mRNA-seq (NGS) z referenčnim genomom
RNA-seq je standardno orodje v znanosti o življenju in rastlinstvu, ki premosti vrzel med genomi in proteomi. Njegova moč je v odkrivanju novih transkriptov in kvantificiranju njihovega izražanja v enem testu. Široko se uporablja za primerjalne transkriptomske študije, ki osvetljujejo gene, povezane z različnimi lastnostmi ali fenotipi, kot je primerjava mutantov z divjimi tipi ali razkrivanje izražanja genov pod posebnimi pogoji. BMKCloud mRNA(Reference) APP integrira kvantifikacijo izražanja, diferencialno analizo izražanja (DEG) in analize strukture zaporedja v bioinformatični cevovod mRNA-seq(NGS) in združuje prednosti podobne programske opreme, kar zagotavlja udobje in prijaznost do uporabnika. Uporabniki lahko naložijo svoje podatke RNA-seq v oblak, kjer aplikacija ponuja celovito rešitev bioinformacijske analize na enem mestu. Poleg tega daje prednost uporabniški izkušnji in ponuja prilagojene operacije, prilagojene posebnim potrebam uporabnikov. Uporabniki lahko sami nastavijo parametre in predložijo misijo cevovoda, preverijo interaktivno poročilo, si ogledajo podatke/diagrame in dokončajo rudarjenje podatkov, kot so: izbor ciljnega gena, funkcionalno združevanje v gruče, diagramiranje itd.
Platforma:Ilumina, MGI
strategija:RNA-Seq
Postavitev: Parirano, čisti podatki.
Vrsta knjižnice:fr-nepleten, fr-prvi pramen ali fr-drugi pramen
Dolžina branja:150 bp
Vrsta datoteke:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz ali *.fq.gz. Sistem bosamodejno združi datoteke .fastq glede na njihova imena datotek,npr. *_1.fastq v paru z *._2.fastq.
Število vzorcev:Glede števila ni omejitevvzorcev, vendar se bo čas analize povečeval s številomvzorci rastejo.
Priporočena količina podatkov:6G na vzorec