-
Kromatinska interakcija na osnovi Hi-C
Hi-C je metoda, zasnovana za zajemanje genomske konfiguracije s kombiniranjem sondiranja interakcij na podlagi bližine in visoko zmogljivega zaporedja. Metoda temelji na zamreženju kromatina s formaldehidom, čemur sledi digestija in ponovna ligacija na način, da le fragmenti, ki so kovalentno povezani, tvorijo ligacijske produkte. S sekvenciranjem teh produktov ligacije je mogoče preučevati 3D organizacijo genoma. Hi-C omogoča preučevanje porazdelitve delov genoma, ki so rahlo zapakirani (predelki A, evkromatin) in bolj verjetno, da bodo transkripcijsko aktivni, ter regij, ki so tesneje zapakirane (predelki B, heterokromatin). Hi-C se lahko uporablja tudi za natančno določanje topološko povezanih domen (TAD), regij genoma, ki imajo prepognjene strukture in imajo verjetno podobne vzorce izražanja, ter za identifikacijo kromatinskih zank, regij DNK, ki so skupaj zasidrane z beljakovinami in ki so pogosto obogatena z regulativnimi elementi. Storitev sekvenciranja Hi-C podjetja BMKGene omogoča raziskovalcem, da raziskujejo prostorske razsežnosti genomike, s čimer odpirajo nove poti za razumevanje regulacije genoma in njenih posledic za zdravje in bolezni.
-
Imunoprecipitacijsko sekvenciranje kromatina (ChIP-seq)
Kromatinska imunoprecipitacija (CHIP) je tehnika, ki izkorišča protitelesa za selektivno obogatitev proteinov, ki vežejo DNA, in njihovih ustreznih genomskih tarč. Njegova integracija z NGS omogoča profiliranje tarč DNA v celotnem genomu, povezanih z modifikacijo histona, transkripcijskimi faktorji in drugimi proteini, ki vežejo DNA. Ta dinamični pristop omogoča primerjave veznih mest v različnih tipih celic, tkivih ali pogojih. Aplikacije ChIP-Seq segajo od preučevanja regulacije transkripcije in razvojnih poti do razjasnitve mehanizmov bolezni, zaradi česar je nepogrešljivo orodje za razumevanje krajin genomske regulacije in napredovanje terapevtskih vpogledov.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
Celotno genomsko bisulfitno sekvenciranje (WGBS)
Celotno genomsko bisulfitno zaporedje (WGBS) je zlati standard metodologije za poglobljeno raziskovanje metilacije DNA, natančneje petega položaja v citozinu (5-mC), ključnem regulatorju izražanja genov in celične aktivnosti. Načelo, na katerem temelji WGBS, vključuje obdelavo z bisulfitom, ki povzroči pretvorbo nemetiliranih citozinov v uracil (C v U), medtem ko metilirani citozini ostanejo nespremenjeni. Ta tehnika ponuja ločljivost z eno bazo, kar raziskovalcem omogoča, da celovito raziščejo metilom in odkrijejo nenormalne vzorce metilacije, povezane z različnimi stanji, zlasti rakom. Z uporabo WGBS lahko znanstveniki pridobijo neprimerljiv vpogled v krajine metilacije celotnega genoma, kar zagotavlja niansirano razumevanje epigenetskih mehanizmov, ki so osnova različnih bioloških procesov in bolezni.
-
Test za transpozazno dostopen kromatin z visoko zmogljivim sekvenciranjem (ATAC-seq)
ATAC-seq je visoko zmogljiva tehnika sekvenciranja, ki se uporablja za analizo dostopnosti kromatina v celotnem genomu. Njegova uporaba omogoča globlje razumevanje kompleksnih mehanizmov globalnega epigenetskega nadzora nad izražanjem genov. Metoda uporablja hiperaktivno transpozazo Tn5 za istočasno fragmentiranje in označevanje odprtih regij kromatina z vstavitvijo adapterjev za sekvenciranje. Naknadno PCR pomnoževanje povzroči ustvarjanje knjižnice sekvenciranja, ki omogoča celovito identifikacijo odprtih kromatinskih regij pod specifičnimi prostorsko-časovnimi pogoji. ATAC-seq zagotavlja celovit pogled na dostopne krajine kromatina, za razliko od metod, ki se osredotočajo izključno na vezavna mesta transkripcijskih faktorjev ali specifične histonsko spremenjene regije. S sekvenciranjem teh odprtih regij kromatina ATAC-seq razkrije regije, za katere je večja verjetnost aktivnih regulatornih sekvenc in potencialnih vezavnih mest transkripcijskih faktorjev, kar ponuja dragocen vpogled v dinamično modulacijo izražanja genov v genomu.
-
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS) se je izkazalo kot stroškovno učinkovita in učinkovita alternativa Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) v raziskavah metilacije DNA. Medtem ko WGBS zagotavlja izčrpne vpoglede s preučevanjem celotnega genoma z eno osnovno ločljivostjo, je njegova visoka cena lahko omejevalni dejavnik. RRBS strateško ublaži ta izziv s selektivno analizo reprezentativnega dela genoma. Ta metodologija temelji na obogatitvi regij, bogatih z otoki CpG, s cepitvijo MspI, ki ji sledi izbira velikosti fragmentov 200-500/600 bps. Posledično so sekvencirane le regije, ki so proksimalne do otokov CpG, medtem ko so tiste z oddaljenimi otoki CpG izključene iz analize. Ta postopek v kombinaciji z bisulfitnim sekvenciranjem omogoča zaznavanje metilacije DNK z visoko ločljivostjo, pristop sekvenciranja, PE150, pa se osredotoča posebej na konce vstavkov in ne na sredino, kar povečuje učinkovitost profiliranja metilacije. RRBS je neprecenljivo orodje, ki omogoča stroškovno učinkovito raziskovanje metilacije DNA in izboljšuje znanje o epigenetskih mehanizmih.
