Sekvenciranje celotnega genoma rastline/živali
Funkcije storitve
● Priprava knjižnice je lahko standardna ali brez PCR
● Na voljo v 4 platformah za zaporedje: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 ali PacBio Revio.
● Bioinformatska analiza, osredotočena na odkrivanje variant: SNP, InDel, SV in CNV
Prednosti storitve
●Obsežno strokovno znanje in zapisi o publikacijah: Zbrane izkušnje s sekvenciranjem genoma za več kot 1000 vrst so privedle do več kot 1000 objavljenih primerov s kumulativnim faktorjem vpliva nad 5000.
●Celovita bioinformatska analiza: Vključno s klicanjem variacije in opombo funkcije.
● Poprodajna podpora:Naša zaveza sega preko zaključka projekta s 3-mesečnim obdobjem poprodajnih storitev. V tem času nudimo spremljanje projekta, pomoč pri odpravljanju težav in srečanja z vprašanji in odgovori za obravnavo kakršnih koli vprašanj v zvezi z rezultati.
●Izčrpna opomba: Uporabljamo več baz podatkov za funkcionalno označevanje genov z identificiranimi različicami in izvedbo ustrezne obogatitvene analize, ki zagotavlja vpogled v več raziskovalnih projektov.
Specifikacije storitve
| Različice, ki jih je treba identificirati | Strategija zaporedja | Priporočena globina |
| SNP in InDel | Illumina NovaSeq PE150 ali MGI T7 | 10x |
| SV in CNV (manj natančno) | 30x | |
| SV in CNV (bolj natančno) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNP, Indeli, SV in CNV | PacBio Revio | 10x |
Vzorčne zahteve
| Tkivo ali ekstrahirane nukleinske kisline | Illumina/MGI | Nanopore | PacBio
| ||
| Živalski organi | 0,5-1 g | ≥ 3,5 g
| ≥ 3,5 g
| ||
| Živalske mišice | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Kri sesalcev | 1,5 ml | ≥ 0,5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Perutninska/ribja kri | ≥ 0,1 ml
| ≥ 0,5 ml
| |||
| Rastlina - sveži listi | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Gojene celice |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Mehko tkivo žuželk/Posameznik | 0,5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| Ekstrahirana DNK
| Koncentracija: ≥ 1 ng/µL Količina: ≥ 30 ng Omejena ali brez razgradnje ali kontaminacije
| koncentracija Znesek
OD260/280
OD260/230
Omejena ali brez razgradnje ali kontaminacije
| ≥ 40 ng/µL 4 µg/pretočna celica/vzorec
1,7-2,2
≥1,5 | koncentracija Znesek
OD260/280
OD260/230
Omejena ali brez razgradnje ali kontaminacije | ≥ 50 ng/µL 10 µg/pretočna celica/vzorec
1,7-2,2
1,8-2,5 |
| Priprava knjižnice brez PCR: Koncentracija ≥ 40 ng/µL Količina≥ 500 ng | |||||
Potek storitvenega dela
Dostava vzorcev
Ekstrakcija DNK
Gradnja knjižnice
Zaporedje
Analiza podatkov
Dostava podatkov
Vključuje naslednjo analizo:
- Nadzor kakovosti neobdelanih podatkov
- Statistika poravnave z referenčnim genomom
- Identifikacija različice: SNP, InDel, SV in CNV
- Funkcionalna anotacija variant
Statistika poravnave z referenčnim genomom – porazdelitev globine sekvenciranja
Klicanje SNP med več vzorci
Identifikacija InDel – statistika dolžine InDel v regiji CDS in regiji celotnega genoma
Porazdelitev variant po genomu – Circosova ploskev
Funkcionalna anotacija genov z identificiranimi različicami – genska ontologija
Chai, Q. et al. (2023) 'Glutation S-transferaza GhTT19 določa pigmentacijo cvetnih listov z uravnavanjem kopičenja antocianinov v bombažu', Plant Biotechnology Journal, 21(2), str. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. et al. (2023) „Genom divje Hevee brasiliensis na ravni kromosomov zagotavlja nova orodja za genomsko podprto vzrejo in dragocene lokuse za povečanje donosa gume“, Plant Biotechnology Journal, 21(5), str. 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, A. et al. (2021) „Genom estuarijske ostrige zagotavlja vpogled v vpliv podnebja in prilagodljivo plastičnost“, Communications Biology 2021 4:1, 4(1), str. 1–12. doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng, T. et al. (2022) „Analiza sprememb genoma in metilacije pri kitajskih avtohtonih piščancih skozi čas zagotavlja vpogled v ohranjanje vrst“, Communications Biology, 5(1), str. 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
