Sklop genoma T2T, genom brez vrzeli
1stDva riževa genoma1
Naslov: Montaža in validacija dveh referenčnih genomov brez vrzeli za riž Xian/Indica razkriva vpogled v arhitekturo rastlinskih centromera
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Objavljeno čas: 1. januarja 2021.
Inštitut: Kmetijska univerza Huazhong, Kitajska
Materiali
O. Sativa xian/indicaSorte riža 'Zhenshan 97 (ZS97)' in 'Minghui 63 (MH63)
Strategija zaporedja
Ngs Reads + HiFi Reads + CLR Reads + Bionano + Hi-C
Podatki:
ZS97: 8,34 GB （~ 23X） HIFI Rešenja + 48,39 GB (~ 131x) CLR Reads + 25 Gb (~ 69x) Ngs + 2 Bionano Irys celice celic
MH63: 37,88 GB (~ 103X) HIFI READS + 48,97 GB (~ 132X) CLR Reads + 28 GB (~ 76x) Ngs + 2 Bionano Irys celice celice
Slika 1 Dva genoma brez vrzeli riža (MH63 in ZS97)
2ndBanana genom2
Naslov: Telomere-to-Telomere Gapless kromosomi banane z uporabo zaporedja nanopore
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Objavljeno čas: 17. aprila 2021.
Inštitut: Université Paris-Saclay, Francija
Materiali
Dvojni haploidMusa acuminatasppmalakcensis(DH-Pahang)
Strategija in podatki zaporedja:
HISEQ2500 PE250 Mode+ Minion/ Prometion (93GB, ~ 200X)+ Optični zemljevid (DLE-1+ BSPQ1)
Tabela 1 Primerjava sklopov genoma Musa acuminata (DH-Pahang)
Slika 2 Musa Genomes Architecture Primerjava
3rdPhaeodactylum tricornutum genom3
Naslov: Sklop genoma Telomere-to-TelomereP
Haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Objavljeno čas: 4. maja 2021
Inštitut: Zahodna univerza, Kanada
Materiali
Phaeodactylum tricornutum(Zbirka kulture alg in protozojev CCAP 1055/1)
Strategija in podatki zaporedja:
1 Oxford Nanopore Minion Flow Cell + A 2 × 75 parni končni mid-izhod NextSeq 550 Run
Slika 3 Delovni tok za sklop genoma telomera do telomera
4thČloveški genom CHM134
Naslov: Popolno zaporedje človeškega genoma
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Objavljeno čas: 27. maja 2021
Inštitut: Nacionalni inštitut za zdravje (NIH), ZDA
Materiali: celična linija CHM13
Strategija in podatki zaporedja:
30 × Pacbio Circular Consensus Sequing (HIFI), 120 × Oxford Nanopore Ultra-dolgo bralno sekvenciranje, 100 × Illumina PCR brez zaporedja (ILMN), 70 × Illumina / Arima genomika HI-C (HI-C), Bionano optične zemljevide, bionano optične zemljevide, in Strand-seq
Tabela 2 Primerjava sklopov človeškega genoma GRCH38 in T2T-CHM13
Sklic
1.Sergey Nurk in sod. Popolno zaporedje človeškega genoma. Biorxiv 2021.05.26.445798; doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser et al. Telomere-to-Telomere Gapless kromosome banane z uporabo zaporedja nanopore. Biorxiv 2021.04.16.440017; doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere in sod. Telomere-to-telomere genoma sklop Phaeodactylum tricornutum. Biorxiv 2021.05.04.442596; doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song et al. Sestavljanje in validacija dveh referenčnih genomov brez vrzeli za riž Xian/Indica razkriva vpogled v arhitekturo rastlinskih centromera. Biorxiv 2020.12.24.424073; doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Čas objave: januar-06-2022