PacBio 2+3 raztopina mRNA polne dolžine
Lastnosti
● Oblikovanje študije:
Združeni vzorec, sekvenciran s PacBio za identifikacijo izooblik transkriptov
Ločeni vzorci (ponovitve in pogoji, ki jih je treba testirati), sekvencirani zNGS za kvantifikacijo izražanja transkriptov
● PacBio sekvenciranje v načinu CCS, ustvarjanje odčitkov HiFi
● Zaporedje celotnih transkriptov
● Za analizo ni potreben referenčni genom; vendar se lahko uporabi
● Bioinformatska analiza ne vključuje le izražanja na ravni genov in izoform, ampak tudi analizo lncRNA, genskih fuzij, poliadenilacije in genske strukture
Prednosti
● Visoka natančnost: HiFi bere z natančnostjo >99,9 % (Q30), primerljivo z NGS
● Analiza alternativnega spajanja: sekvenciranje vseh transkriptov omogoča identifikacijo in karakterizacijo izoform.
● Kombinacija prednosti PacBio in NGS: omogočanje kvantifikacije izražanja na ravni izoforme, razkrivanje sprememb, ki so lahko prikrite pri analizi izražanja celotnega gena
● Obsežno strokovno znanje: z zgodovino dokončanja več kot 1100 projektov PacBio polne dolžine transkriptoma in obdelave več kot 2300 vzorcev, naša ekipa prinaša bogastvo izkušenj v vsak projekt.
● Poprodajna podpora: naša zaveza sega po zaključku projekta s 3-mesečnim obdobjem poprodajnih storitev. V tem času nudimo spremljanje projekta, pomoč pri odpravljanju težav in srečanja z vprašanji in odgovori za obravnavo kakršnih koli vprašanj v zvezi z rezultati.
Zahteve za vzorce in dostava
| Knjižnica | Strategija zaporedja | Priporočeni podatki | Kontrola kakovosti |
| PolyA obogatena knjižnica mRNA CCS | PacBio Nadaljevanje II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Poly A obogaten | Ilumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Nukleotidi
|
| Konc. (ng/μl) | Količina (μg) | Čistost | Integriteta |
| Knjižnica Illumina | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na gelu je prikazana omejena ali nikakršna kontaminacija beljakovin ali DNK. | Za rastline: RIN≥4,0; Za živali: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; omejena ali brez osnovne višine |
| Knjižnica PacBio | ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na gelu je prikazana omejena ali nikakršna kontaminacija beljakovin ali DNK. | Rastline: RIN≥7,5 Živali: RIN≥8,0 5,0≥28S/18S≥1,0; omejena ali brez osnovne višine |
Priporočena dostava vzorcev
Vsebnik: 2 ml centrifugalna epruveta (kositrna folija ni priporočljiva)
Označevanje vzorca: skupina + ponovitev, npr. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Pošiljka:
1. Suhi led:Vzorce je treba zapakirati v vrečke in zakopati v suhi led.
2. RNAstable epruvete: vzorce RNA lahko posušite v RNA stabilizacijski epruveti (npr. RNAstable®) in pošljete pri sobni temperaturi.
Vključuje naslednjo analizo:
Nadzor kakovosti neobdelanih podatkov
Alternativna poliadenilacijska analiza (APA)
Analiza fuzijskega transkripta
Analiza alternativnega spajanja
Primerjalna analiza Universal Single-Copy Ortologi (BUSCO).
Nova analiza transkripta: napovedovanje kodirnih sekvenc (CDS) in funkcionalna anotacija
Analiza lncRNA: napovedovanje lncRNA in tarč
Mikrosatelitska identifikacija (SSR)
Analiza diferencialno izraženih transkriptov (DET).
Analiza diferencialno izraženih genov (DEG).
Funkcionalna oznaka DEG in DET
BUSCO analiza
Analiza alternativnega spajanja
Alternativna poliadenilacijska analiza (APA)
Diferencialno izraženi geni (DEG) in transkripti (analiza DETs9
Mreže interakcij protein-protein DET in DEG
Raziščite napredek, ki ga omogoča sekvenciranje mRNA v polni dolžini PacBio 2+3 BMKGene prek izbrane zbirke publikacij.
Chao, Q. et al. (2019) 'Razvojna dinamika transkriptoma stebla Populus', Plant Biotechnology Journal, 17(1), str. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) „Dinamične spremembe v vsebnosti askorbinske kisline med razvojem in zorenjem sadja Actinidia latifolia (sadni pridelek, bogat z askorbatom) in s tem povezani molekularni mehanizmi“, International Journal of Molecular Sciences, 23(10), str. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Učinkovita napoved genov biosintetične poti, vključenih v bioaktivne polifiline v Paris polyphylla', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), str. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Kombinirana analiza PacBio Iso-Seq in Illumina RNA-Seq transkriptoma Tuta absoluta (Meyrick) in genov citokroma P450', Žuželke, 14(4), str. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) „Raziskava kompleksnosti transkriptoma z uporabo PacBio enomolekulske analize v realnem času v kombinaciji s sekvenciranjem Illumina RNA za boljše razumevanje biosinteze ricinolne kisline v Ricinus communis“, BMC Genomics, 20(1), str. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/SLIKE/7.
