
Toplotna karta
Orodje HeatMap sprejema podatkovno datoteko matrice kot vhod in uporabnikom omogoča filtriranje, normalizacijo in združevanje podatkov. Primarni primer uporabe za toplotne karte je grozdna analiza ravni ekspresije genov med različnimi vzorci.

Gensko opombo
Orodje za zapisovanje genov izvaja gensko opombo, ki temelji na poravnavi zaporedja vhodnih datotek FASTA proti različnim bazam podatkov.

Osnovno lokalno orodje za iskanje poravnave (BLAST)
Orodje BLAST je integrirana različica BMKCloud NCBI Blast in se lahko uporablja za izvajanje istih funkcij z uporabo podatkov, naloženih na račun BMKCloud.

Napoved CDS_UTR
Orodje za napovedovanje CDS_UTR je zasnovano za napovedovanje kodirnih regij (CDS) in nekodiranih regij (UTR) v danih sekvencah transkriptov, ki temeljijo na rezultatih BLAST v primerjavi z znanimi bazami podatkov beljakovin in rezultati napovedovanja ORF.

Manhattanski zaplet
Orodje za parcelo Manhattan omogoča prikaz visokih vzorčnih eksperimentov in se običajno uporablja v študijah povezave na celotnem genomu (GWA).

Shema cirsos
Orodje Circos Diagram zagotavlja učinkovito vizualizacijo, kako se genomske značilnosti porazdelijo po genomu. Skupne značilnosti vključujejo kvantitativne lokuse, SNP, indele, strukturne in številčne različice kopij.

Obogatitev genske ontologije (GO)
Orodje za obogatitev GO zagotavlja funkcionalno analizo obogatitve. Primarna programska oprema v tem orodju je paket Topgo-BioConductor, ki vključuje analizo diferencialne ekspresije, analizo obogatitve GO in vizualizacijo rezultatov.

Analiza tehtane genske koekspresijske mreže (WGCNA)
WGCNA je široko uporabljena metoda rudarjenja podatkov za odkrivanje modulov za koekspresijo genov. Uporablja se za različne nabore izražanja, vključno z podatki o ekspresiji z mikroarro in gensko ekspresijo NGS.

Medproscan
Orodje medproscana zagotavlja analizo in klasifikacijo zaporedja medprosorjev beljakovin.

Go Kegg obogatitev
Orodje za obogatitev GO KEGG je oblikovanje za ustvarjanje histograma obogatitve GO, histograma obogatitve KEGG in poti obogatitve KEGG, ki temelji na določenem genskem nizu in ustreznem pripisu.