Transkript je povezava med gensko genetskimi informacijami in proteomom biološke funkcije. Regulacija transkripcijske ravni je najpomembnejši in najpogosteje preučen način regulacije organizmov. Sekvenciranje transkripta lahko transkriptome zaporedje v katerem koli trenutku v času ali pod katerim koli pogojem, z ločljivostjo natančno do enega nukleotida. Lahko dinamično odraža raven transkripcije genov, hkrati prepozna in količinsko določi redke in normalne prepise ter zagotovi strukturne informacije vzorčni specifični prepisi.
Trenutno se tehnologija sekvenciranja transkriptoma pogosto uporablja na agronomiji, medicini in drugih raziskovalnih področjih, vključno z regulacijo razvoja živali in rastlin, okoljsko prilagoditvijo, imunsko interakcijo, lokalizacijo genov, genetsko evolucijo vrst ter odkrivanje tumorjev in genetskih bolezni.
