PACBIO Celotna transkripta

Pacbio sekvenciranje transkripta v celotni dolžini, IsoseQ, omogoča natančno identifikacijo transkriptov izoform, osvetlitev alternativne poliadenilacije in spajanja, kar vodi do natančnejše analize genske ekspresije. BMKCloud Pacbio Celotna transkriptna cevovod je zasnovan tako, da analizira knjižnice CDNA, sekvencirane v načinu krožnega konsenzusnega sekvenciranja (CCS) in identificira ne-himerne (FLNC) zaporedja, ki se nato združijo v ne-zmanjšane prepise. Naslednja BUSCO analiza oceni popolnost sklopa transkripta. Iz sestavljenega transkripta se izvaja več analiz: alternativna spajanje, preprosto ponovitev zaporedja (SSR), napovedovanje lncRNA in ustrezne ciljne gene, napovedovanje novih genov, analiza družine genov, analiza transkripcijskega faktorja in funkcionalno opombo transkriptov.