacijo izražanja genov pri ločljivosti ene celice. Kombinacija prostorsko kodiranih vzorcev in UMI zagotavlja točnost in specifičnost generiranih podatkov. Z uporabo te tehnologije Spatial Transcriptomics lahko raziskovalci pridobijo globlje razumevanje prostorske organizacije celic in zapletenih molekularnih interakcij, ki se pojavljajo v tkivih, kar ponuja neprecenljiv vpogled v mehanizme, na katerih temeljijo biološki procesi na več področjih, vključno z onkologijo, nevroznanostjo, razvojno biologijo, imunologijo , in botanične študije.

    Platforma: 10X Genomics Visium in Illumina NovaSeq

  • Celotna dolžina mRNA Sekvenciranje-Nanopore

    Celotna dolžina mRNA Sekvenciranje-Nanopore

    Medtem ko je sekvenciranje mRNA na osnovi NGS vsestransko orodje za kvantifikacijo izražanja genov, njegovo zanašanje na kratke odčitke omejuje njegovo učinkovitost pri kompleksnih transkriptomskih analizah. Po drugi strani pa sekvenciranje nanopor uporablja tehnologijo dolgega branja, ki omogoča sekvenciranje transkriptov mRNA polne dolžine. Ta pristop omogoča celovito raziskovanje alternativnega spajanja, fuzije genov, poliadenilacije in kvantifikacije izooblik mRNA.

    Sekvenciranje nanopor, metoda, ki temelji na električnih signalih ene molekule nanopor v realnem času, zagotavlja rezultate v realnem času. Vodena z motoričnimi proteini se dvoverižna DNK veže na proteine ​​nanopor, vdelane v biofilm, ki se odvijejo, ko gre skozi kanal nanopor pod napetostno razliko. Značilni električni signali, ki jih ustvarijo različne baze na verigi DNK, so zaznani in razvrščeni v realnem času, kar omogoča natančno in neprekinjeno zaporedje nukleotidov. Ta inovativni pristop premaguje omejitve kratkega branja in zagotavlja dinamično platformo za zapleteno genomsko analizo, vključno s kompleksnimi transkriptomskimi študijami, s takojšnjimi rezultati.

    Platforma: Nanopore PromethION 48

  • Sekvenciranje mRNA v polni dolžini -PacBio

    Sekvenciranje mRNA v polni dolžini -PacBio

    Medtem ko je sekvenciranje mRNA na osnovi NGS vsestransko orodje za kvantifikacijo izražanja genov, njegovo zanašanje na kratke odčitke omejuje njegovo uporabo v kompleksnih transkriptomskih analizah. Po drugi strani PacBio sekvenciranje (Iso-Seq) uporablja tehnologijo dolgega branja, ki omogoča sekvenciranje transkriptov mRNA polne dolžine. Ta pristop omogoča celovito raziskovanje alternativnega spajanja, fuzije genov in poliadenilacije. Vendar pa obstajajo druge možnosti za kvantifikacijo izražanja genov zaradi velike količine potrebnih podatkov. Tehnologija sekvenciranja PacBio temelji na sekvenciranju ene molekule v realnem času (SMRT), kar zagotavlja izrazito prednost pri zajemanju transkriptov mRNA polne dolžine. Ta inovativni pristop vključuje uporabo valovodov z ničelnim načinom (ZMW) in mikrofabriciranih vdolbinic, ki omogočajo opazovanje aktivnosti DNA polimeraze v realnem času med sekvenciranjem. Znotraj teh ZMW polimeraza DNA PacBio sintetizira komplementarno verigo DNA in ustvari dolge odčitke, ki zajemajo celotne transkripte mRNA. Delovanje PacBio v načinu Circular Consensus Sequencing (CCS) poveča natančnost z večkratnim sekvenciranjem iste molekule. Ustvarjeni odčitki HiFi imajo natančnost, primerljivo z NGS, kar dodatno prispeva k celoviti in zanesljivi analizi kompleksnih transkriptomskih značilnosti.

    Platforma: PacBio Sequel II; PacBio Revio

  • Sekvenciranje evkariontske mRNA-NGS

    Sekvenciranje evkariontske mRNA-NGS

    Sekvenciranje mRNA, vsestranska tehnologija, omogoča celovito profiliranje vseh transkriptov mRNA v celicah pod posebnimi pogoji. S svojimi širokimi aplikacijami to vrhunsko orodje razkriva zapletene profile izražanja genov, genske strukture in molekularne mehanizme, povezane z različnimi biološkimi procesi. Sekvenciranje mRNA, ki je široko sprejeto v temeljnih raziskavah, klinični diagnostiki in razvoju zdravil, ponuja vpogled v zapletenost celične dinamike in genetske regulacije, kar sproži radovednost glede njegovega potenciala na različnih področjih.

    Platforma: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7

  • Nereferenčno sekvenciranje mRNA-NGS

    Nereferenčno sekvenciranje mRNA-NGS

    Sekvenciranje mRNA omogoča celovito profiliranje vseh transkriptov mRNA v celicah pod posebnimi pogoji. Ta vrhunska tehnologija služi kot močno orodje, ki razkriva zapletene profile izražanja genov, genske strukture in molekularne mehanizme, povezane z različnimi biološkimi procesi. Sekvenciranje mRNA, ki je splošno sprejeto v temeljnih raziskavah, klinični diagnostiki in razvoju zdravil, ponuja vpogled v zapletenost celične dinamike in genetske regulacije.

    Platforma: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7

  • Dolgo nekodirano zaporedje-Illumina

    Dolgo nekodirano zaporedje-Illumina

    Dolge nekodirajoče RNA (lncRNA) so daljše od 200 nukleotidov, ki imajo minimalen kodirni potencial in so ključni elementi znotraj nekodirajoče RNA. Te RNA, ki jih najdemo v jedru in citoplazmi, igrajo ključno vlogo pri epigenetski, transkripcijski in post-transkripcijski regulaciji, kar poudarja njihov pomen pri oblikovanju celičnih in molekularnih procesov. Sekvenciranje LncRNA je močno orodje pri diferenciaciji celic, ontogenezi in človeških boleznih.

    Platforma: Illumina NovaSeq

  • Sekvenciranje majhne RNA-Illumina

    Sekvenciranje majhne RNA-Illumina

    Male molekule RNA (sRNA) vključujejo mikroRNA (miRNA), majhne moteče RNA (siRNA) in RNA, ki delujejo s piwi (piRNA). Med temi so miRNA, dolge okoli 18-25 nukleotidov, še posebej omembe vredne zaradi svojih ključnih regulativnih vlog v različnih celičnih procesih. S tkivno specifičnimi in fazno specifičnimi vzorci izražanja miRNA kažejo visoko ohranjenost pri različnih vrstah.

    Platforma: Illumina NovaSeq

  • CircRNA Sekvenciranje-Illumina

    CircRNA Sekvenciranje-Illumina

    Sekvenciranje krožne RNA (circRNA-seq) je namenjeno profiliranju in analizi krožnih RNA, razreda molekul RNA, ki tvorijo zaprte zanke zaradi nekanoničnih dogodkov spajanja, kar tej RNA zagotavlja povečano stabilnost. Medtem ko je bilo dokazano, da nekatere circRNA delujejo kot spužve mikroRNA, sekvestrirajo mikroRNA in jim preprečujejo uravnavanje njihovih ciljnih mRNA, lahko druge circRNA interagirajo z beljakovinami, modulirajo izražanje genov ali imajo vlogo v celičnih procesih. analiza ekspresije circRNA zagotavlja vpogled v regulativne vloge teh molekul in njihov pomen v različnih celičnih procesih, razvojnih stopnjah in boleznih, kar prispeva k globljemu razumevanju kompleksnosti regulacije RNA v kontekstu izražanja genov.

  • Sekvenciranje celotnega transkriptoma – Illumina

    Sekvenciranje celotnega transkriptoma – Illumina

    Sekvenciranje celotnega transkriptoma ponuja celovit pristop k profiliranju različnih molekul RNA, ki zajema kodirne (mRNA) in nekodirajoče RNA (lncRNA, circRNA in miRNA). Ta tehnika zajame celoten transkriptom specifičnih celic v danem trenutku, kar omogoča celostno razumevanje celičnih procesov. Znano tudi kot »totalno sekvenciranje RNA«, želi razkriti zapletena regulativna omrežja na ravni transkriptoma, kar omogoča poglobljeno analizo, kot je konkurenčna endogena RNA (ceRNA) in skupna analiza RNA. To označuje začetni korak k funkcionalni karakterizaciji, zlasti pri razkrivanju regulativnih mrež, ki vključujejo interakcije ceRNA na osnovi circRNA-miRNA-mRNA.

  • Imunoprecipitacijsko sekvenciranje kromatina (ChIP-seq)

    Imunoprecipitacijsko sekvenciranje kromatina (ChIP-seq)

    Kromatinska imunoprecipitacija (CHIP) je tehnika, ki izkorišča protitelesa za selektivno obogatitev proteinov, ki vežejo DNA, in njihovih ustreznih genomskih tarč. Njegova integracija z NGS omogoča profiliranje tarč DNA v celotnem genomu, povezanih z modifikacijo histona, transkripcijskimi faktorji in drugimi proteini, ki vežejo DNA. Ta dinamični pristop omogoča primerjave veznih mest v različnih tipih celic, tkivih ali pogojih. Aplikacije ChIP-Seq segajo od preučevanja regulacije transkripcije in razvojnih poti do razjasnitve mehanizmov bolezni, zaradi česar je nepogrešljivo orodje za razumevanje krajin genomske regulacije in napredovanje terapevtskih vpogledov.

    Platforma: Illumina NovaSeq

Pošljite nam svoje sporočilo: