Nereferenčna sekvenciranje mRNA-ngs
Lastnosti
● Zajem police mRNA pred pripravo knjižnice
● Neodvisno od katerega koli referenčnega genoma: Na podlagi de novo sestavljanja transkriptov, ki ustvari seznam unigenov, ki so pripisani z več bazami podatkov (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, EGGNOG, PFAM, GO, KEGG)
● Celovita bioinformatska analiza genske ekspresije in strukture transkriptov
Prednosti storitev
●Obsežno strokovno znanje: S uspešnostjo obdelave več kot 600.000 vzorcev na BMKGENE, ki segajo v različne vrste vzorcev, kot so celične kulture, tkiva in telesne tekočine, naša ekipa prinaša veliko izkušenj v vsak projekt. Uspešno smo zaprli več kot 100.000 projektov mRNA-seq v različnih raziskovalnih področjih.
●Strog nadzor kakovosti: V vseh fazah izvajamo jedrne kontrolne točke, od vzorčnih in knjižničnih priprave do zaporedja in bioinformatike. To natančno spremljanje zagotavlja dosledno kakovostne rezultate.
● Celovita opomba: Uporabljamo več baz podatkov za funkcionalno označevanje različno izraženih genov (DEG) in izvedemo ustrezno analizo obogatitve, ki zagotavlja vpogled v celične in molekularne procese, ki temeljijo na odzivu transkripta.
●Podpora po prodaji: Naša zaveza se presega zaključek projekta s trimesečnim poprodajnim servisnim obdobjem. V tem času ponujamo nadaljnje spremljanje projektov, odpravljanje pomoči in vprašanj in vprašanj za reševanje vseh poizvedb, povezanih z rezultati.
Vzorčne zahteve in dostava
| Knjižnica | Strategija zaporedja | Priporočeni podatki | Nadzor kakovosti |
| Poly a obogatena | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 GB | Q30≥85% |
Vzorčne zahteve:
Nukleotidi:
| Conc. (Ng/μl) | Količina (μg) | Čistost | Integriteta |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Omejena ali brez kontaminacije beljakovin ali DNK, prikazana na gelu. | Za rastline: rin≥4,0; Za živali: rin≥4,5; 5,0≥28s/18S≥1,0; omejena ali brez osnovne višine |
● Rastline:
Koren, steblo ali cvetni list: 450 mg
List ali seme: 300 mg
Sadje: 1,2 g
● Žival:
Srce ali črevo: 300 mg
Viscera ali možgani: 240 mg
Mišica: 450 mg
Kosti, lasje ali koža: 1G
● členonožci:
Žuželke: 6g
Crustacea: 300 mg
● polna kri: 1 cev
● Celice: 106 celice
Priporočena dostava vzorca
Posoda: 2 ml centrifuge cev (kositrna folija ni priporočljiva)
Označevanje vzorca: skupina+ponovitev, npr. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Pošiljka:
1. suho-led: Vzorce je treba pakirati v vrečke in pokopati v suhem ledu.
2. Rnastabilne cevi: Vzorce RNA lahko posušimo v cevi za stabilizacijo RNA (npr. RNASTABLE®) in odposlane v sobni temperaturi.
Servisni delovni tok
Oblikovanje eksperimenta
Dostava vzorca
Ekstrakcija RNA
Konstrukcija knjižnice
Zaporedje
Analiza podatkov
Po prodajnih storitvah
Bioinformatika
Sklop transkripta in izbor Unigene
Opomba Unigene
Vzorčna korelacija in ocena bioloških ponovitev
Diferenčno izraženi geni (DEG)
Funkcionalno opombo DEG -jev
Funkcionalna obogatitev DEG
Raziščite napredek, ki ga omogočajo evkariontske storitve za sekvenciranje mRNA Evkariont NGS BMKGENE s pomočjo kurirane zbirke publikacij.
Shen, F. et al. (2020) „De novo transkriptome montaža in spolno pristransko izražanje genov v spolnih žlebah Amur Camfish (Silurus Asotus)“, Genomics, 112 (3), str. 2603–2614. doi: 10.1016/j.ygeno.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) „Transcriptome analiza presnove saharoze med otekanjem in razvojem žarnic v čebuli (Allium cepa L.)“, Frontiers in Plant Science, 7 (september), str. 212763. Doi: 10.3389/fpls.2016.01425/bibtex.
Zhu, C. et al. (2017) „De novo sklop, karakterizacija in opomba za transkript Sarcocheilichthys sinensis“, Plos One, 12 (2). doi: 10.1371/Journal.pone.0171966.
ZOU, L. et al. (2021) „De novo analiza transkripta daje vpogled v toleranco soli podocarpus macrophyllus pod slanimi stresom“, BMC rastlinska biologija, 21 (1), str. 1–17. doi: 10.1186/s12870-021-03274-1/številke/9.
