Nanopore transkript v celotni dolžini

Nanopore transkriptome sekvenciranje je močna metoda za sekvenciranje cDNA v celotni dolžini, natančno prepoznavanje in količinsko določanje transkriptnih izoform. Celotno cevovodno cevo nanopore BMKCloud je zasnovan tako, da analizira podatke RNA-seq, ustvarjene na nanopore platformi proti visokokakovostnemu dobronamenjenemu referenčnemu genomu, ki zagotavlja kvalitativno in kvantitativno analizo tako na ravni gena kot na transkriptu. Po nadzoru kakovosti dobimo ne-himerne (FLNC) zaporedje in soglasne sekvence preslikajo na referenčni genom, da se odstrani odvečne prepise. Iz tega nabora transkriptov je izražanje količinsko opredeljeno in različno izražene gene in prepisi identificirani in funkcionalno označeni. Cevovod vključuje tudi alternativno analizo poliadenilacije (APA), alternativno analizo spajanja, analizo preproste ponovitve zaporedja (SSR), napovedovanje lncRNA in ustrezne cilje, napovedovanje kodiranih zaporedij (CDS), analizo družine genov, analiza transkripcije, napoved novih genov in funkcionalno pripisovanje prepisov.